Başlamak için, sağlıklı ve dejenere olmuş Drosophila sinek gözü görüntülerini aynı klasöre yerleştirin. Deney gruplarını tanımlamak ve erkek ve kadınları ayırt etmek için dosyaların uygun şekilde adlandırıldığından emin olun. İlastik yazılımını açın.
Yeni Proje Oluştur'a tıklayın. Ardından Diğer İş Akışları'ndan Hücre Yoğunluğu Sayımı'nı seçin ve proje dosyasını kaydetmek için bir konum seçin. Sırayla, 1'e tıklayın.
Veri Girin, Yeni Ekle, ve Ayrı Görüntüler Ekle standart görüntüyü seçmek için. Ardından 2'ye tıklayın. Özellik Seçimi'ne gidin ve özellikleri seçin.
Hassasiyeti artırmak için daha fazla sigma değeri seçin. 3'e tıklayın. Sayma ve ön plan sigma değerini 5.00 olarak ayarlayın.
Ön plan aracını kullanarak, standart görüntüde 50 veya daha fazla bireysel ommatidia işaretleyin. 3'e tıklayın. Tekrar sayma ve ommatidia dışındaki alanı işaretlemek için arka plan aracını kullanın.
Ommatidia'nın etrafına kafes şeklinde yeşil çizgiler çizin. 4'e tıklayın. Yoğunluk Dışa Aktar'ı seçin ve görüntü ayarlarını yapmak için Görüntü Ayarlarını Dışa Aktar'ı seçin.
Ardından Çıktı Dosyası Bilgisi'ne tıklayın ve Flynotyper'da daha fazla analiz için tiff formatını seçin. 5'e tıklayın. Toplu İşleme, Ham Veri Dosyalarını Seçin ve analiz edilecek tüm deneysel sinek fotoğraflarını seçin.
Analiz edilecek içe aktarılan görüntülerin listesi Ham Veri Dosyalarını Seç altında görülür. 5'in altındaki Tüm Dosyaları İşle'yi tıklayın. Toplu İşleme bölümü.
Yazılım işlemeyi tamamladıktan sonra, deneysel sinek gözü görüntülerini içeren klasörü kontrol edin. Örnek adınız olasılıkları olan siyah görüntülerin mevcut olduğunu onaylayın. ImageJ'de, Ilastik tarafından oluşturulan tiff dosyasını açın.
Gözün etrafında bir dikdörtgen oluşturmak için dikdörtgen seçme aracını kullanın. Alanı kırpmak için Control X veya Control C'yi seçin ve dikdörtgen anahat şeklinde bir siyah kutunun görünmesini bekleyin. Sırayla, tıklayın Dosya, Yeni, ve Dahili Pano kırpılmış sinek gözünü açmak için.
Kesilen sinek gözünü JPEG olarak kaydetmek için Dosya, Farklı Kaydet ve JPEG'e tıklayın. ImageJ'de Eklentiler'e ve Flynotyper'a tıklayın. Genotipler altında, Genotip Ekle'yi seçin ve kesilmiş sinek gözü görüntülerini içeren klasörü açın.
işaretleyin Işık Mikroskobu ve Dikey kutuları. Ardından Rank Ommatidia By altında, Kararlılık ve Merkeze Uzaklık kutularını işaretleyin. Dikkate alınan dereceli ommatidia sayısı için girişi 200 olarak ayarlayın.
Çalıştır'a tıklayın ve analiz sonuçlarının görünmesini bekleyin. Daha fazla analiz için örnek dosyayı ve P-skorunu kopyalayıp istatistiksel yazılıma yapıştırın. Ilastik ile işlenen ve halka ışık altında analiz edilen Drosophila göz görüntüleri, halka ışığı olmayanlara kıyasla daha net ommatidial desenler gösterdi ve bu da kalitatif değerlendirmeyi geliştirdi.
Flynotyper analizi, orta ve ileri derecede dejenere sinek gözlerinde dejenere olmayan gözlere kıyasla anlamlı derecede yüksek fenotipik skorlar gösterdi. İlastik kullanılmadığında, dejenere olmayan ve orta derecede dejenere olmuş gözler arasındaki P skorları benzerdi.
