Veriye bağlı alımda veya DDA, pasif modda bir TIMS TOF MS/MS veri seti toplandıktan sonra, iyon mobilite yazılım uygulamasında veriden bağımsız edinimi veya DIA'yı çalıştırın. Bunu yapmak için önce önceden kaydedilmiş DDA yöntemini yükleyin. Kütle spektrometresini DIA pasif parçalanması olarak değiştirin.
Diğer tüm ayarları aynı bırakın. MS/MS sekmesi altında, pencereleri düzenle'yi seçin, ardından DIA açılır penceresinin üst kısmında bulunan analizi aç düğmesini kullanın ve önceden kaydedilmiş DDA veri kümesini yükleyin. Sol altta, grafik boyunca çapraz olarak uzanan bir pencere poligonunu görüntüleyen bir ısı haritası göründüğünde, poligonu ısı haritasındaki verilere sığacak şekilde yeniden boyutlandırmak için tıklayın ve sürükleyin.
Kütle başına genişlik ve örtüşme olarak hareketlilik pencerelerinin sayısını ayarlayın. Yeni ayarlarla görüntülenen pencereleri görmek için açılır pencerenin sağ alt kısmındaki pencereleri hesapla'yı tıklayın. Uygun olduğunda, uygula'ya tıklayın.