Quantificazione della morte cellulare indotta da citochine in organoidi del colon umano mediante microscopia a fluorescenza dal vivo

La morte delle cellule epiteliali intestinali (IEC) è aumentata nei pazienti con malattie infiammatorie intestinali (IBD) come la colite ulcerosa (UC) e il morbo di Crohn (CD). Ciò può contribuire a difetti nella funzione della barriera intestinale, esacerbazione dell'infiammazione e immunopatogenesi della malattia. Le citochine e i ligandi del recettore della morte sono parzialmente responsabili di questo aumento della morte per IEC. Le citochine rilevanti per le IBD, come il TNF-α e l'IFN-γ, sono citotossiche per le IEC sia indipendentemente che in combinazione. Questo protocollo descrive un test semplice e pratico per quantificare la citotossicità indotta da citochine in organoidi del colon derivati da pazienti con CD utilizzando un colorante fluorescente per la morte cellulare (SYTOX Green Nucleic Acid Stain), microscopia a fluorescenza dal vivo e software di analisi delle immagini open source. Dimostriamo anche come utilizzare il modello matematico di indipendenza di Bliss per calcolare un coefficiente di interazione perturbagena (CPI) basato sulla citotossicità degli organoidi. Il CPI può essere utilizzato per determinare se le interazioni tra combinazioni di citochine o altri tipi di perturbageni sono antagoniste, additive o sinergiche. Questo protocollo può essere implementato per studiare l'attività citotossica di citochine e altri perturbageni utilizzando organoidi del colon derivati da pazienti.