Çevrelerine iyi adapte olan organizmaların hayatta kalma ve çoğalma olasılığı daha yüksektir. Bununla birlikte, doğal seçilim mükemmel bir şekilde adapte olmuş organizmalara yol açmaz. Doğal seçilimi kısıtlayan birkaç faktör vardır.

Birincisi, doğal seçilim ancak mevcut genetik çeşitlilik üzerinde hareket edebilir. Varsayımsal olarak, kırmızı dişler, fildişi arayan kaçak avcıları caydırarak fillerin hayatta kalmasını artırabilir. Bununla birlikte, kırmızı dişler için gen varyantları ya da aleller yoksa, doğal seçilim kırmızı dişlerin yaygınlığını arttıramaz. Alel önce var olmalı veya mutasyon yoluyla ortaya çıkmalıdır.

Takas da doğal seçilimi sınırlar. Kırmızı dişler için bir alel, kaçak avlanmaya karşı koruyabilir, aynı zamanda dişleri kırılgan hale getirebilir ve dövüş ve yiyecek arama için daha az yararlı hale getirebilir.

Genomik düzeyde takaslar vardır çünkü doğal seçilim aleller yerine bireyler üzerinde hareket eder. Aynı kromozom üzerindeki komşu genler genellikle birbirine bağlıdır ve birlikte nesilden nesle aktarılır. Kısırlığa neden olan bir alel ile kırmızı dişler için bir alel aktarılırsa, kırmızı dişler kaybolabilir çünkü kalıtsal kombinasyon yarardan çok zarar verir.

Ara özellikler de, doğal seçilimi kısıtlayabilir. Üç çeşit dişe sahip bir fil popülasyonu düşünün: geleneksel, kırmızı dişler ve bir ara gül. Gül dişleri, geleneksel dişler gibi kaçak avcıların dikkatini çekebilir ve kırmızı dişler gibi kırılgan olabilirler. Ara fenotipin zararlılığı, fil popülasyonlarında gelenekselden kırmızı dişlere geçişi kısıtlayabilir.

Doğal seçilim genel olarak bir popülasyonun hayatta kalma ve üreme kabiliyetini artırırken, diğer evrim mekanizmalarının tam tersi bir etkisi olabilir. Zararlı aleller ortaya çıkabilir ve göç (yani gen akışı) veya doğal afetler gibi tesadüfi olaylarla (yani genetik sürüklenme) yüzünden yararlı aleller silinebilir. Evrim, mükemmelliğe doğru bir hareket değil, popülasyonlar üzerindeki birleşik baskıların bir sonucudur.