CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein-boru Elektroporasyon tarafından aracılı hassas gen düzenleme

Özet

Burada sunulan verimli CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein aracılı gen düzenleme meme hücrelerinde tüp Elektroporasyon kullanarak bir protokoldür.

Özet

CRISPR ilişkili protein 9 (Cas9) tarafından temsil edilen gen düzenleme nükller, biyomedikal araştırmalarda ana araçlar haline gelmektedir. CRISPR/Cas9 öğelerinin transfeksiyon yoluyla hedef hücrelere başarılı bir şekilde teslimi, verimli gen düzenleme için bir önkoşuldur. Bu protokol, tüp Elektroporasyon (te) makine aracılık teslim Crispr/Cas9 ribonukleoprotein (RNP), tek-telli oligodeoxynucleotide (ssodn) bağışçı şablonları mammalin hücrelerin farklı türleri ile birlikte gösterir, sağlam yol açar kesin gen düzenleme olayları. İlk olarak, te, tavşan fibroblast hücrelerinde interlöşin 2 reseptör altbirim Gama (IL2RG) geni ve Sepiapterin Redüktaz (SPR) geni içinde hastalığa neden olan mutasyonları teşvik etmek için Crispr/Cas9 RNP ve ssodns sunmak için uygulandı. % 3.57%-20 ' si hassas mutasyon oranları, bakteriyel TA klonlama sıralaması ile belirlendiği şekilde elde edilmiştir. Aynı strateji daha sonra insan iPhone 'larda epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), miyosin bağlayıcı protein C, kardiyak (MYBPC3 genlerindeki mutasyonlar) ve hemoglobin altbirim Beta (HBB) dahil olmak üzere çeşitli klinik olarak ilgili genler üzerinde kullanılmıştır. Sürekli olarak, son derece hassas mutasyon oranları elde edildi (11.65%-37,92%) derin sıralamanın (DeepSeq) belirlediği şekilde. Bu çalışma, CRISPR/Cas9 RNP 'nin tüp electroporasyonu, memelinin hücrelerinde gen düzenlemesi için verimli bir transfeksiyon protokolünü temsil ettiğini göstermektedir.

Giriş

CRISPR/Cas9 gen düzenleme için en sık kullanılan programlanabilir çekirdektir. Tek Kılavuzlu RNA (sgRNA) ile çalışır-hem hedef sıralarının hem de genomdaki bitişik protospacer bitişik motif (PAM) dizisinin aracılı tanınması. Cas9 nükleaz, Pam dizisi¹' in upstream üç nükleotid bulunan bir çift telli DNA Break (DSB) oluşturur. DSN 'Ler, hataya eğilimli olmayan Homologous uç birleştirme (NHEJ) veya Homoloji yönlendirilmiş onarım (HDR) yolları aracılığıyla onarılır. HDR yolu ile kesin gen düzenleme elde etmek için, donör şablonları genellikle plazmid DNA (pDNA) veya tek telli oligodeoxynucleotide (ssODN) biçiminde sağlanır.

Crispr/Cas9 ve sgrna üç formatta hücrelere teslim edilebilir: Cas9 protein ve Grna ribonukleoprotein (RNP) kompleksi^2,3; Cas9 mRNA ve sgrna^4,5; veya Plasmid DNA (pdna) gerekli Promoters içerir, Driven sgrna, ve Cas9 kodlama bölgesi^6,7,8. Birçok grup, CRISPR/Cas9 RNP olarak teslim edildiğinde, gen düzenleme verimliliği genellikle pDNA veya mRNA formatlarında elde ettikleri, nüklik asitler⁹ile karşılaştırıldığında çok daha küçük RNP boyutuna atşabilir olduğunu göstermiştir. Ayrıca, daha önce bir roman tüp Elektroporasyon (te) makine özellikle birkaç hücre türleri gen düzenleme uygulamalarında etkili olduğunu gösterilmiştir⁹.

Mevcut çalışma sunulan bir adım-adım protokol çeşitli klinik olarak ilgili loci farklı türlerin memeliler hücrelere CRISPR/Cas9 RNP teslimi için TE kullanarak. Bu roman TE transfeksiyon tekniği ve yüksek HDR oranı fenomen Biyomedikal araştırma geniş uygulamalar bulabilirsiniz.

Protokol

Tüm hayvan bakım, bakım ve kullanım prosedürleri Michigan Üniversitesi Kurumsal hayvan bakımı ve kullanım Komitesi (ıAYUC) tarafından incelendi ve onaylanmıştır.

1. hücrelerin hazırlanması

1. Amerikan tür kültür koleksiyonu 'ndan (ATCC) insan IPhone 'ları (ACS-1030) edinin. Kültür IPhone 'ları, besleyici içermeyen hücre kültürü ortamına sahip yapay ekstrellüler matrisinde (bkz. malzeme tablosu) bir hücre kültürü kuluçkanında (5% CO₂ at 37 °c) tedarikçinin talimatlarını izleyerek.
   1. transfeksiyondan 2 h önce, ıpscs 'yi 10 μM Rho ile ilişkili, helezon-Coil içeren protein kinaz (rock) inhibitörü Y27632 (kullanımı, disikülli insan hippilerinin apoptoz 'i azaltır onların pluripotency etkileyen).
   2. Transfeksiyon sırasında, 37 ° c 'de tek hücrelere 5 dakika boyunca hücre dekolmanı çözeltisi (bkz. malzeme tablosu) Ile ıpscs ayırmak. hücre numarasını say.
2. Daha önce¹⁰açıklandığı gibi, tavşan kulak cilt dokusu biyopsilerin birincil kültürü kullanarak bir tavşan fibroblast hücre kültürü kurmak.
   1. A 0,5 cm x 0,5 cm kulak cilt biyopsisi tavşan kulağı ucunda elde edilir. Kulak dokusunun saçlarını tıraş et.
   2. 5% penisilin-streptomisin ile Dulbecco fosfat-tamponlu tuz (DPBS) ile 2x durulayın. Kulak dokusunu yeni bir 6 cm doku kültürü yemine aktarın, sonra dokuyu küçük parçalara ayırın (~ 1,0 mm x 1,0 mm). Dokusunun kurumasını önlemek için birkaç damla fetal sığır serumu ekleyin.
   3. 10 cm doku kültürü çanak için rendelenmiş doku Spread, sonra kültür orta 10 mL ekleyin. Tavşan fibroblast hücreleri Dulbecco 'nun modifiye kartal Orta (DMEM)% 10 fetal sığır serumu ile kültürlü. Doku kültürü çanak hücre kültürü kuluçinatör koyun (5% CO₂ at 37 °c).
   4. Kaplamandan üç ila beş gün sonra, 37 ° c 'de hücreleri sindirmek için Trypsin-EDTA kullanın 2 dakika. hücre numarasını say.

2. gRNAs ve bağış oligos tasarım ve sentezi

1. Her gen için, online bir araç kullanarak hedeflenen Locus sırasına göre tasarım kılavuzu RNA (örneğin, < http://crispor.tefor.net/>).
2. İlgi DNA dizisi yapıştırın.
3. Bir genom ve protospacer bitişik motif (PAM) seçin. Giriş DNA dizileri olası kılavuz sıraları çıktı sayfasında görüntülenir. Daha yüksek öngörülen verimlilik ve düşük hedef potansiyelleri ile gRNA seçmek için tavsiye edilir.
4. GRNAs transkripsiyonu için ticari bir satıcı tarafından DNA sentezlemek. Üreticinin talimatlarına göre bir gRNA sentezi kiti kullanarak gRNA in vitro transkripsiyon gerçekleştirin.
5. Grna sentezi setine dahil edilen RNA arıtma mikro sütununu kullanarak gRNA 'yı arındırın. Konsantrasyonu ölçün, ardından gRNAs 'ı-80 °C ' ye saklayın.
6. Her mutasyon sitesi için bir ssODN bağış Şablonu Tasarla. SsODNs ıDT gibi ticari satıcılar tarafından sentezlenmiş olabilir. Genel olarak, her ssODN 120-160 nükleotidler (NT) uzunluğundadır, sol Homoloji kolunda 60-80 NT 'den oluşan ve sağ Homoloji kolunda 60-80 NT 'dir. Düzenlenmiş DNA 'nın geri çekilmesini önlemek için, PAM 'de sessiz bir mutasyon mümkün olduğunda ssODN 'de tanıtılmalıdır. CRıSPR kesim sitesi, mümkün olduğunca amaçlanan genomik değişikliğe yakın olarak bulunmalıdır.

3. Cas9 RNP ve ssODNs tüp Electroporation

1. Hücreleri Bölüm 1 ' de açıklandığı şekilde hazırlayın.
2. 20 μL Elektroporasyon tamponunda resuspend 2-3 x 10⁵ hücre. Tek hücreli süspansiyon üretmek için dikkatle yukarı ve aşağı pipet.
3. Cas9 RNP transfeksiyon için, 10-15 dk için oda sıcaklığında (RT) 0,67 μg Grna ile Premiks 2 μg Cas9-NLS protein. Ardından, biçimlendirilmiş RNP kompleksini, hücrelerle birlikte 2 μg ssODN ile hafifçe karıştırın.
4. Hücre karışımını, tüp Elektroporasyon kiti tarafından sağlanan Universal fit pipet uçları kullanılarak 20 μL Elektroporasyon tüpüne aktarın. Daha iyi Electroporation elde etmek için, Transfer sırasında hava kabarcıklarının oluşumunu önlemek için deneyin.
5. Elektroporasyon tüpünü elektroporator yuvasına yerleştirin ve bitirmek için "git" tuşuna basın. Her hücre türü için üreticinin önerilen parametrelerini izleyin. Örneğin, insan iPSCs ve tavşan fibroblast hücreleri için, voltaj seti 420 V ve nabız süresi 30 ms. electroporator ekran ekranında nabız raporu ile başarılı bir Elektroporasyon döngüsü belirtilir.
6. Electroporation sonra, hücre kültürü bölümünde açıklanan önceden ısıtılmış Y-27632-içeren kültür ortamı 1 mL insan IPS hücreleri aktarın. Tavşan fibroblast hücreleri için,% 10 fetal sığır serumu ile DMEM 'e aktarın.
7. Plaka resuspended hücreler bir iyi bir 12 iyi hücre kültürü plaka.
8. Kültür ortamını her gün değiştirin. Y-27632 insan iPSC kültür orta kaldırılır 24 h sonrası Elektroporasyon.

4. Analizi gene düzenleme olayları

1. Hasat hücreleri 72 Elektroporasyon sonra h. İnsan IPhone 'ları için tavşan fibroblast hücreleri veya hücre dekolmanı çözümü için Trypsin-EDTA kullanarak kültür plakasının Özet hücreleri. Santrifüjden sonra, 350 ml liziz tamponu ile pelletini hücreleri (1 m Tris HCL, 5 m NaCl, 0,5 m EDTA; pH 8,0,% 10 SDS, 1 ml Liz tampon başına 20 μl 20 mg/ml proteinaz K stoğu ekleyin), sonra bir gecede 55 °c ' de inküreme yapın.
2. Standart prosedürler kullanılarak fenol-kloroform ile genomik DNA ayıklayın.
3. Yüksek doğruluk DNA Polymerase kullanarak hedeflenen bölge içeren BP DNA parçaları 100-200 yükseltmek, daha sonra bir jel ekstraksiyon kiti kullanarak veya doğrudan PCR SV mini kiti kullanarak jeller DNA parçalarını arındırır.
4. Bakteriyel koloni sıralaması ile gen düzenleme verimliliğini belirlemek için, saflaştırılmış PCR ürünlerini bir TOPO TA klonlama kiti kullanarak bir pCR4-TOPO vektörüne yerleştirin. Rasgele bakteriyel klonlar almak, sonra TOPO TA klonlama kiti tarafından sağlanan evrensel bir sıralı astar kullanarak ekler sıra.
5. Derin sıralamanın gen düzenleme verimliliğini belirlemek için, saf PCR ürünlerini (~ 100-200 BP), bir DNA sıralı çekirdeğinde Crispr amplikon sıralaması için 4,3 adımından gönderin.

Sonuçlar

TE Cas9 RNP ve ssODNs tavşan fibroblast hücreleri için

Cas9 RNP 'nin meme hücrelerinin TE-aracılı tesliminin genel süreci Şekil 1' de gösterilmiştir. IL2RG gende ilk olarak C231Y ve Q235X mutasyonları üretildi ve R150G mutasyonu tavşan fibroblast hücrelerinde SPR geni içinde üretildi. IL2RG ve SPR genlerinde fonksiyon kaybı mutasyonları birincil immünyetmezlik¹¹ ve motor ve bilişsel açıkları¹², sırasıyla neden olduğu bilinmektedir.

Özel sgRNA tasarımları Şekil 2a'da gösterilmiştir. Hedeflenen bölgeleri yükseltmek için kullanılan astar Tablo 3' te listelenir. SsODNs dizileri Tablo 1' de gösterilir. Gen düzenleme oranları bakteriyel TA klonlama ile belirlendi (Şekil 2B). IL2RG C231 Locus 'ta, sıralanmış 28 klonların dışında bir (% 3,57) hassas C231Y mutasyonu, dört (% 14,28) taşınan yapılan ekleme veya silme (İndel) mutasyonları ve kalan 23 (% 82) vahşi tiptir. IL2RG Q235 Locus 'ta, sıralanmış 27 klonların dışında, iki (% 7,41) hassas Q235X mutasyonu, üç taşınan INDEL mutasyonları (% 11,11) taşınır ve kalan vahşi türüdür. SPG R150 Locus 'ta, 20 klonların sıralı, beş (% 25) hassas R150G mutasyonu, 10 (% 50) taşınan INDEL mutations taşınan ve kalan vahşi türüdür.

TE Cas9 RNP ve ssODNs insan iPSCs için

TE daha sonra insan ıpscs için Cas9 RNP ve ssODNs teslim etmek ve EGFR, Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar ve HBB genler klinik olarak ilgili loci hedef kullanıldı. EGFR T790 proksimal bölgedeki nokta mutasyonları, EGFR¹³' ün aktifleştirmeyi etkinleştiren küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (NSCLC) HASTALARıNDA EGFR Tirozin kinaz inhibitörlerine karşı direnç göstermektedir. MYBPC3 genlerindeki mutasyonlar yılında eXoN 16 ' da mutasyonu mutasyonu hipertrofik kardiyomiyopati¹⁴' te karışmış durumdadır. HBB geni E6V nokta mutasyonu orak hücre hastalığına yol açar¹⁵.

Özel sgRNA tasarımları Şekil 3A'da gösterilmiştir. Hedeflenen bölgeleri yükseltmek için kullanılan astar Tablo 3' te listelenir. SsODNs dizileri Tablo 1' de gösterilir. Gen düzenleme oranları DeepSeq (Şekil 3B) tarafından belirlendi. EGFR Locus,% 15,68 alelleri doğru nokta mutasyonları (6.315 okur),% 22,75 taşınan INDEL mutasyonlar (9.162 okur), ve kalan% 61,57 vahşi türü (24.797 okur) taşınır. MYBPC3 genlerindeki mutasyonlar Locus 'ta,% 37,92 hassas 4-BP tgaa silinmesini (11.654 okur),% 2,24 ' si (410 okur) taşınan INDEL mutasyonları ve kalan% 59,84 ' i vahşi tiptir (18.692 okur). HBB Locus 'ta% 11,65 hassas E6V mutasyonu (6.565 okur),% 23,35 ' si taşınan INDEL mutasyonları (13.163 okur) ve kalan% 65 ' ü vahşi tiptir (36.644 okur).

Şekil 1: Cas9 RNP tüp Elektroporasyon akış çizelgesi.

Şekil 2 : Tavşan fibroblast hücrelerinin gene düzenleme. (A) hedef sıraları Illustration. Kutular hedeflenen loci gösterir. Altı çizili harfler gRNA dizilerine karşılık gelir. Kırmızı renkli harfler PAM dizileri gösterir. (B) gen düzenleme olayların sonuçları klonlama. Kutular tam olarak mutasyona uğramış loci gösterir. Gösterilen INDEL sırası sadece bir allel türünün temsilcisidir. Diğer INDEL dizileri gösterilmez. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.

Şekil 3 : Insan iPSCs 'Nin gene düzenlenmesi. (A) hedef sıraları Illustration. Kutular hedeflenen loci gösterir. Altı çizili harfler gRNA sırasına karşılık gelir. Kırmızı renkli harfler PAM dizileri gösterir. (B) gen düzenleme etkinliklerinin deepseq sonuçları. Kutular tam olarak mutasyona uğramış loci gösterir. Kırmızı renkli harfler donör şablonlar tanıtıldı Sessiz mutasyonlar gösterir. Gösterilen INDEL sırası sadece bir allel türünün temsilcisidir. Diğer INDEL dizileri gösterilmez. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek Için lütfen tıklayınız.

Odağı	Oligo dizisi
(hedeflenen mutasyon)
Tavşan IL2RG (C231Y)	AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGAGTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTATGGGAGTGCTCAGCATTGGAGT EMRE k............
Tavşan IL2RG (Q235X)	AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGALTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTGTGGGAGTGCTTAGCATTGGAGT EMRE k............
Tavşan SPR	gacctccatgctctgcctgacctcctgcatcctgaaggcgtttcctgccagtcctggCctcagcgggactgtggtgaacatctcgtcgctgtgtgccctgcagcccttcaagggctggg cgctgtac
(R150G)
İnsan EGFR	ACGTGATGGCCAGCGTGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCTACAGTCCAACTGATTACCC AGCTCATGCCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTAC
(Nokta mutasyonları T790)
İnsan Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar	GCCCCCTGTGCTCATCACGCGCCCCTTGGAGGACCAGCTGGTGATGGTGGGGCAGCGGGTGGAGTTTGCGAGGTATCGGA Bu da benim için çok ıyı bir şeydi, değil mi?...
(4-BP silme)
İnsan HBB	CTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATÇTGACTCCTGTGGAGAAGTCTGCAGTTACTGCC BIR daha DEĞIL, bır daha.......
(E6V)

Tablo 1: ssODNs dizileri.

Adım	Sorun	Olası nedenler	Çözümleri
2,1	Düşük INDEL oranı	Kötü kılavuz RNA tasarımı, kılavuz RNA stokları > 6 ay, düşük kılavuz RNA konsantrasyonu	Yeniden tasarım kılavuzu RNA, üretmek/sipariş yeni kılavuz RNA.
2,3	Düşük PGE verimliliği	kötü donör DNA tasarımı, düşük verimli Kılavuzu RNA, donör DNA veya düşük kaliteli DNA miktarı yanlış	Homoloji kol uzunluğunu artırın, PAM mutasyonunu tanıtın, donör DNA 'sına sessiz mutasyonları tanıtın, daha verimli bir kılavuz RNA kullanın, Cas9 protein oranını optimize edin.
3,4	Başarısız transfeksiyon	Hücre aktarımı sırasında oluşan hava kabarcıkları-Elektroporasyon tüpüne tampon karışımı, yanlış voltaj/süre ayarı	Hava kabarcıklarının oluşumunu önlemeye çalışın, voltaj/süre ayarını ayarlayın.
3,6	Elektroporasyon sonra düşük hücreli canlılığı	Tek insan IPSC düşük hayatta kalma	Elektroporasyon sonrası kaya inhibitörü ekleyin, hücre sayısını artırın.
4,1	Başarısız PCR	Yüksek GC içeriği veya tekrarlayan sıra	Optimize PCR durumu, PCR sisteme DMSO ekleyin.

Tablo 2: sık karşılaşılan sorunlar için kılavuzları sorun giderme.

Primer adı	Sıra	Not
RB-IL2RG-F	GÜLDEN	Tavşan IL2RG DNA parçası yükseltmek için
RB-IL2RG-R	(CAĞAK)
RB-SPR-F	Bu BIR	Tavşan SPR DNA parçasını güçlendirerek
RB-SPR-R	Bu BIR
H-EGFR-F	Bu BIR	İnsan EGFR DNA parçasını güçlendirerek
H-EGFR-R	Bu BIR
H-Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar-F	(ATGCCCCGTGCTTCTGGAAC)	İnsan Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar DNA parçasını yükseltmek için
H-Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar-R	TCAGGGGAGCCAACCCTCAT
H-HBB-F	TANER k	İnsan HBB DNA parçasını güçlendirerek
H-HBB-R	CATTTGCTTCTGACACAACT

Tablo 3:4,3 adımda kullanılan astar.

Tartışmalar

Tüp Elektroporasyon yöntemi tavşan ve insan hücrelerine Crispr/Cas9 RNP ve ssodns teslim etkili oldu, sağlam hassas gen düzenleme (PGE) önde gelen. TE ve diğer konvansiyonel Elektroporasyon cihazları arasındaki birincil fark, iki elektrotların tüpün üst ve alt kısmında olduğu bir tüpün kullanımı ve örnek, Elektroporasyon üzerine mühürlenmiş olarak tam olarak yüklenir (Şekil 1). Buna karşılık, geleneksel bir küvette, elektrotlar yanlarda ve numune Elektroporasyon sırasında tamamen mühürlenmez. Bu yeni tasarım, hava balonu üretimini azaltır ve hava balonu boyutunu sıkıştırır ve dolayısıyla elektrik voltajının bile dağılımını geliştirir ve sonuç olarak düşük hücre ölümü ve yüksek transfeksiyon verimliliği⁹' a yol açar. Mevcut çalışma, yüksek PGE oranları (% 15-37%) insan iPSCs 'de EGFR, Mybpc3 genlerindeki mutasyonlar ve HBB genlerini hedeflemede elde edildi. Bu sonuçlar, insan kök hücrelerinde yüksek PGE oranlarının elde edildiği önceki bir rapor ile tutarlı⁹.

Hastalık neden mutasyonlar tavşan hücrelerinde IL2RG ve SPR genleri hedeflenmiştir. Son zamanlarda, IL2RG-Knockout tavşan insan X bağlantılı şiddetli kombine immünyetmezlik (scid-x1)^16,17için modeller olarak üretilmektedir. Mevcut çalışma, hasta IL2RG mutasyonları (örn., C231Y ve Q235X) tavşan hücrelerinde verimli bir şekilde oluşturulabilir ve hasta mutasyonları taşıyan SCID-x1 tavşan modelleri yaratmanın fizibilitesini göstermektedir. Ayrıca SPR R150G mutasyonların tavşan hücrelerinde verimli bir şekilde oluşturulduğunu göstermiştir. Bu mutasyon¹²çocuklarda motor ve bilişsel açıkları neden olur. Bu IL2RG ve SPR mutasyon tavşan modelleri, bir kez oluşturulan, translasyonel çalışmalar için değerli preklinik modeller olarak hizmet verebilir. Onlar da bu monojenik hastalıklar için gen düzenleme tabanlı terapi kurmak için kullanılabilir.

CRISPR/Cas9-aracılı gen düzenleme uygulamaları için bir endişe off-Target düzenleme olaylardır. INDEL oranları, bu çalışmada (tablo S1) kullanılan sgRNAs için önceden öngörülen üst off-Target sitelerinde, daha önce⁹' da açıklanan yöntemleri kullanarak incelenmiştir. Toplam olarak, yedi potansiyel üst off-Target loci SG-RB-IL2RG-01, beş SG-RB-spr için, yedi SG-hegfr için, beş SG-hMybpc3 ve yedi SG-hhbb için), tablo S2listelenen astarlar kullanarak incelendi. Bu sgrnas 'ı kullanarak Crispr/Cas9 aracılı gen düzenleme için en az hedef dışı riskleri gösteren T7E1 deneyleri (Şekil S1) tarafından hiçbir hedef dışındaki ındels ortaya çıkarıldı. Ayrıca, tüp Elektroporasyon yönteminin kendisini hedef olmayan düzenlemeleri neden veya artırmadığını da gösterir. Yine de, çabaları azaltmak veya istenmeyen hedef dışı düzenlemeleri ortadan kaldırmak için adanmış olmalıdır. Tüm genom sıralaması, klinik uygulamalarda kullanılmak üzere tasarlanan hücreler için bu tür olayları dışlamak için gerekli olabilir.

Teknik düzeyde, aşağıdaki CRISPR/Cas9 RNP tüp Electroporation tarafından verimli hassas genom düzenleme elde etmek için önemli faktörler olarak kabul edilir. İlk olarak, öngörülen düşük hedef potansiyele sahip verimli bir sgRNA seçmeniz tavsiye edilir. Peg uygulamaları için kullanmadan önce seçilen sgrna 'nın INDEL verimliliğini doğrulamak önemlidir. Bir yazılım iyi sgRNA doğrulama adımda başarısız tahmin nadir değildir.

İkinci olarak, yüksek PGE elde etmek için, mümkün olduğunda ssODN donör bir PAM mutasyonu teşvik etmek için tavsiye edilir. Mantık bu şekilde yaparak, CRISPR/Cas9 yeniden kesme donör şablon entegrasyonu engellenir sonra. Bazı durumlarda, PGE 'nin kendisi PAM mutasyonları tanıtır. Diğer durumlarda, PAM sırasına Sessiz mutasyonlar tanıtmak mümkündür. Bir PAM mutasyonu mümkün olmadığından, sgRNA serisine karşılık gelen donörde birkaç sessiz mutasyon dahil etmeye çalışmaları tavsiye edilir.

Üçüncüsü, özellikle te ile alakalı, hücre ve RNP karışımı Elektroporasyon tüpüne aktarırken hava kabarcıklarının oluşumunu önlemek önemlidir. Bir TE tüp tasarımı zaten hava kabarcık oluşumu en aza indirirken, dikkatli kullanım daha da azaltır ve hatta hava kabarcık oluşumu önlemek tamamlamak olabilir. Crispr/Cas9 ribonukleoprotein aracılı hassas gen düzenleme için tüp Elektroporasyon uygulamada karşılaşılabilir sık sorunlar için bir sorun çekim Kılavuzu Tablo 2sağlanır.

Sonuç olarak, burada tüp Elektroporasyon yüksek PGE oranları elde etmek için memeli hücrelere CRISPR/Cas9 RNP ve ssODNs teslimi için etkili bir araç olduğunu gösterilmiştir. Bu yeni TE transfeksiyon tekniği ve sağlam hassas gen düzenleme oranı, gen düzenleme uygulamalarının gelişimini kolaylaştırabilir.

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Accutase	STEMCELL Technologies	792	Cell detachment solution for human iPSCs, first used in Step 1.1.2.
Cas9 Nuclease 3NLS	IDT	1074182	Cas9 protein, first used in Step 3.3.
DMEM	Thermo Fisher	11965092	For cell culture, first used in Step 1.2.3.
DPBS	Thermo Fisher	1708075	For preparing cell culture, first used in Step 1.2.2.
EDTA	Lonza	51201	For making lysis buffer, first used in Step 4.1.
Electroporation buffer	Celetrix	13–0104	The electroporation buffer, first used in Step 3.2.
Electroporation tubes	Celetrix	20 μL: 12–0107; 120 μL: 12–0104	The electroporation tube, first used in Step 3.4.
Electroporator	Celetrix	CTX-1500A LE	The tube electroporation machine, first used in Step 3.5
Fetal bovine serum	Sigma Aldrich	12003C	For cell culture, first used in Step 1.2.2.
Forma CO2 Incubators	Thermo Fisher	Model 370	For cell culture, first used in Step 1.1.
Gel Extraction Kit	Qiagen	28115	For gel purification, first used in Step 4.3.
Human  induced pluripotent stem cells	American Type Culture Collection	ACS-1030	Human iPSCs, first used in Step 1.1.
Matrigel	Corning	354277	Artificial extracellular matrix; for precoating cell culture plate, first used in Step 1.1.
mTeSR 1 medium	STEMCELL Technologies	85850	Feeder-free cell culture medium for human iPSCs, first used in Step 1.1.
PCR SV mini	GeneAll	103-102	For PCR product purification, first used in Step 4.3.
Penicillin-Streptomycin	Thermo Fisher	15140163	For preparing cell culture, first used in Step 1.2.2.
Phenol-chloroform	Thermo Fisher	15593031	For DNA extraction, first used in Step 4.2.
Precision gRNA Synthesis Kit	Invitrogen	A29377	For the generation of full length gRNA (guide RNA), first used in Step 2.4.
Proteinase K Solution	Thermo Fisher	AM2548	For DNA extraction, first used in Step 4.1.
Q5 high-fidelity DNA polymerase	NEB	M0491	For PCR amplification, first used in Step 4.3.
Sodium dodecyl sulfate	Sigma Aldrich	L3771	For making lysis buffer, first used in Step 4.1.
TA Cloning Kit	Thermo Fisher	K457502	For TA clone sequencing, first used in Step 4.4.
Tissue Culture Dish (10 cm)	FALCON	353003	For cell culture, first used in Step 1.2.3.
Tissue Culture Dish (12 well)	FALCON	353043	For cell culture, first used in Step 3.7.
Tissue Culture Dish (6 cm)	FALCON	353004	For cell culture, first used in Step 1.2.2.
Tris HCl	Thermo Fisher	BP1757-500	For making lysis buffer, first used in Step 4.1.
Trypsin-EDTA	Thermo Fisher	25200056	For cell digestion, first used in Step 1.2. 4.
Universal Fit Pipette Tips	Celetrix	14-0101	For electroporation, first used in Step 3.4.
Y27632	LC Labs	Y-5301	The apoptosis inhibotor, first used in Step 1.1.1.