Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Visual analitik (VA), etkileşimli veri analiz yeni bir yaklaşım. Bu video, yüksek verimli biyolojik deneyler tarafından getirilen veri aşırı sorunu tartışmak ve bu soruna bir çözüm olarak VA teklif. Içinde ve immünolojik veri setleri arasındaki Tableau denilen bir VA aracını kullanarak video analizi göstermektedir.
Visual analitik (VA), interaktif görsel ekran üzerinden büyük veri analiz etmek için yeni bir yol olarak ortaya çıkmıştır. Biz programı ve biyolojik veri setlerinin analizi VA yaklaşımın esnekliği göstermiştir. Immünoloji, bu veri setlerinin Örnekler flow sitometri, LUMINEX veri ve genotipleme (örneğin, tek nükleotid polimorfizmi) verileri içerir. Geleneksel bilgi görselleştirme yaklaşımının aksine, VA, analist, gerçek zamanlı veri arama sürecinde yapmaya izin vererek analistin elinde analiz gücünü tekrar geri kazandırır. Biz, çeşitli VA araçları değerlendirdikten sonra Tableau adlı VA yazılım seçti. İki tür veri setleri içinde ve arasında analiz analiz görevleri eşleştirilmiş analizi olarak adlandırılan bir yaklaşım kullanarak video sunumu gösterildi. VA olarak tanımlanan Eşleştirilmiş analizi, bir VA aracı uzmanı analizi sırasında bir etki alanı uzmanı ile yan yana çalıştığı bir analiz yaklaşımı. Etki alanı uzman verilerin önemini anlıyor ve toplanan verilerin ele sorular sorar. Aracı uzman daha sonra, bu sorulara cevap olabilecek veri desenleri bulmanıza yardımcı olmak için görselleştirme oluşturur. Hipotez üretme ve verilerin hızlı bir görsel ekran arasında kısa bir gecikme süresi VA yaklaşımın en önemli avantajlarından biridir.
1. Keşif-tabanlı Tableau Analizi
2. Sunum Gereksinimler
3. TEMSİLCİSİ SONUÇLAR
Şekil 1 A ekranExcel dosyası demo.xls NFKBIA adlı tablo ithal sonra Tableau. Boyutları ve önlemler raflara doğru sırasıyla, kategorik ve sayısal veri ile doldurulur.
Şekil 2 Hesaplanmış Alan pencere Tableau olarak kullanmak için özel bir hesaplanan alan oluşturmak için çağrılır. Sol alt kutusunda liste tanımlamak mümkün alanlarda yardımcı olur ve sağ taraftaki liste, formülde kullanılan işlevleri kısaltma içerir. Bu örnekte, PFD> 2 olarak işaret ettiği nihai bir değer elde etmek için PFD4, PFD3 ve PFD2 değerler eklemek istedim
Şekil 3 uyaran konsantrasyon seviyesi vs gözlenen sitokin konsantrasyon Görselleştirme. Görselleştirme uyaran 3M-002 farklı konsantrasyon seviyeleri sitokin TNF-α yoğunluklara karşı bir komplo gösterir. Çizgilerin renkleri NFKBIA gen, doğuştan gelen bağışıklık çalışmada bireylerin bir tek nükleotid polimorfizmi için farklı genotipleri bakın.
Şekil 4, iki sütunlu bir görselleştirme matris bir ekran görüntüsü . Biz iki uyaranlara, 3M-003 ve LPS verilen yanıtlar bir yan-yana karşılaştırma kolaylaştırmak için bir iki sütunlu bir matris oluşturulur. X-eksenleri iki uyaranların farklı konsantrasyon düzeyleri, ve y-ekseni araziler hesaplanan alan değerleri, PFD> 2.
Şekil 5 Bu Tableau pencerelerde farklı tablolarınızda kaydedilen veriler nasıl bağlanacağını göstermektedir. Farklı elektronik tablolar bağlanma veriler bu anahtar değerleri kullanarak, mantıksal katılmak hükümler birleştirerek yapılabilir.
Görselleştirme ve Analiz Aracı | ||||||||||
Fonksiyon | Tablo | VIS-STAMP | xmdvtool | GGobi | Yıldız ışığı | Gapminder | Visulab | InfoVis Toolkit | Geotime | Ilham vermek |
Paralel araziler koordine | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Yok | Evet | Evet | Yok | Yok |
Scatter plot matrisler | Evet | Yok | Evet | Evet | Evet | Yok | Evet | Yok | Yok | Yok |
Boyutlu azalma | Yok | Yok | Evet | Evet | Yok | Yok | Yok | Yok | Yok | Yok |
Geçici boyutları | Evet | Evet | Yok | Evet | Evet | Evet | Yok | Evet | Evet | Yok |
Geospatial boyutları | Evet | Evet | Yok | Yok | Evet | Evet | Yok | Yok | Evet | Yok |
Metin madenciliği | Yok | Yok | Yok | Yok | Evet | Yok | Yok | Yok | Yok | Evet |
Doğrudan veri manipülasyonu | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Yok | Evet | Yok |
Süzme | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Yok | Evet | Evet |
Genişletilebilirlik diğer platformlar için (örneğin, R) | Evet | Yok | Evet | Evet | Yok | Evet | Yok | Evet | Yok | Yok |
CSV tablo biçimleri | Evet | Evet | Evet | Evet | Yok | Yok | Evet | Evet | Evet | Yok |
XML veri formatları | Evet | Yok | Yok | Evet | Evet | Yok | Evet | Evet | Evet | Yok |
1 ile başa çıkabilirim0000 + satır | Evet | Yok | Yok | Yok | Evet | Yok | Yok | Yok | Yok | Evet |
Belgeleme | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet | Evet |
Ticari ürün | Evet | Yok | Yok | Yok | Evet | Yok | Yok | Yok | Evet | Evet |
Tablo 1. görsel analiz araçları ve bazı özellikler listesi.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Modern biyomedikal araştırma yüksek verimlilik teknolojisinin gelişiyle araştırma verileri daha verimli bir şekilde analiz gerektiren bir patlamaya yol açtı. Visual analitik (VA), analitik akıl interaktif görsel arayüzleri (1) kolaylaştırdı bilim dalıdır. VA yaklaşım bilgisayar tarafından kalıplarını tespit etmek için geleneksel yaklaşımın aksine, insan analisti elinde analitik güç, geri yükler. Visual analitik savunma araştırma (1) ve kasırga eğilimleri (2) gibi çeşitli alanları, ar...
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Biz proje için bir yorum ve öneriler sunmak için Visual Analytics (VIVA) Vancouver Enstitüsü üyelerine teşekkür etmek istiyorum. Özellikle, biz, John Dereotu, Brian Fisher ve David Darvill teşekkür etmek istiyorum. Ayrıca, verdikleri destek ve yararlı tartışmalar için Kollmann laboratuar üyelerine teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, Ulusal Alerji Enstitüsü ve Bulaşıcı Hastalıklar, Ulusal Sağlık Hibe N01 AI50023 Enstitüsü tarafından desteklenen; allerjen NCE Hibeler 07-A1A ve 07-B2B ve Michael Smith Sağlık Araştırma Vakfı. TRK Hasta Çocuk Vakfı, Çocuk ve Aile Araştırma Enstitüsü ile işbirliği içinde, Sağlık Araştırma Eğitim Kanada Çocuk Sağlığı Klinisyen Scientist Programı Hibe için Kanadalı bir Enstitüleri tarafından Burroughs Wellcome Fonu reklam Biyomedikal Bilim Kariyer Ödülü, (kısmen desteklenir British Columbia), Kadın ve Çocuk Sağlığı Araştırma Enstitüsü (Alberta) ve Manitoba Çocuk Sağlığı Enstitüsü.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır