Gen transkripsiyonu, bir gen düzenleyici bölgede bir kompleks oluşturan birkaç proteinin sinerjik etkisi ile düzenlenir. Bu, gen ekspresyonunun düzenlenmesinin karmaşık bir süreç olduğu ökaryotlarda gözlenir. Ökaryotlardaki düzenleyici proteinler genel olarak iki tipe ayrılabilir – doğrudan spesifik DNA dizilerine bağlanan düzenleyiciler ve düzenleyici proteinlerle ilişkili olan ancak doğrudan DNA'ya bağlanamayan eş düzenleyiciler. Bu ko-düzenleyiciler ayrıca işlevlerine göre ko-aktivatörlere veya ko-baskılayıcılara ayrılır.

Bireysel bir eş düzenleyici, ilişkili kompleksindeki rolüne bağlı olarak bir eş aktivatör veya bir eş baskılayıcı olarak işlev görebilir. Örneğin, transkripsiyonel ko-baskılayıcı G9a, GRIP1 ve CARM1 gibi diğer ko-aktivatörlerle birlikte bir steroid hormon reseptörü için gen ekspresyonunun aktivasyonuna katılır. Proteinin farklı alanları bu çeşitli işlevleri yerine getirir. Kompleksteki role ek olarak, bu düzenleyiciler, kromatin yapısının yeniden modellenmesi yoluyla gen ekspresyonunu düzenlemeye yardımcı olabilecek enzimatik aktivitelere sahiptir.

Histon asetiltransferazlar ve histon demetilazlar ko-aktivatörler olarak işlev görür; bununla birlikte, bu işlevleri yerine getirebilmek için önce bir transkripsiyon aktivatörü tarafından düzenleyici bölgeye lokalize edilmeleri gerekir. Histon asetiltransferazlar, histon kuyruklarındaki lizin kalıntılarını asetile edebilir. Asetilasyon kromatini açar ve gen ekspresyonunu arttırır. Öte yandan, histon deasetilazlar ve histon metiltransferazlar birlikte baskılayıcı olarak işlev görür. Bu modifikasyonların her ikisi de kromatin yapısının sıkılaşmasına yol açar ve böylece gen ekspresyonunun önlenmesine yol açar.