FACS ile izole edilmiş uydu hücrelerini santrifüjleyin ve süpernatanı atın. Hücreleri bir mililitre PBS, santrifüj ile yıkayın ve 20 dakika boyunca buz üzerinde bir mililitre soğuk nükleer ekstraksiyon tamponunda inkübe edin. 850 mikrolitre soğuk bağlama tamponu içeren 1,5 mililitrelik bir tüpe 20 mikrolitre Concanavalin A kaplı manyetik boncuk ekleyin.
Daha sonra manyetik bir raf kullanarak, boncukları bir mililitre soğuk bağlama tamponu ile iki kez yıkayın ve boncukların 300 mikrolitre soğuk bağlama tamponunda hafifçe yeniden süspanse etmeden önce raftaki tüpün yanında beş dakika birikmesine izin verin. Daha sonra, çekirdekleri santrifüjleyin ve 600 mikrolitre nükleer ekstraksiyon tamponunda nazikçe yeniden süspanse edin. Daha sonra 600 mikrolitre ekstrakte edilmiş çekirdeği 300 mikrolitre Concanavalin A boncuk bulamacı ile karıştırın ve dört santigrat derecede 10 dakika inkübe edin.
Süpernatanı manyetik bir raf kullanarak çıkardıktan sonra, boncukla bağlı çekirdekleri bir mililitre soğuk bloke edici tamponla yeniden süspanse edin. Yine, süpernatanı çıkarın ve boncuk bağlı çekirdekleri bir mililitre soğuk yıkama tamponu ile iki kez yıkayın. Süpernatanı ayırın, çekirdek boncuk komplekslerini spesifik bir primer antikorla nazikçe yeniden süspanse edin ve hafif çalkalama ile gece boyunca dört santigrat derecede inkübe edin.
Ertesi gün, süpernatanı çıkarın ve 100 mikrolitre soğuk yıkama tamponunda yeniden süspanse etmeden önce boncuk bağlı çekirdekleri yıkayın. 100 mikrolitre boncuk bağlı çekirdeğe 100 mikrolitre seyreltilmiş protein A-mikrokok nükleazı ekleyin ve çalkalama ile bir saat boyunca dört santigrat derecede inkübe edin. İnkübasyondan sonra, süpernatanı çıkarın ve boncuklara bağlı çekirdekleri 150 mikrolitre soğuk yıkama tamponunda yeniden süspanse etmeden önce iki kez yıkayın.
Daha sonra, üç mikrolitre 100 milimolar kalsiyum klorür ekleyin, hafifçe vurarak hızlıca karıştırın ve 30 dakika boyunca buz üzerinde inkübe edin. 150 mikrolitre durdurma tamponu ekleyerek reaksiyonu durdurun ve 37 santigrat derecede 20 dakika inkübe edin. Numuneleri santrifüjleyin ve süpernatanı yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın, pelet ve boncukları atın.
Daha sonra üç mikrolitre% 10 sodyum dodesil sülfat ve mililitre başına 2.5 mikrolitre 20 miligram proteinaz K.Mix ekleyin ve 70 santigrat derecede 10 dakika inkübe edin. Daha sonra iki mililitrelik faz kilit tüplerine aktarmadan önce 300 mikrolitre fenol: kloroform: izoamil alkol ve girdap ekleyin. Santrifüjleyin ve aynı tüpe 300 mikrolitre kloroform ekleyin.
Tekrar santrifüjleyin ve süpernatanı 1.5 mililitrelik bir tüpe toplayın. Daha sonra, bir mikrolitre glikojen, ardından 750 mikrolitre% 100 etanol ekleyin ve DNA'nın gece boyunca eksi 20 santigrat derecede çökelmesine izin verin. Ertesi gün, DNA'yı santrifüjleme ile peletleyin, ardından peleti bir mililitre %100 etanol ile yıkayın ve artık etanolü bir pipetle çıkarmadan önce iki kez santrifüjleyin.
Peletleri beş dakika havayla kurutun ve 25 mikrolitre tris-EDTA tamponunda tekrar süspanse edin. H3KME2 ve H3K27AC, PAC7, ITGA7, LAM2, CXCR4 ve VCAM1'in TSS'si etrafında zenginleştirildi. Bununla birlikte, H3K4ME2 ve H3K27AC ITGAM, PTPRC, PECAM, CKM veya MHY3'ünkilerde zenginleştirilmemiştir.
IgG örneği ile neredeyse hiç sinyal elde edilmedi. HOMEROS bilinen motif analizi, AR pikleri ve uydu hücreleri ile hedeflenen bölgelerin yüzdesi gösterilmiştir. Arayıcı analizi, 50'den yüksek bir puana sahip yaklaşık 500 zirveyi ortaya çıkardı ve bunların 200'den fazlası 100'den yüksek bir puana sahip.
