Başlamak için Xanthatin ve Keap1'in kristal yapılarını indirin. Yapıları işledikten sonra, iki görevde gezinin ve ligand yerleştirme seçeneğini seçin. Dosyadan alıcı ızgarasını seçin ve Gözat'a tıklayın.
Ardından Masaüstü'ne tıklayın, moleküler yerleştirme klasörünü açın ve glide-grid 2FLU dosyasına çift tıklayın. Glide-grid 2FLU zip dosyasını seçin ve Aç'a tıklayın. Şimdi, dosyalardan ligandları kullan'a tıklayın.
Ardından Gözat'a tıklayın ve Masaüstü'nü seçin. Moleküler yerleştirme klasörünü seçin ve ligprep_1 dosyasını açın. Bundan sonra, ligprep_1-out-maegz dosyasını seçin ve Aç'a tıklayın.
Ayarlar'a erişin ve hassasiyeti XP, ekstra hassasiyet, seçenek olarak seçin. Kaymak için iş adını değiştirin. xp2flu tuşuna basın ve ardından Çalıştır'a tıklayın.
Yerleştirme sonuçlarını görüntülemek için Dosya'ya tıklayın ve Yapı Seçeneklerini İçe Aktar'ı seçin. Masaüstüne gidin ve moleküler yerleştirme klasörünü açın. Ardından, glide-dock XP 2FLU dosyasını seçin.
Glide-dock XP 1 pv'yi seçin. maegz dosyasını açın ve Aç'a tıklayın. Ardından ligandı seçmek için çalışma alanındaki noktaya çift tıklayın.
sitemap_1_protein'yi seçin. Yerleştirme puanını görüntülemek için Tablo'ya tıklayın ve en sağa kaydırın. 2D sonuçları görselleştirmek için, daha önce gösterildiği gibi sitemap_1_protein seçin.
Ligand Etkileşimi'ne tıklayın, Görüntüle'yi seçin ve LID gösterge kutusunu işaretleyin. Ardından Dosya'yı tıklayın, Ekran Görüntüsünü Kaydet'i seçin ve genişlik için 6.000 girin. Saydam arka plan kutusunun işaretini kaldırın ve Tamam'a tıklayın. Dosyayı masaüstüne 2D-xanthatin-2FLU olarak kaydedin.
Moleküler yerleştirme analizi, Ksantatin ve Keap1 proteini arasındaki etkileşimi öngördü.
