שימוש חוזר בצינור אולטרה-צנטריפוגה פוליקרבונט באנליזות פרוטאומיות של שלפוחיות חוץ-תאיות

פלסטיק מעבדה חד-פעמי מחריף את משבר הזיהום ותורם לעלויות מתכלות. בבידוד שלפוחית חוץ-תאית (EV), צינורות אולטרה-צנטריפוגות פוליקרבונט (UC) משמשים כדי לשאת את הכוחות הצנטריפוגליים הגבוהים הקשורים. פרוטאומיקה של EV היא תחום מתקדם ופרוטוקולים מתוקפים לשימוש חוזר עבור צינורות אלה חסרים. שימוש חוזר בחומרים מתכלים עבור פרוטוקולי בידוד חלבונים בעלי תפוקה נמוכה ופרוטאומיקה במורד הזרם דורש תאימות מגיבים עם רכישות ספקטרוסקופיית מסה, כגון היעדר זיהום פולימר סינתטי שמקורו בצינור צנטריפוגה, והסרה מספקת של חלבונים שיוריים.

פרוטוקול זה מתאר ומאמת שיטה לניקוי שפופרות UC מפוליקרבונט לשימוש חוזר בניסויי פרוטאומיקה של EV. תהליך הניקוי כולל טבילה מיידית של צינורות UC ב- H₂O כדי למנוע התייבשות חלבון, שטיפה בחומר ניקוי 0.1% נתרן דודציל סולפט (SDS), שטיפה במי ברז חמים, מים נטולי מינרלים ו- 70% אתנול. כדי לאמת את פרוטוקול השימוש החוזר בשפופרת UC עבור פרוטאומיקה של EV במורד הזרם, התקבלו שפופרות משומשות בעקבות ניסוי שבודד כלי רכב חשמליים מרקמת הלב וכלי הדם באמצעות UC דיפרנציאלי והפרדת שיפוע צפיפות. צינורות נוקו והתהליך הניסיוני חזר על עצמו ללא דגימות EV שהשוו שפופרות UC ריקות שמעולם לא נעשה בהן שימוש לצינורות UC מנוקים. כדורי הפסאודו-EV שהתקבלו מהליכי הבידוד עברו ליזה והוכנו לספקטרומטריית מסה כרומטוגרפית נוזלית באמצעות ערכת הכנת דגימת חלבון מסחרית עם שינויים לדגימות חלבון בשפע נמוך.

לאחר הניקוי, מספר החלבונים שזוהו הופחת ב-98% בפסאודו-גלולה לעומת דגימת הבידוד הקודמת של EV מאותה צינור. בהשוואה בין צינורית נקייה לשפופרת ריקה, שתי הדגימות הכילו מספר קטן מאוד של חלבונים (≤20) עם דמיון של 86%. היעדר פסגות פולימריות בכרומטוגרמות של הצינורות המנוקים אושר. בסופו של דבר, תיקוף פרוטוקול ניקוי צינורות UC המתאים להעשרת כלי רכב חשמליים יפחית את הפסולת המיוצרת על ידי מעבדות EV ויוזיל את עלויות הניסוי.