Başlamak için, charmm-gui'yi ziyaret etmek için bir web tarayıcısı kullanın. org web sitesi. İlk dosya kümenizi oluşturmadan önce ücretsiz hesabınızı oluşturun ve etkinleştirin.
Üst menüye gidin, giriş oluşturucuya gidin ve ekranın sol tarafındaki mevcut seçeneklerden membran oluşturucuyu seçin. Bir lipid çift katmanı oluşturmak için çift katmanlı oluşturucuyu seçin, ardından yalnızca membran sistemini seçin ve oluşturulan iş kimliğini ileride erişim için saklayın. Sayfanın üst kısmında bulunan yapıyı görüntüle'ye tıklayarak inşa sürecinin her adımında sistemleri görselleştirin.
Yama boyutunda eksik bileşenler veya hatalar olup olmadığını sürekli olarak inceleyin. Tek bileşenli bir çift katman oluşturup oluşturmayacağınıza bakılmaksızın heterojen lipid seçeneğini belirleyin, ardından dikdörtgen bir kutu türü seçin. Hidrasyon için, lipid başına 45 su molekülü seçin, bu da tamamen hidratlı bir çift tabaka için yeterlidir.
Şimdi XY'nin uzunluğunu lipit bileşenlerinin sayısına göre ayarlayın. Önceden planlanmış modele dayalı olarak her bir lipit türü için gereken lipit sayısını belirleyin. Endoplazmik retikulum ve ökaryotik hücreleri temsil etmek için PI modelinde 336 DOPC, 132 DPPE, 60 kolesterol ve 72 POPI lipid kombinasyonu kullanılırken, PIPS modelinde 330 DOPC, 126 DPPE, 54 kolesterol, 66 POPI ve 24 DOPS lipid kullanıldı.
Simetrik bir membran bileşimi oluşturmak için lipid adının yanındaki iki kutuya üst ve alt yaprakçıklar için istenen sayıda molekül girin. Ardından lipid türleri listesinin en üstüne gidin ve sistem bilgisini göster düğmesine tıklayarak işlemi başlatın. CHARMM-GUI'yi kullanarak, simetrik çift katmandaki her bir broşürdeki toplam lipit sayısını doğrulayın.
Simülasyon için istenen sıcaklık ve basınç değerlerini ve simülasyon dosyalarının sözdizimini tercih edilen moleküler dinamik motoruna göre ayarlamak için sonraki ekranlara tıklamaya devam edin. Örneğin, GROMACS. Ortaya çıkan dosyaları indirin ve bilgisayar kümesine aktarın.
Nihai sistemi görselleştirmek için görsel moleküler dinamikler veya PyMOL gibi seçilmiş yazılımları kullanın.
