Transkripsiyon düzenleyicileri, kodlamayan DNA üzerindeki, eşyanlı-düzenleyici diziler olarak bilinen, belirli kısa bölümlere bağlanan proteinlerdir. Gen regülasyonunun bu temel bileşenleri, genom boyunca bulunur. Transkripsiyon düzenleyicileri, çift sarmal formunda DNA'nın üzerindeki eşyanlı-düzenleyici dizilere bağlanabilir.

DNA'nın sarmal formu, boyutları farklı iki oluğa sahiptir. Ana oluk olarak bilinen ve daha geniş olan oluk, daha küçük olan küçük oluğa kıyasla daha erişilebilirdir;bu da etkileşimlerin çoğunun ana olukta gerçekleşmesine neden olur. Azotlu bazların kenarları, oluklar boyunca açığa çıkmıştır ve hidrojen bağı ve diğer kovalent olmayan etkileşimlere girebilir.

Transkripsiyon düzenleyicilerinin bu bağlanmaları, diziye özgüdür. Bununla birlikte, yakından ilişkili diziler de tanınır. Bu birleşme, çok sayıda kovalent olmayan etkileşim varlığı nedeniyle oldukça kararlıdır.

Eşyanlı-düzenleyici diziler, transkripsiyonun inhibisyonu ve başlatılması ve ayrıca transkripsiyon hızı da dahil olmak üzere gen transkripsiyonunun her yönünü yönetir. Bunlar, genel olarak, transkripsiyon alanına yakın olanlar ve buradan binlerce baz çifti uzakta olanlar olarak sınıflandırılır. Yakın olanlar genellikle, gen transkripsiyonunu başlatan başlatıcı dizilerinin bir parçasıdır.

Daha uzakta olanlar, transkripsiyonun hızlandırılmasında veya susturulmasında rol alabilir. Çoğunlukla, DNA ve kromozomun kompakt şekilde paketlenmesi, bu dizilerin, dizi içinde çok uzakta olsalar bile, düzenledikleri gene uzaysal olarak yakın olmalarına neden olur. Çoğu genin ekspresyonu, birçok eşyanlı-düzenleyici dizinin bir kombinasyonu tarafından kontrol edilir.

Nadiren, bir gen yalnızca tek bir dizinin kontrolü altında olabilir.