Mac OSX platformunda SCRAP kurulumunu başlatmadan önce, Git'in varlığını doğrulamak için terminalde git komutunu yürütünüz. Miniconda kurulumunu doğrulamak için terminale which conda yazın. Miniconda'yı yüklemek için, Windows, Mac OS ve Ubuntu Mac sistemlerine yükleme talimatları için Meffert Lab GitHub Deposu'ndaki Platform Kurulumu markdown dosyasına bakın, Home Brew Paket Yöneticisi'ni kullanarak Miniconda'yı yüklemek için brew install miniconda komutunu kullanın.
Conda'yı yüklemek için, kullanımda olan kabuğu belirterek conda init komutunu çalıştırın, ardından kabuğu kapatıp yeniden açın. Başarılı bir yükleme, terminal oturumu içinde etkinleştirilen temel ortamı görüntüler. Ardından, SCRAP kaynak kodunun en son kopyasını almak için belirtilen git klonunu çalıştırın.
Conda için geliştirilmiş bir paket çözücü olan Mamba'yı yükleyin. Aşağıdaki komutu kullanarak, SCRAP_environment'den SCRAP için tüm bağımlılıkları yükleyin. yml'yi kendi Conda ortamına ekleyin.
Ardından, SNC RNA mRNA etkileşimleri SCRAP için analiz edilen organizmaya özgü belirtilen bash komut dosyasını kullanın. SCRAP kaynak klasörünün dizinini sağlayın ve FASTA ve ek açıklama klasörlerindeki dosyaları kullanarak kurulum adımlarını gerçekleştirin. Dizin yolunun tamamlandığından ve eğik çizgiyle bittiğinden emin olun.
ReadMe'deki tablolara bakın. doğru miRBase tür kısaltmaları için md. Güncellenmiş referans genomu için UCSC Genom Tarayıcısını veya NCBI Genom Veri Merkezi'ni kullanın.
İlgili türü inceleyin.açıklama. SCRAP kaynak klasöründeki ek açıklama dizinindeki yatak dosyaları. Farklı bir türü analiz etmeniz gerekiyorsa, belirtilen bir dosya sağlayın.
Bağımlılıkları ve SCRAP'ı kurduktan sonra, belirtilen komut yapısıyla SCRAP analizini başlatmak için belirtilen komut dosyasını kullanın. Örnek dizinlerin tam yolunu herhangi bir kısayol olmadan listeleyin ve örnek dizinleri, örnek adla eşleşen klasör adıyla biçimlendirin. Listelenen yolun, tek bir örnek klasöre veya dosyaya değil, tüm örnek klasörleri içeren dizine gittiğini vurgulayın.
Ardından, bağdaştırıcı dosyasının tüm yolunu listeleyin. Bağdaştırıcı dosyasındaki örnek adların daha önce bahsedilen klasör adları ve dosya adlarıyla eşleştiğini doğrulayın. Eşleştirilmiş uç veya tek uç olarak numune türünü belirtin ve pre-mRNA'lar, tRNA'lar ve isteğe bağlı olarak RNA temizliği için RNA filtrelerinin seçimini belirtin.
Başvuru dizinine giden yolun tamamını listeleyin. miRBase kısaltması ve referans genom kısaltması.
