Kimerik Küçük Kodlamayan RNA için Hesaplamalı Analiz Eğitimi: Hedef RNA Dizileme Kitaplıkları

Özet

Burada, in vivo RNA:RNA etkileşimlerinin incelenmesinde kullanılan kimerik RNA dizileme verilerini analiz etmek için bir biyoinformatik boru hattının kurulumunu ve kullanımını gösteren bir protokol sunuyoruz.

Özet

MikroRNA'lar (miRNA'lar) gibi küçük kodlamayan RNA'ların (sncRNA'lar) hedef RNA'ları ile in vivo gen düzenleyici etkileşimlerinin anlaşılması, son yıllarda, kimerik RNA'ların oluşumu ve müteakip dizileme kütüphaneleri yoluyla sncRNA:hedef RNA etkileşimlerini yakalamak için çapraz bağlanmayı ve ardından ligasyonu kullanan biyokimyasal yaklaşımlarla ilerletilmiştir. Kimerik RNA diziliminden elde edilen veri kümeleri, miRNA tahmin yazılımından genom çapında ve önemli ölçüde daha az belirsiz girdi sağlarken, bu verileri anlamlı ve eyleme geçirilebilir bilgilere damıtmak ek analizler gerektirir ve hesaplama altyapısına sahip olmayan araştırmacıları caydırabilir. Bu rapor, giriş seviyesi hesaplama biyologlarını yeni bir açık kaynaklı yazılım aracı olan Küçük Kimerik RNA Analiz Boru Hattı'nı (SCRAP) kurma ve uygulama konusunda desteklemek için bir eğitim sağlar. Platform gereksinimleri, güncelleştirmeler ve işlem hattı adımlarının açıklaması ve önemli kullanıcı girişi değişkenlerinin işlenmesi sağlanır. Biyologların kimerik RNA dizileme yaklaşımlarından içgörü elde etmelerinin önündeki bir engeli azaltmak, düzenleyici sncRNA'nın keşfe dayalı araştırmalarına sıçrama tahtası yapma potansiyeline sahiptir: çoklu biyolojik bağlamlarda hedef RNA etkileşimleri.

Giriş

Küçük kodlamayan RNA'lar, farklılaşma ve gelişme, sinyal işleme ve hastalık ^1,2,3 gibi çeşitli süreçlerde gen paketlerinden ekspresyonun koordinasyonunda transkripsiyon sonrası rolleri nedeniyle oldukça incelenmiştir. MikroRNA'lar (miRNA'lar) dahil olmak üzere gen düzenleyici küçük kodlamayan RNA'ların (sncRNA'lar) hedef transkriptlerini doğru bir şekilde belirleme yeteneği, hem temel hem de translasyonel seviyelerde RNA biyolojisi çalışmaları için önemlidir. miRNA tohum dizisi ile potansiyel hedefleri arasında beklenen tamamlayıcılıktan yararlanan biyoinformatik algoritmalar....

Protokol

NOT: Protokol, SCRAP kullanarak kimerik RNA dizileme kitaplıklarını analiz etmek için gereken yazılımın indirilmesi ve yüklenmesiyle başlayacaktır.

1. Kurulum

1. SCRAP'ı kurmadan önce, analizler için kullanılacak makineye Git ve Miniconda bağımlılıklarını kurun. Git büyük olasılıkla zaten yüklüdür. Örneğin, Mac OSX platformunda, "git" yardımcı programının bu dizinde mevcut olduğunu ve yüklü olduğunu görmek için hangi git'i kullanarak bunu doğrulayın. Miniconda'nın hangi conda kullanılarak kurulup kurulmadığını kontrol edin. Hiçbir şey döndürülmezse, Miniconda'yı yükleyin. Miniconda'y....

Tartışmalar

sncRNA:hedef RNA etkileşimlerinin analizi için SCRAP boru hattının kullanımına ilişkin bu protokol, hesaplamalı analize giren araştırmacılara yardımcı olmak için tasarlanmıştır. Eğitimin tamamlanmasının, giriş seviyesi veya daha fazla hesaplama deneyimine sahip araştırmacılara, bu boru hattının kurulumu ve kullanımı için gerekli adımlarda ve kimerik RNA dizileme kitaplıklarından elde edilen verileri analiz etmek için uygulamasında rehberlik etmesi beklenmektedir. Bu protokolün tamamlanm.......

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Genomes	UCSC Genome browser	N/A	https://genome.ucsc.edu/ or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/
Linux	Linux	Ubuntu 20.04 or 22.04 LTS recommended
Mac	Apple	Mac OSX (>11)
Platform setup	GitHub	N/A	https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP/blob/main/PLATFORM-SETUP.md]
SCRAP pipeline	GitHub	N/A	https://github.com/Meffert-Lab/SCRAP
Unix shell	Unix operating system	bash >=5.0
Unix shell	Unix operating system	zsh (5.9 recommended)
Windows	Windows	WSL Ubuntu 20.04 or 22.04 LTS