Эффективность и лежащие в ее основе механизмы лечения экземы заднего прохода ShiDuGao на основе наборов данных GEO и сетевой фармакологии

Summary

Это исследование было направлено на выяснение механизма местного введения лекарств с использованием синергетической интеграции сетевых наборов данных по фармакологии и экспрессии генов (GEO). В этой статье оценивалась осуществимость, цель и механизм ShiDuGao (SDG) в лечении экземы ануса.

Abstract

Экзема заднего прохода – это хроническое и рецидивирующее воспалительное заболевание кожи, поражающее область вокруг ануса. В то время как поражения в основном возникают в анальной и перианальной коже, они также могут распространяться на промежность или гениталии. Было обнаружено, что ShiDuGao (SDG) обладает значительными репаративными свойствами против анального зуда, контроля экссудации, уменьшения влажности и восстановления кожи. Тем не менее, генетические мишени и фармакологические механизмы ЦУР при анальной экземе еще предстоит всесторонне выяснить и обсудить. Следовательно, в этом исследовании использовался сетевой фармакологический подход и использовались наборы данных экспрессии генов (GEO) для изучения генов-мишеней. Кроме того, была создана сеть белок-белковых взаимодействий (ИПП), в результате чего было идентифицировано 149 мишеней, из которых 59 считались генами-концентраторами, в сети взаимодействия «лекарство-мишень-заболевание».

Генная функция ЦУР в лечении перианальной экземы оценивалась с помощью Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) и анализа генной онтологии (GO). Впоследствии функция антиперианальной экземы и потенциальный путь достижения ЦУР, выявленные в ходе сетевого фармакологического анализа, были валидированы с использованием методологии молекулярного докинга. Биологические процессы, связанные с генами и белками, нацеленными на достижение ЦУР, при лечении экземы заднего прохода в первую очередь охватывают, среди прочего, цитокин-опосредованные реакции, воспалительные реакции и ответы на липополисахариды. Результаты анализа обогащения путей и функциональной аннотации свидетельствуют о том, что ЦУР играет решающую роль в профилактике и лечении анальной экземы, регулируя пути инфицирования шигеллезом и вирусом простого герпеса 1. Анализ базы данных сетевой фармакологии и GEO подтверждает многоцелевой характер ЦУР в лечении анальной экземы, в частности, путем модуляции TNF, MAPK14 и CASP3, которые являются важнейшими мишенями-концентраторами в сигнальных путях TNF и MAPK. Эти результаты дают четкое направление для дальнейшего изучения терапевтического механизма ЦУР при анальной экземе, подчеркивая при этом его потенциал в качестве эффективного подхода к лечению этого изнурительного состояния.

Introduction

Анальная экзема — это аллергическое заболевание кожи, которое поражает перианальную область и слизистую оболочку и проявляется различными клиническими проявлениями¹. Характерные симптомы включают эритему заднего прохода, папулы, волдыри, эрозию, экссудат и образование корочек. Эти симптомы в основном возникают из-за расчесывания, утолщения и шероховатости пораженного участка².

Анальная экзема, характеризующаяся длительным течением заболевания, рецидивирующими приступами и сложным лечением, может оказывать неблагоприятное воздействие на физическое и психическое здоровье пациентов

Protocol

В этом исследовании не говорится об этическом одобрении и согласии на участие. Данные, использованные в данном исследовании, были получены из генетических баз данных.

1. Прогнозирование мишеней заболевания

1. Получите доступ к базе данных GeneCards (https://www.genecards.org).......

Discussion

Атопический дерматит – это специфическая форма экземы, которая имеет общие механизмы с экземой. Считается, что гены-концентраторы связаны с этим состоянием: TNF, MAPK14 и CASP3. Терапевтическое воздействие ЦУР на анальную экзему в основном объясняется его действием на сигнальные пути TNF и MAPK ч.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
AutoDockTools	AutoDock	https://autodocksuite.scripps.edu/adt/
Cytoscape 3.9.1	Cytoscape	https://cytoscape.org/
GeneCards database	GeneCards	https://www.genecards.org
GEO database	National Center for Biotechnology Information	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
GEO2R tool	National Center for Biotechnology Information	https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/
Metascape	Metascape	https://metascape.org/
Online Mendelian inheritance in man database	OMIM	https://www.omim.org
RCSB protein database	RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)	http://www.pdb.org/
STRING database	STRING	https://string-db.org/
Swiss ADME database	Swiss Institute of Bioinformatics	http://www.swissadme.ch/index.php
Traditional Chinese Medicine system's pharmacology database (TCMSP)	Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform	http://tcmspw.com/tcmsp.php
Venny2.1	BioinfoGP	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html