- [Anlatıcı] Filogenetik ağaç, organizmalar içindeki evrimsel ilişkiyi tasvir eder. Bu ilişkiler; uçları, dalları, bağlantıları ve kökü bulunan bir ağaç biçimini alır. Bilhassa ağacın uçları, hâlâ mevcut ya da yaşayan taksonları temsil eder.

Dallar ise atalar ve alt soylar arası DNA dizilimi gibi evrimsel değişiklikleri veya tüyler gibi karakteristik özelliklerin evrimini temsil eder. Yakın bir ortak atayı paylaşan gruplar, yani kardeş taksonlar, en yakın akrabalardır ve dalların birleştiği bağlantı noktalarını paylaşırlar. Kertenkelelerle kuşlar ve kemirgenlerle insanlar gibi.

Alt bağlantı noktası, ağaçtaki tüm organizmaların en yakın zamandaki ortak atasına tekabül eder. Filogenetik ağaçlar, ortak bir atanın alt soyu olan organizmaları gruplandırır. Bir grup, en yakın zamandan ortak atayı ve onun tüm alt soylarını içerdiğinde, buna aynı atadan gelen organizma veya monofiletik grup denir.

Örneğin var olan tüm tüylü omurgalılar kuş olarak kabul edilir. Parafiletik grup, ortak bir ata türü ve onun kimi alt soylarını içerir. Örneğin dört bacaklı tüm pullu hayvanlar sürüngendir, memeliler ve kuşlar dışında.

Tarihsel olarak biyologlar, bazı organizmaları polifiletik olarak sınıflandırmıştır. Artık kullanılmayan bu tanım, yakın bir ortak atayı paylaşmayan organizmaları gruplandırmaktaydı. Örneğin böcekçiller, böcek yiyen dişsiz memelilerdir.

Organizmalar arasındaki evrimsel ilişki morfolojik ve genetik özelliklerin karşılaştırılmasıyla belirlenebilir. Doğru filogenetik ağaçlar oluşturmak için bilim insanları, azami tutumluluk ve azami benzerlik gibi yöntemlere başvurmaktadır. Azami tutumluluk yönteminde organizmalar arası asgari değişim miktarı varsayılır.

Kanada geyiği, somon balığı ve balinanın filogenetik ağaçtaki dizilimini ele alalım. Hem somon balığı hem de balina, su canlısıdır. Somon balığı ve balinanın monofiletik bir grup olduğu en basit açıklama gibi görünebilir.

Oysa anatomilerine yakından baktığımızda balina ve Kanada geyiğinin daha yakın akrabadır. Kanada geyiği ve balinayı aynı gruba koymak, daha az evrimsel değişimi varsaymaktır, bu da azami tutumluluk analizinin hedefidir. Alternatif bir yaklaşım olan azami benzerlik tüm değişimlerin eşit ölçüde benzer olmamasını göz önünde bulundurur.

Yani gözlemlenen organizmalara sebebiyet veren en olası senaryoyu temel alarak bir filogenetik ağaç çıkarılabilir. Örneğin DNA diziliminden yola çıkarak filogenetik ağaç oluşturan bilim insanları, tiyamindense guaninin, adeninin yerine daha kolay konabileceğini göz önünde bulundurabilir. Gelişmiş bilgisayar algoritmaları, en tutarlı ve olası filogenetik ağaçların oluşturulmasına yardımcı olur.