Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Bu çalışma, Escherichia coli'den (E. coli ) hücre ekstraktının hazırlanmasını ve ardından 24 saatten kısa sürede hücresiz protein sentezi (CFPS) reaksiyonlarını açıklamaktadır. Hücresiz otoindüksiyon (CFAI) protokolünün açıklaması, araştırmacı gözetimini azaltmak ve elde edilen hücre ekstraktı miktarlarını artırmak için yapılan iyileştirmeleri detaylandırmaktadır.
Hücresiz protein sentezi (CFPS), transkripsiyon ve çeviri makinelerini in vitro olarak yakalayan bir biyoteknoloji platformu olarak büyümüştür. Çok sayıda gelişme, CFPS platformunu yeni kullanıcılar için daha erişilebilir hale getirdi ve uygulama yelpazesini genişletti. Lisat bazlı CFPS sistemleri için, hücre ekstraktları çeşitli organizmalardan üretilebilir ve protein sentezini arttırmak için bu konağın benzersiz biyokimyasından yararlanılabilir. Son 20 yılda, Escherichia coli (E. coli), satın alınabilirliği ve çok yönlülüğü nedeniyle CFPS'yi desteklemek için en yaygın kullanılan organizmalardan biri haline gelmiştir. Çok sayıda önemli ilerlemeye rağmen, E. coli hücre ekstraktı hazırlama iş akışı, yeni kullanıcıların uygulamaları için CFPS'yi uygulamaları için uygulamaları için önemli bir darboğaz olmaya devam etmiştir. Ekstrakt hazırlama iş akışı zaman alıcıdır ve tekrarlanabilir sonuçlar elde etmek için teknik uzmanlık gerektirir. Bu engellerin üstesinden gelmek için, daha önce kullanıcı girdisini ve gerekli teknik uzmanlığı azaltan 24 saat hücresiz otomatik indüksiyon (CFAI) iş akışının geliştirildiğini bildirmiştik. CFAI iş akışı, hücre ekstraktları üretmek için gereken işçiliği ve teknik beceriyi en aza indirirken, elde edilen toplam hücre ekstresi miktarlarını da arttırır. Burada, erişimi iyileştirmek ve E. coli tabanlı CFPS'nin geniş kapsamlı uygulamasını desteklemek için bu iş akışını adım adım açıklıyoruz.
Biyoteknoloji uygulamaları için hücresiz protein sentezinin (CFPS) kullanımı son birkaç yılda önemli ölçüde artmıştır 1,2,3. Bu gelişme kısmen, CFPS'de meydana gelen süreçleri ve her bir bileşenin rolünü anlamada artan çabalara bağlanabilir 4,5. Ek olarak, optimize edilmiş kurulumlara ve alternatif enerji kaynaklarına atfedilen azaltılmış maliyetler, hücresiz teknolojinin yeni kullanıcılar için uygulanmasını kolaylaştırmıştır 6,7,8,9. Protein sentezi için gerekli transkripsiyon ve translasyon faktörlerini uygulamak için, hücre ekstresi genellikle hücresiz reaksiyonları yönlendirmek için kullanılır10. Son zamanlarda yayınlanan kullanım kılavuzları, işlevsel özüt üretmek için basit protokoller sağlamış ve1,11,12,13,14 gibi yeni ve deneyimli kullanıcılar için uygulamayı kolaylaştırmıştır. Hücre ekstraktı genellikle, istenen spesifik kullanıma bağlı olarak farklı organizmalar kullanılarak yetiştirilebilen bir hücre kültürünün lizisi yoluyla elde edilir 1,15,16.
Escherichia coli (E. coli) hızla fonksiyonel ekstraktlar üretmek için en yaygın kullanılan konakçı organizmalardan biri haline gelmiştir17. BL21 Star (DE3) suşu tercih edilir, çünkü proteazları dış zardan (OmpT proteaz) ve sitoplazmadan (Lon proteaz) uzaklaştırır ve rekombinant protein ekspresyonu için en uygun ortamı sağlar. Ek olarak, DE3, lacUV5 promotörünün kontrolü altında T7 RNA polimeraz (T7 RNAP) genini taşıyan λDE3'ü içerir; yıldız bileşeni, mRNA4,14,18,19'un bölünmesini önleyen mutasyona uğramış bir RNaseE geni içerir. LakUV5 promotörü altında, izopropil-tiyogalaktopiranosid (IPTG) indüksiyonu, T7 RNAP20,21'in ekspresyonuna izin verir. Bu suşlar, ekstrakt hazırlanması için hammadde veren hücrelerin büyümesi ve toplanması için kullanılır. Hücre lizisi, boncuk çırpma, Fransız presi, homojenizasyon, sonikasyon ve azot kavitasyonu1,11,12,22 dahil olmak üzere çeşitli yöntemler kullanılarak gerçekleştirilebilir.
Bakteri kültürü ve hasat süreci, E. coli kullanırken çoğu platformda tutarlıdır, ancak birkaç gün ve yoğun araştırmacı gözetimi gerektirir 1,11,13. Bu işlem genellikle LB suyunda bir gecede tohum kültürü ile başlar, bu da gece büyümesi üzerine ertesi gün daha büyük bir 2xYTPG kültürüne (maya, tripton, fosfat tamponu, glikoz) aşılanır. Bu daha büyük kültürün büyümesi, 2.5 14,20'lik bir optik yoğunlukta (OD) erken-orta log fazına ulaşana kadar izlenir. Transkripsiyon ve çeviri bileşenlerinin daha önce23,24 erken ve orta log fazında oldukça aktif olduğu gösterildiğinden sürekli ölçüm gereklidir. Bu işlem tekrarlanabilir ekstrakt oluşturabilse de, laboratuvarımız yakın zamanda araştırmacı gözetimini azaltan, belirli bir litre hücre kültürü için ekstraktın genel verimini artıran ve hem deneyimli hem de yeni kullanıcılar için E. coli bazlı ekstrakt preparatına erişimi artıran Hücresiz Otomatik İndüksiyon (CFAI) Ortamını kullanarak yeni bir yöntem geliştirmiştir (Şekil 1 ). Burada, CFAI iş akışını uygulamak için, çizgili bir hücre plakasından 24 saat içinde tamamlanmış bir CFPS reaksiyonuna geçmek için adım adım kılavuz sunuyoruz.
1. Medya büyümesi
2. Hücre hasadı
3. Ekstrakt hazırlama
4. Hücresiz protein sentezi
5. Muhabir proteininin miktarı, süper klasör yeşil floresan proteini (sfGFP)
CFAI ortamı hazırlanırken, glikoz, ortamdaki ana enerji substratı olarak laktoz ve gliseroldeki bir artış ile değiştirildi. Ek olarak, CFAI ortamının tamponlama kapasitesi de artırıldı. Bu özel bileşenler Tablo 1'de verilmiştir.
Hücreler daha sonra değişen ekstrakt miktarlarına rağmen ekstrakt kalitesiyle tutarlılık göstermek için hem OD600 / 10'a hem de CFAI ortamındaki standart 2.5'e büyütüldü. 2.5 OD600 CFAI ortamı, LB su...
Hücre büyümesi sırasında iki temel eylem için geleneksel olarak araştırmacı gözetimine ihtiyaç vardır: T7 RNAP'nin indüksiyonu ve belirli bir OD600'de hücrelerin toplanması. CFAI, araştırmacının zamanını ve yüksek kaliteli hücre ekstraktları hazırlamak için gereken teknik eğitimi azaltmak için bu gereksinimlerin her ikisini de ortadan kaldırır. T7 RNAP'nin otomatik indüksiyonu, glikozun ortamdaki birincil şeker olarak laktoz ile değiştirilmesi, büyümenin aktif olarak izlenme...
Yazarlar, rakip finansal çıkar çatışmalarına sahip olmadıklarını beyan ederler.
Yazarlar, teknik destek için Dr. Jennifer VanderKelen ve Andrea Laubscher'a teşekkür eder. Yazarlar ayrıca yararlı tartışmalar için Nicole Gregorio, Max Levine, Alissa Mullin, Byungcheol So, August Brookwell, Elizabeth (Lizzy) Voyvoda, Logan Burrington ve Jillian Kasman'a teşekkür eder. Yazarlar ayrıca Bill ve Linda Frost Fonu, Biyoteknoloji Uygulamaları Merkezi'nin Chevron Biyoteknoloji Uygulamalı Araştırma Bağış Bursu, Cal Poly Research, Bilimsel ve Ulusal Bilim Vakfı'ndan (NSF-1708919) finansman desteğini de kabul ediyor.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1.5 mL Microfuge Tubes | Phenix | MPC-425Q | |
1L Centrifuge Tube | Beckman Coulter | A99028 | |
Avanti J-E Centrifuge | Beckman Coulter | 369001 | |
CoA | Sigma-Aldrich | C3144-25MG | |
Cytation 5 Cell Imaging Multi-Mode Reader | Biotek | BTCYT5F | |
D-Glucose | Fisher | D16-3 | |
D-Lactose | Alfa Aesar | J66376 | |
DTT | ThermoFisher | 15508013 | |
Folinic Acid | Sigma-Aldrich | F7878-100MG | |
Glycerol | Fisher | BP229-1 | |
Glycine | Sigma-Aldrich | G7126-100G | |
HEPES | ThermoFisher | 11344041 | |
IPTG | Sigma-Aldrich | I6758-1G | |
JLA-8.1000 Rotor | Beckman Coulter | 366754 | |
K(Glu) | Sigma-Aldrich | G1501-500G | |
K(OAc) | Sigma-Aldrich | P1190-1KG | |
KOH | Sigma-Aldrich | P5958-500G | |
L-Alanine | Sigma-Aldrich | A7627-100G | |
L-Arginine | Sigma-Aldrich | A8094-25G | |
L-Asparagine | Sigma-Aldrich | A0884-25G | |
L-Aspartic Acid | Sigma-Aldrich | A7219-100G | |
L-Cysteine | Sigma-Aldrich | C7352-25G | |
L-Glutamic Acid | Sigma-Aldrich | G1501-500G | |
L-Glutamine | Sigma-Aldrich | G3126-250G | |
L-Histadine | Sigma-Aldrich | H8000-25G | |
L-Isoleucine | Sigma-Aldrich | I2752-25G | |
L-Leucine | Sigma-Aldrich | L8000-25G | |
L-Lysine | Sigma-Aldrich | L5501-25G | |
L-Methionine | Sigma-Aldrich | M9625-25G | |
L-Phenylalanine | Sigma-Aldrich | P2126-100G | |
L-Proline | Sigma-Aldrich | P0380-100G | |
L-Serine | Sigma-Aldrich | S4500-100G | |
L-Threonine | Sigma-Aldrich | T8625-25G | |
L-Tryptophan | Sigma-Aldrich | T0254-25G | |
L-Tyrosine | Sigma-Aldrich | T3754-100G | |
Luria Broth | ThermoFisher | 12795027 | |
L-Valine | Sigma-Aldrich | V0500-25G | |
Mg(Glu)2 | Sigma-Aldrich | 49605-250G | |
Mg(OAc)2 | Sigma-Aldrich | M5661-250G | |
Microfuge 20 | Beckman Coulter | B30134 | |
Molecular Grade Water | Sigma-Aldrich | 7732-18-5 | |
NaCl | Alfa Aesar | A12313 | |
NAD | Sigma-Aldrich | N8535-15VL | |
New Brunswick Innova 42/42R Incubator | Eppendorf | M1335-0000 | |
NH4(Glu) | Sigma-Aldrich | 09689-250G | |
NTPs | ThermoFisher | R0481 | |
Oxalic Acid | Sigma-Aldrich | P0963-100G | |
PEP | Sigma-Aldrich | 860077-250MG | |
Potassium Phosphate Dibasic | Acros, Organics | A0382124 | |
Potassium Phosphate Monobasic | Acros, Organics | A0379904 | |
PureLink HiPure Plasmid Prep Kit | ThermoFisher | K210007 | |
Putrescine | Sigma-Aldrich | D13208-25G | |
Spermidine | Sigma-Aldrich | S0266-5G | |
Tris(OAc) | Sigma-Aldrich | T6066-500G | |
tRNA | Sigma-Aldrich | 10109541001 | |
Tryptone | Fisher Bioreagents | 73049-73-7 | |
Tunair 2.5L Baffled Shake Flask | Sigma-Aldrich | Z710822 | |
Ultrasonic Processor | QSonica | Q125-230V/50HZ | |
Yeast Extract | Fisher Bioreagents | 1/2/8013 |
An erratum was issued for: From Cells to Cell-Free Protein Synthesis within 24 Hours using Cell-Free Autoinduction Workflow. The Authors section was updated.
The Authors section was updated from:
Philip E.J. Smith1,2, Taylor Slouka1,2, Javin P. Oza1,2
1Department of Chemistry and Biochemistry, California Polytechnic State University
2Center for Application in Biotechnology, California Polytechnic State University
to:
Philip E.J. Smith1,2, Taylor Slouka1,2, Mona Dabbas 1,2, Javin P. Oza1,2
1Department of Chemistry and Biochemistry, California Polytechnic State University
2Center for Application in Biotechnology, California Polytechnic State University
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır