Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Oligonükleotid çiftli florasan boncuklar kullanarak bir örnek içinde mikroorganizmaların tespiti için çoklama yöntemi açıklar. Bir örnek içindeki tüm organizmalar Amplikon bir panel prob-çiftli boncuk melezleşmiştir. LUMINEX veya Bio-Plex enstrüman, boncuk, boncuk türü ve hibridizasyon sinyali için her bir sorgu için kullanılır.
Bakteriyel vajinozis (BV), "normal" Mikrobiyota Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae de dahil olmak üzere çok sayıda bakteri türlerinin hakim olduğu bir Mikrobiyota Lactobacillus-egemen, ve diğerleri 1-3 bir değişiklik ile karakterize tekrarlayan polimikrobiyal bir sendromdur. Bu durum, HIV satın alma 4 de dahil olmak üzere, olumsuz sağlık sonuçları, bir dizi ile ilişkili olup, klinik olarak 5 yönetmek için zor olabilir. Ayrıca, BV tanısı, çeşitli sayısal kriterleri 6,7 puan vajinal sürüntü smear Gram boyama güvendi . Bu tanı, basit, ucuz ve kaynak sınırlı ayarları iyi uygun olmasına rağmen, sübjektif ve vajinal Mikrobiyota 8 kompozisyon ayrıntılı bir profilini vermez sorunları muzdarip olabilir. Yeni derin sıralama çabaları ile zengin, çeşitli vajinal Mikrobiyota ortaya koymuşturbir dizi BV 11,12 moleküler tanı için potansiyel hedefler belirlenmesi sonuçlandı Normal 9,10 olarak bireylere kıyasla BV tanısı kişilerden alınan örnekler arasında belirgin farklılıklar. Bu çalışmalar yararlı bilgiler bir zenginlik var, ama derin sıralama henüz klinik bir ortamda bir tanı yöntemi olarak pratik değildir. Biz son zamanlarda hızla LUMINEX platformu 13 algılama oligonükleotid çiftli florasan boncuklar kullanılarak, çok katlı bir biçimi vajinal Mikrobiyota profil için bir yöntem tanımlanmıştır. Bu yöntem, mevcut Gram boyama tabanlı yöntemler gibi basit ve hızlı ama prob tasarım çalışmaları sıralama kaynaklanan moleküler bilgi sömürmek için ek bir avantaj katıyor. Bu yöntem, bu nedenle, BV, spesifite ve duyarlılığı yüksek comp ile teşhis etmek için kullanılabilecek bir vajinal sürüntü bulunan önemli mikroorganizmalar profil bir yol sağlaryarı-kantitatif ve hızlı bir şekilde türlerin varlığı ve bolluk hakkında ek bilgi sağlarken Gram boyama ared. Bu çoklama yöntemi, şu anda tek bir örnek 14 5 veya 6 farklı deneyleri ile sınırlı belirli organizmalar için geçerli kantitatif PCR testleri aralığının dışında genişletilebilir. Önemlisi, bu yöntem vajinal bezlerden bakteri tespit sınırlı değil ve hızla ilgi hemen hemen her mikrobik bir topluluk profil kolayca adapte edilebilir. Örneğin, son zamanlarda, atıksu arıtma tesislerinde kullanım için tanı araçları geliştirme metodolojisini uygulamak için başladı.
Bu yöntem Dumonceaux ark bildirilen araştırma kullanılmıştır. J. Clin. Microbiol 47, 4067-4077, DOI: 10.1128/jcm.00112-09 (2009).
Genel prosedürü anlatan şematik diyagramı Şekil 1'de sunulmaktadır.
1. Boncuk kaplin
(Bkz. Tablo 2) polistiren LUMINEX boncuk oligonükleotid problar kaplin için kullanılacak yöntemler açıklanmıştır. Hacimler yeni yakalama probları bir deneme olarak değerlendirilmesi için biraz adapte; bu miktarlar parantez içinde belirtilmiştir.
2. Chaperonin 60 evrensel hedef tek iplikçikler Amplikon üretim ve üretim (cpn60 UT).
3. Oligonükleotid çiftli polistiren boncuklar tek iplikli PCR ürün Hibridizasyon.
4. Temsilcisi sonuçları:
Geliştirilmesi ve uygulanması bu testte amaçlarından biri, mümkün olduğunca basit ve düzenli olarak bunu yapmak için. Bu nedenle makul bir zaman çerçevesi içinde tamamlanabilir bir test geliştirmek için T7 eksonükleaz tedavi süresi ve hibridizasyon süresi de dahil olmak üzere, kritik amplifikasyon sonrası adımları optimize edilmiş. Şekil 2A gösterildiği gibi, Amplikon T7 tedavisi çoğu probları T7 tedavi ile kısa ya da çok az ya da hiç sinyal olduğu gibi, sinyal üretimi için esastır. Sinyal sinyal artışı yavaşladı, hangi zamanda, yaklaşık 40 dakika kadar doğrusal bir artış göstermiştir. Primerlerin phosphorothioate değişiklik küçük kalkan önlenmesinde son derece etkili olduğunu gösteren sinyal hiçbir bozulma, T7 tedavi süresi 2 saat bile gözlendit iplikçik bozulması 15 nitelendirdi. Biz genel protokol süresini en aza indirmek için T7 tedavi süresi için 40 dakika seçti, ama T7 tedavi çok daha uzun süre devam edebilir Şekil 2A açıktır. Ayrıca sinyal nesil (Şekil 2B) hibridizasyon zaman etkisi belirlenir ve 10 dakika maksimum sinyal için yeterli olduğunu, melezleşme 4 saat sonra bile sinyal daha fazla artış gözlendi. Bu nedenle, genel test süresini en aza indirmek için 10 dakika hibridizasyon adım tekrar seçildi. Göz önünde bulundurarak, InstaGene (Bio-Rad) gibi hızlı DNA ekstraksiyon teknikleri ile bu sonuçlar ile, DNA ekstraksiyonu, PCR, ve LUMINEX analizleri de dahil olmak üzere genel bir tahlil, 4-5 saat içinde tamamlanabilir.
Dikkat edilmesi gereken bir nokta, bir LUMINEX veya Bioplex çalışması sırasında polistiren boncuklar agregasyonunun düzeyi testin verimliliği üzerinde büyük bir etkiye sahip olabilir. Bioplex yazılımı oluşur boncuk kümeleme seviyesi gösterecektirBirden fazla boncuk lazer yolu ve agrega hibridizasyon sinyali dışlama sonuçları tespit edilmiştir. Görünür boncuk agregasyon tek bir boncuk için uygun boyutta olmayan herhangi bir partikül madde neden olabilir ve hatta hava kabarcıkları neden olabilir. Bu olaylar herhangi bir boncuk agrega, hava kabarcığı veya partikül sinyal atılır. Çoğu durumda, biz o boncuk agregasyonu az (Şekil 3A) ve her boncuk için 100 sayma olayların hedeflenen düzeyin kolayca ulaşılabilir. Bununla birlikte, bazen boncuk, orta (Şekil 3B) ya da şiddetli bir agregasyon (Şekil 3C) düzeyi göstermektedir. Bu durumlarda, verilerin çoğu atılır, cihaz 100 boncuk tipine göre olaylar ve sonuçları ulaşmada sorun tartışmalı olabilir olabilir. Sonication adım (adım 3.2) boncuk agregasyonu en aza indirmek içindir. Buna ek olarak boncuk, seyreltilmiş Microsphere ana karışımlar (adım 1.20) olarak saklamak yardımcı olabilir. Biz hybri, bu hariç TMAC fark vardization tampon yerine SA-PE seyreltici (adım 3.5) ekleyerek boncuk agregasyonu en aza indirmek için yardımcı olur. Ayrıca, bu test değil ise, LUMINEX veya BioRad yeni manyetik boncuk agrega için bir eğilim daha az göstermek için düşünülmektedir.
G. hedefleyen bir 5-karmaşık LUMINEX dizi uygulama sonuçları vaginalis, A. vaginae, L. iners, L. crispatus, ve L. ilgili Gram boyanan çubukla vajinal smear ile birlikte gasseri Şekil 4'te gösterilmiştir. Bu örnekler, tek bir bireyin birden fazla zaman noktalarında alınmıştır. 0 zamanında, bireysel Gram boyama dayalı BV tanısı (Şekil 4A) ve dizi, G. temsil edilen organizmaların bu aynı örnek LUMINEX sonuçları (Şekil 4B) gösterisi vaginalis, en yaygın iken A. vaginae ve L. iners da pozitifti. Dokuz gün sonra, bireysel hala BV pozitif ve sG. için ignal vaginalis önemli ölçüde artmıştır ise A. vaginae ve L. iners hala pozitifti. Gram pozitif basil smear saptanabilir oldu önemlisi, G. için sinyal ise, bu süreden sonra bireysel (Şekil 4A), normal bir Mikrobiyota geçiş başladı vaginalis azaldı ve L. için sinyal iners (Şekil 4B) artmıştır. Gram G. algılamak için başarısız leke rağmen, bu yöntem (BV pozitif olarak kabul edildi G. vaginalis ve / veya A. vaginae için olumlu örnekleri) 13 BV orijinal tanımı olarak, bu birey, tüm zaman noktalarında olumlu BV Son iki zaman noktalarında vaginalis. Burada anlatılan LUMINEX yöntemi ile, eğilimleri kolayca sıralama tabanlı yöntemlerle karşılaştırıldığında olabilir ve organizma kimliğini ve bolluk hakkında ek bilgi sağlarken LUMINEX testinin sonuçları genellikle Gram boyama 13 doğrulamak.
Şekil 1 LUMINEX karmaşık bir klinik ya da çevresel örnek Mikrobiyota profili belirlemek için protokol şematik. Protokol ilgi örnekten elde edilmiştir DNA ile başlar. (1) kullanarak DNA PCR ürünü oluşturun iplikçik özel biotinlenmiş, değiştirilmemiş cpn60 UT PCR primerleri (Tablo 1) ile birleştiğinde phosphorothioate modifiye cpn60 UT PCR primerleri; (2) Bu Mikrobiyota temsil eden bir PCR ürünü havuzu oluşturur biotin bir iplikçik üzerinde değişiklik phosphorothioate; (3) phosphorothioate modifiye iplikçik düşürebilir ve bu nedenle tek iplikli DNA biotin 5 'sonunda güncellenmiştir oluşturur T7 eksonükleaz, çift zincirli PCR ürününün Digest; (4) Çift türe özgü cpn60 UT probları polistiren boncuklar her boncuk eşsiz bir spektral adresi (boncuk renk ile gösterilen) bu iLUMINEX veya Bio-Plex alet tarafından ayırt edilebilir (5) faiz örnek türe özgü oligonükleotid çiftli boncuk paketi için oluşturulan tek iplikli PCR ürünü melezleşme; (6) bağlanır streptavidin fikoeritrin konjuge ekle biotinlenmiş tek iplikli PCR ürünü ve melezleşme bir göstergesi olarak görür; (7) bir LUMINEX ya da Bio-Plex alet kullanarak spektral adresi (boncuk kimlik) ve hibridizasyon sinyal yoğunluğu belirler. En az 100 boncuk boncuk her kimlik için sayılır ve fikoeritrin sinyal ortalama floresan yoğunluğu (MFI) çıktı olarak rapor edilir. 100 farklı boncuk türleri için aynı anda değerlendirilebilir ancak üç boncuk türleri ayrımcılık gösteren bir tahlil gösterilmiştir. (8) PCR MFI aynı örnekten üretilen çoğaltır zaman (tek-kuyruklu öğrenci Kullanıcı t-testi, p <0.05) bir verilen boncuk negatif kontrolü göre önemli ölçüde daha fazla olduğunu, örnek bu organizma için pozitif olması için kabul edilir.
Şekil 2 LUMINEX tahlil parametreleri optimizasyonu. Beş farklı prob Peptostreptococcus anaerobius hedefleyen P. de dahil olmak üzere klonlanmış cpn60 UT vajina ile ilişkili olduğu bilinen 20 bakteri içeren plazmid oluşan karışık bir şablondan oluşturulan amplikonlarının kullanıldı anaerobius. (A). T7 eksonükleaz tedavi süresi Etkisi. Yukarıda açıklanan protokol izledi ama T7 eksonükleaz ile tedavi süre önce hibridizasyon ve medyan floresan yoğunluğu (MFI) tüm problar için belirlenen değişmekteydi. (B). Hibridizasyon zaman Etkisi. Yukarıda açıklanan protokol çeşitli hibridizasyon kez izledi. A ve tüm problar için medyan floresan yoğunluğu (MFI) olarak tespit edilmiştir aynı şablondan oluşturulan bir Amplikon probları aynı setleri kullanıldı.
Şekil 4 BV tanısı, aynı kişiden alınan sıralı numuneler 5-karmaşık LUMINEX dizi Uygulama . (A). BV her numune değerlendirmek için kullanılan geleneksel teşhis gösteren Gram-lekeli slaytlar. (B). Uygulama 5-karmaşık LUMINEX dizi hazırlanmış ve bu protokol (A) gösterilen aynı dört örnek açıklandığı gibi yürütülür. MFI sinyal Bakteriyel hedefler bizim tanımı (tek kuyruklu Student t-testi, p <0.05) bir yıldız (*) ile gösterilir anlamlı pozitif oldu.
Özgüllük sinyal nesil kritik öneme sahiptir; sinyal gerçekten, o organizmanın elde Amplikon tespiti yansıtan gözlenen emin olmak gerekir. Yazılım PrimerPlex (Premier Biosoft) gibi verimli bir melezleşme olan problar tasarım için yardımcı olabilir, ancak kendilerinin veya hedef olmayan türler çapraz melezleşme değil olabilir. Bu protokol evrensel PCR primerleri açıklandığı gibi kullanıldığı zaman, üretilen Amplikon örnek mevcut organizmaların tümünü temsil ettiğini akılda tutmak öneml...
Çıkar çatışması ilan etti.
Alberto Severini ve Vanessa Goleski tahlil geliştirme ve bu yazının üzerine eleştirel yorumlar yardım için teşekkür ederim. Bu çalışma, Kanada Halk Sağlığı Ajansı ve Endüstriyel Araştırma Destek Programı (Kanada Ulusal Araştırma Konseyi) tarafından finanse edildi. Saskatchewan Üniversitesi Yayın Fonu Ek destek elde edildi.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Oligonükleotid adı | Şirket | Sıra 1 | |
H279BP | Invitrogen, IDT, ya da diğer | Biotin-OEFO GAIIIIGCIGGIGAYGGIACIACIAC | |
H280 | YKIYKITCICCRAAICCIGGIGCYTT | ||
H1612BP | Biotin-OEFO GAIIIIGCIGGYGACGGYACSACSAC | ||
H1613 | CGRCGRTCRCCGAAGCCSGGIGCCTT | ||
1O, phosphorothioate-C, E, phosphorothioate-G, F, phosphorothioate-A, I, inozin Y, C veya T, R, A ya da G, K, T, G, S, C veya G. |
Evrensel cpn60 PCR için modifiye oligonükleotidler Tablo 1: Diziler.
Reaktifi Adı | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
1-Etil-3-(3-dimethylamiopropyl) carbodiimide HCl (EDC) | Delmek | 22980 | |
Floresan polistiren boncuklar: MicroPlex Mikroküreler (LUMINEX), ya da Bio-Plex COOH Boncuk (Bio-Rad) | LUMINEX veya Bio-Rad | Bio-Rad: 171-506xxx xxx boncuk tanımlayıcı tekabül | Manyetik boncuk oligonükleotid bağlamak için kullanılabilir hale geliyor ve bazı avantajlar sunabilir. Bu yazarlar tarafından denenmiş değil. |
Yakalama oligonükleotidler (5 'amino C12 modifiye) | Invitrogen, IDT, ya da diğer | çeşitli | Desalted saflık derecesi kabul edilir. Vajinal bezlerden karakterize etmek için kullanılan yakalama probları dizileri, bu protokolü 13 dayandığı el yazması sağlanır . |
T7eksonükleaz | New England Biolabs | M0263S | |
Streptavidin-R-fikoeritrin (SA-PE) | Invitrogen | S-866 | Yüksek saflıkta SA-PE elde etmek için dikkatli olun; bu katalog numarası önerilir. |
Termo 96 PCR plakaları | Balıkçı | CS006509 | 96-iyi PCR ve Bioplex makine sığacak |
Termo sızdırmazlık mat | Balıkçı | CS006555 | Yeniden kullanılabilir; sabunlu su ile yıkayın, iyice durulayın ve kuru |
5M TMAC | Sigma | T3411 | |
Bio-Plex veya LUMINEX aracı | Bio-Rad veya LUMINEX | Bio-Rad: 171-000201 | |
Prob tasarım PrimerPlex yazılımı | Premier Biosoft | www.premierbiosoft.com | LUMINEX prob de için önerilendiğer yazılım platformlarında kullanılan olsa da, işaret |
Tablo 2. Belirli reaktifler ve ekipmanları.
bileşen | ul / tahlil | μl/100 deneyleri | nihai konsantrasyonu |
10x PCR buffer (Invitrogen) | 5 | 500 | 1x |
50 mM MgCl 2 (Invitrogen) | 2,5 | 250 | 2.5 mM |
10 mM dNTP | 1 | 100 | Her biri 0.2 mM |
H279BP, 25 mcM | 0,25 | 25 | 375 nM |
H1612BP, 25 mcM | 0,75 | 75 | 125 nM |
H280, 25 mcM | 0,25 | 25 | 375 nM |
H1613,25 mcM | 0,75 | 75 | 125 nM |
Su | 34 | 3400 | --- |
Toplamları | 44,5 | 4450 |
Tablo 3: Önerilen modifiye cpn60 UT primerleri ile PCR (Tablo 1) karışımları. Testi DNA ve Taq DNA polimeraz (Invitrogen) 0.5 ul (2.5U) 5 ul için ayarlanır. Normalde büyük miktarlarda hazırlanır (örneğin 100 deneyleri için yeterli) ve -20 ° C'de saklanır
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır