Moleküler dinamik simülasyonları için sistem koordinatlarını oluşturduktan sonra, oluşturulan koordinat sistemini en aza indirmek ve gevşetmek için bir gönderim komut dosyası oluşturun. CHARMM-GUI'den gönderim komut dosyasına çıktıda sağlanan README dosyasındaki hashtag üretim yorumuna kadar listelenen komutları kullanın. Gevşeme betiğini gönderin ve üretim çalıştırmasına geçmeden önce adımlarındaki tüm çıkış dosyalarının üretildiğinden emin olun.
Tamamlandıktan sonra, altı adımlı gevşetme çalıştırması sırasında GROMACS'tan oluşturulan farklı uzantılara sahip çıktı dosyalarının varlığını doğrulayın. Kıyaslama yapmak için, bir ila iki nanosaniye uzunluğunda kısa yörüngeler oluşturun ve değişen sayıda bilgi işlem düğümü kullanarak hesaplama maliyetini tahmin edin. Çalıştırma için en uygun kaynakları belirlemek için farklı sayıda bilgi işlem düğümü için günlük nanosaniye cinsinden performansı karşılaştırın.
Maksimum değerin %75 ila %80'i arasında bir performans düzeyiyle sonuçlanan düğüm sayısını seçin. Görselleştirme ve analiz için yerel istasyona verimli aktarımı kolaylaştırmak için dosya biçimini xtc dosyalarına değiştirerek veya dosya boyutunu küçültmek için kareleri atlayarak GROMACS'ta trr dosyaları olarak gösterilen ham yörünge dosyalarını sıkıştırın. İlgilenilen molekülleri veya atomları tanımlamak ve karakterizasyon için amaçlanan yörünge kısmını belirlemek için herhangi bir analiz yapmadan önce tam yörüngeyi görselleştirin.
Ardından, yalnızca membran simülasyonları için lipid zaman serisi başına alanı belirleyin ve yörüngenin bir kısmını belirleyin. Membran yapısının analizi, endoplazmik retikulum için iki model arasında kalınlıkta önemli bir fark olduğunu ortaya çıkardı ve bu da lipid başına alan ile membran kalınlığı arasında ters bir ilişki olduğunu gösterdi. Her bir lipit türünün döteryum sırası parametreleri, PI modelinde SN1 kuyruğu için hafif bir artış gösteren DPPE hariç, modeller arasında lipit kuyruklarının sırası arasında çok az fark olduğunu veya hiç fark olmadığını göstermiştir.
Lipid bileşimi ve membran modelleri, diğer moleküllerle etkileşimleri modüle eder. Örneğin, farklı oranlarda PC ve PS lipidleri kullanan simülasyonlar, elektrostatik etkileşimlerin, anyonik lipidlere delokalize bir lipofilik katyon olan D112'nin ilk bağlanmasını sağladığını ve hidrofobik etkileşimlerin molekülü zar çekirdeğine çektiğini gösterdi.
