Yazarlar değerli yardım için Dr Jumpei Morimoto ve Dr Todd Doran teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma enstitünün (No1-YG-00242) bir sözleşme ile desteklenmiştir.

1.. Split-ve-havuz Synthesis Temelleri Etkili bir katı faz üzerinde bileşiklerin büyük bir sayı üretmek için, iki-ve-pool sentez genellikle genel bir strateji olarak kullanılır. Şekil 4&#39;te gösterildiği gibi, TentaGel boncuk üç porsiyon halinde birinci bölünmüş bulunmaktadır. Her bölüm, boncuklar üzerinde ilk tortu üreten, farklı bir tepkin madde ile reaksiyona sokulur. Birinci reaksiyon sonra, tüm üç bölümlerini, bir araya toplanmış karıştırılmış ve daha sonra üç kısım halinde tekrar bölünür. Her bölüm bir daha boncuklar üzerinde ikinci bir tortu üreten, farklı bir tepkin maddesi ile reaksiyona girer. Iki bölünmüş ve-havuz adımlardan sonra, dokuz bileşikler oluşturulur. Alt monomer sentezinde, boncuklar, birinci birleştirme reaktifi varlığında, farklı bromo asitlerle tepkimeye birkaç kısım ayrılır. Çözücü ile yıkandıktan sonra, her boncuklar daha sonra tekrar farklı ile tepkimeye birkaç parçaya bölünür, bir araya toplanmış ve karışık olacaktırbirincil aminlerdir. Aminasyon sonra tüm taneler bir araya toplanmış ve her bir tane üzerinde tam bir monomer tamamlayan, iyice yıkanmıştır. İstenen çeşitlilik ulaşana kadar bu işlem tekrar edilebilir. Doğal amino asitler Asit Bromid 2. Hazırlanması .. Asit bromür ve primer aminler ile aminasyon 2 (Şekil 2) 1 birleştirme: alt monomer sentezi, her monomerin sentezi iki ayrı aşamaya ayrılır. Bir peptit üçüncü derece amid sentezlemek amacıyla, alfa karbon üzerinde yan zincirleri olan bir kiral asit bromürler doğal amino asitlerden hazırlanacaktır. Burada yüksek stereo aslına uygunluk ile birlikte uygun asit bromür içine doğal bir amino asidin dönüştürme yöntemini tarif etmektedir. Biz örnek olarak alanin kullanmak; serin, treonin, aspartik asit, glutamik asit, asparagin, glutamin, glisin, valin, izolösin dahil olmak üzere diğer amino asitler, fenilalanin da benzer conditio altında bromo asitlere dönüştürülebilirns. Fenol, guanidin ve amin gibi fonksiyonel grupları olan amino asitlerin bir dönüşüm daha önce korunması gereken unutmayın. Reaksiyon, ayar, Şekil 3 &#39;de gösterilmiştir. Güvenlik Önlemleri: HBr&#39;nin, Nano 2 ve diğer korozif / toksik kimyasallar, koruyucu gözlük, laboratuvar önlüğü, ve kimyasal maddelere dayanıklı eldiven gibi uygun güvenlik ekipmanları içeren aşağıdaki reaksiyonlar ihtiyaç vardır için. Bütün reaksiyonlar tecrübeli bir kimyager tarafından, bir çeker ocak içinde yapılmalıdır. <ol><li> Bir 1 L,% 30 HBr çözeltisi hazırlamak için 630 ml% 48 HBr çözeltisi içine 370 ml su ilave edilir. Bir 1 L banyo kabı içine 500 ml etilen glikol ekleme; -10 ° C&#39;de sıcaklığı korumak için kuru buz ilave Dikkat:% 48 HBr çözelti dikkatle ele, kuvvetli asidik ve aşındırıcı olduğunu. Kullanmadan önce MSDS okuyun. </li><li> Manyetik bir karıştırma çubuğuna sahip olan bir 250 ml&#39;lik üç boyunlu yuvarlak dipli bir şişeye D-alanin (8.9 g, 0.1 mol) ve KBr (11.9 g, 0.1 mol) ilave edin. 100 ml, ve t de hazırlanan HBr% 30 eklemeo önceki adım. Adım 2.1 &#39;de hazırlanan etilen glikol banyosu içinde şişeyi koyun ve -10 ° C sıcaklıkta tutmaya Şekil 3&#39;de gösterildiği gibi, 10 dakika boyunca, şişenin tabanından, bir uzun iğne vasıtasıyla kabarcık argon. 300 rpm&#39;de bir manyetik karıştırma çubuğu ile çözüm karıştırın. </li><li> 20 ml su ile 100 ml&#39;lik bir beher içinde Nano 2 (8.28 g, 0.12 mol) içinde çözülür. Damlatma hunisi basınç dengeleme içine solüsyonu ekleyin ve bir septum ile damlatma hunisi mühür. Yavaş yavaş damlatma hunisi vana açmak ve NaNO 2 solüsyon şişesi içine bırakalım. Saniye başına yaklaşık 2 damla damlatma hızını ayarlamak için kontrol valfi. 300 rpm&#39;de karıştırmaya devam edin ve şişenin tabanından köpüren argon tutun. Tüm NaNO 2 ilave edilir kadar Şişe, -10 ° C &#39;de etilen glikol banyosu içinde tutulmalıdır. Dikkat: Bu adım NaNO 2 çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ısı ve gaz üretir. Damlama oranı con dikkatli olmalıkontrollü ve tüm sistem argon çıkış yoluyla açık olmalıdır. </li><li> 3 saat boyunca daha karıştırıldıktan Ol ve sıcaklık, oda sıcaklığına kadar -10 ° C ila ısınmasına izin verin. Elde edilen çözelti, açık sarı bir açık olmalıdır; rengi çok koyu ise, aşırı azot oksitleri ve reaksiyon sırasında oluşan olası Br 2 kaldırmak için vakum uygulanır. </li><li> Bir ekstre etme hunisi kullanılarak, 3x 35 mi dietil eter ile çözeltiden ürünü ekstrakte edin. Organik fazı birleştirin ve doymuş tuzlu su ile yıkayın. Organik faz, ayrıca önceki karanlık ise rengi yok etmek için tuzlu su ile yıkanması için NaHCO 3 arasında az bir miktar ile yıkanabilir. SO 4 ila 6 saat boyunca, Na 2 üzerinde organik faz kurutulur. </li><li> SO 4 Na2 filtreleyin ve vakum altında çözücüyü buharlaştırmak, ham ürün, soluk sarı bir yağ halinde elde için açık olmalıdır. Ham ürün, bir daha 115 ° C&#39;de damıtma yoluyla saflaştırılabilir, 3 mm Hg ya da by03:01 heksan ile silika kolon: etil asetat. </li><li> Saf ürün, berrak bir yağ, 6.6 g (verim% 74), yoğunluğu = 1.69 g / ml, [α] D20 = +24 ° (metanol), 4.41 (q δ 1H NMR (400 MHz, CDCI3) olarak elde edilmektedir J = 7.0 Hz, 1 H), 1.86 (d, J = 7.0 Hz, 3H). (S)-2-bromopropanoik durumunda, (d 4-L-alanin) asit-d4, saf ürün berrak bir yağ olarak elde edildi, verim% 78, yoğunluğu = 1.72 g / ml, [α] D20 = -19 ° (metanol). 1H NMR anlamlı H sinyal görülmektedir. ESI-MS - [M-1] - = 155.1 (154,97 beklenen). Için, (S)-2-bromo-4-metilpentanoik Saf ürün,% 89 verim, berrak bir yağ halinde [α] D20 = +37 ° (metanol), 1H elde edilir (aynı prosedür kullanılarak L-lösin ile hazırlanır) asidi NMR δ 4.30 (400 MHz, CDCI3) (t, J = 7.7 Hz, 1 H), 1.94 (dd, J = 10.8, 3.9 Hz, 2H), 1.81 (tt, J = 13.2, 6.5 Hz, 1 H), 0.96 (dd, J = 18.2, 6.6 Hz, 7H). (S)-2-bromo-3-phe durumundanylpropanoic asit (aynı yöntem kullanılarak L-fenilalaninden hazırlandı) saf ürün soluk sarı bir yağ olarak elde edilir, verim% 72, [α] D20 = +17 ° (metanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.38 - 7.19 (m, 5H), 4.42 (dd, J = 8.1, 7.3 Hz, 1 H), 3.47 (dd, J = 14.2, 8.2 Hz, 1 H), 3.25 (dd, J = 14.2, 7.2 Hz, 1 H). </li></ol> Transaminaz alanin 3. Izotopik etiketleme Kombinatoryal kütüphane sentezi olarak, özellikle bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kütüphanelerinin iki-ve-havuz sentezinde, her bir boncuk elde edilebilir bileşik miktarı nispeten küçüktür. (Genellikle 1 pmol nmol 10). Ayrıca, kütle spektrometrisi çok yüksek olması nedeniyle duyarlılığı, nihai bileşiğin tanımlanması ve karakterizasyonu için kullanılmıştır. Nihai PTA ürünlerinin kiral merkezlerde mutlak stereo-belirlenmesi için kütle spektrometresi kullanmak için, bromo asit enantiomerleri isoto olmalıdırpically Kullanmadan önce etiketlenmiş. Burada, etiket L-alanine transaminaz ve D 2 O kullanma yöntemi tarif eder. <ol><li> 50 ml&#39;lik bir polietilen tüp içinde D 2 O 10 ml L-alanin (300 mg, 3.36 mmol) çözülür. Ko-substrat olarak α-ketoglutarat (10 mg, 0.068 mmol) ilave edin. 37 ° C&#39;ye ısıtın ve tüp, bir 1 M NaOD SOUTION kullanarak 8,5-8,7 için pL ayarlayın. Not: pD pH test şeritleri tarafından belirlenir. Geleneksel elektro pH metre H + için seçici cam elektrodu ile donatılmış verebilir yanlış D + için okuma. </li><li> , 8.7 önceki adımda hazırlanan 37 ° C çözümü - pD 8.5 (domuz kalbi, Roche Diagnostics, Indianapolis, IN 0.1 mg, EC 2.6.1.2) alanin transaminaz ekleyin. Bir 37 ° C kuluçka makinesi içinde tüp koyun ve hafif çalkalama ile gece boyunca inkübe, 10-30 rpm tercih edilir. </li><li> Gece boyunca inkübasyondan sonra, D 2 O çözeltisi 0.5 ml alır ve 1H-NMR ile reaksiyon, ilerleme kontrol edin. Bir bütün proton sinyallerilanine, δ 3.76 (q, J = 7.2 Hz, 1 H), 1.46 (d, J = 7.3 Hz, 3H), 1H NMR 400 MHz, büyük ölçüde bağlı döteryumlanma bastırılır olmalıdır. 23, daha önce tarif edildiği gibi protonun fazla% 98 döteryum için değiştirilmesi gerekir. Not: D 2 reaksiyon, büyük ölçekte gerçekleştirilir ise O, kısmen (&gt; 200 mi D 2 O) damıtma ile elde edilebilir. Normal olarak, D 2 O% 80% 60 solüsyondan damıtılabilir. </li><li> Sıvı nitrojen ile yukarıdaki çözelti dondurularak beyaz dötere L-alanin toz elde etmek üzere bir toz haline kullanarak liyofilize edilir. </li></ol> Peptoit Bağlayıcı Region 4. Sentezi Bağlayıcı bölge PTA kütüphane sentezi için gerekli değildir. Bununla birlikte, MALDI kütle spektroskopisi ve düşük molekül ağırlığı aralığı (100-600) &#39;de, yüksek bir arka plan önlemek ve bileşiklerin iyonlaşma geliştirmek amacıyla, çok sayıda polar artıkları ile bir peptoid bağlayıcı sıklıkla kullanılmaktadır. Bu lin peptoitker standart peptoid sentez prosedürü ile sentezlenebilir. (Şekil 5&#39;de gösterildiği gibi) Burada bağlayıcı olarak N-metoksietil glisin oluşan bir pentamerik halka sentez olacaktır. <ol><li> Hafif çalkalama ile 12 ml şırınga reaktör içinde, 3 saat boyunca 10 ml DMF içindeki bir bağlayıcı RAM (1 g, 0.27 mmol / g) ile 90 um TentaGel Boncukları şişirmek. </li><li> Reaktörden DMF boşaltın ve Rink amid bağlayıcısı arasındaki Fmoc grubunun korumasının kaldırılması için 10 ml% 20 piperidin DMF çözeltisi ilave edilir. 30 dakika boyunca% 20 piperidin çözeltisi ile boncuk çalkalayın. Tüm piperidin kaldırmak için DMF 5x ile yıkayın. </li><li> Şırınga bir kaç boncuk almak ve kloranil testi ile test. Fmoc başarıyla koruması kaldırılır ise Boncuk koyu kahverengi (birincil amin pozitif kloranil testi) çevirmek gerekir. </li><li> . Aşağıdaki çözümleri hazırlayın: 1, 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi; 2. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi.; 3.. 10 mi, 1 M methoxylethylamine / DMF çözeltisi. </li><li> 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi 5 mlboncuklar, hafifçe sallayın. Daha sonra 5 eklemek boncuklara 2 M DIC / DMF çözeltisi mi; pistonu ile şırınga mühür ve çalkalayıcı üzerine koydu. 10 dakika boyunca çalkalayın. </li><li> DMF ile iyice boncuk yıkayın. Boncuklara aşama 4.4 hazırlanabilir 1 M metoksietilamin / DMF çözeltisi 2 ml ilave edilir. Plançer ile şırınga Seal ve 30 dakika boyunca bir karıştırıcı üzerinde sallayın. </li><li> DMF 5x ile boncuk yıkayın. Pozitif (mavi boncuk dönüş) ise, kloranil testi ile bir kaç boncuk kontrol edin, ardından bir sonraki adıma devam edin. Aksi halde, adım 4.6 tekrarlayın. </li><li> Tekrarlayın 4,5-4,7 adımları, pentamer tamamlamak için 4x. </li></ol> . (R) ile PTA Kütüphanesi&#39;nin 5 Split-ve-havuz Sentezi - ve (S)-2-bromopropionik Asitler Burada adım 4,8 boncuk 1 g kadar 9261 bileşiklerinin teorik çeşitliliği ile küçük PTA kütüphanenin sentezini tarif eder. 90 mikron TentaGel boncuk gram başına yaklaşık 2.9 milyon boncuk içerdiğini unutmayın; Bu nedenle artıklıkKütüphane 2.9 x 10 6/9261 = 312 kopya olacaktır. Biz aminasyon için (ayrıntılar için bakınız Şekil 5, A1-A7) asitleri ve 7 farklı aminler gibi (S)-etiketli bromoasetik asit, (R)-2-bromopropanoik ve izotopik-2-bromopropanoik asit-d4 kullanır. Şırınga reaktörler ve bir vakum manifoldu sentezini gerçekleştirmek için kullanılacaktır. <ol><li> Adım 4,8 şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme Üç 5 ml şırınga reaktörlere eşit hepsi 1 g boncuk bölmek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. ((S)-2-bromopropanoik asit-d4) B (bromoasetik asit), R ((R)-2-bromopropanoik) ve S olarak etiketleyin. DCM 3x 3 şırınga yıkayın ve susuz THF 3x ile R ve S ile etiketlenmiş şırıngalar yıkama, DMF 3x B ile işaretlenmiş şırınga yıkayın. </li><li> Şırınga R ve S. Bromopropanoik asit BTC kavrama. <ol><li> Taze BTC / THF çözeltisi hazırlayın. Bir eklemepproximately bir çeker ocak içinde bir şişe içine BTC 200 mg, kapaklı mühür. Şişede BTC miktarı tartılır. Gerekli çözücü miktarını hesaplayın ve 20 mg / ml BTC / THF solüsyon yapmak için, şişeye susuz THF ilave edin. </li><li> Bromo asitler / BTC karışım hazırlayın. (R)-2-bromopropanoik asit (89 ul, 0.95 mmol) ilave edin ve (S)-2-bromopropanoik ayrı ayrı iki küçük şişeler içinde asit-d4 (89 ul, 0.95 mmol) eklenmiştir. Her bir şişeye, yukarıda belirtilen 20 mg / ml BTC / THF çözeltisi 5 ml ekleyin. Iki şişeleri Seal ve 20 dakika boyunca -20 ° C derin dondurucuya koyun. </li><li> Ayrı ayrı R ve S şırınga için 1.125 ul, 2:1 THF / DIPEA (750 ul THF, 375 ul DIPEA, 2.2 mmol) ilave edin. Pipet ucu ile boncuk karıştırın. Onlara 5 dakika boyunca bekletin. </li><li> Iki aşama 5.2.2 ikinci bromo asitler / BTC karışımları soğutuldu al her şişelerine 2,4,6-trimetilpiridin (356 ul, 2.7 mmol) ekleyin. Beyaz çökeltiler hemen meydana gelir. Doğrudan ilgili süspansiyonunuen kısa sürede ve daha sonra 2 saat boyunca 120 rpm&#39;de sallamak altında bir karıştırıcı üzerine koyun bazlaştınldı boncuklar (aşama 5.2.3 şırınga R ve S). Not: şırınga reaktörlerde Çözelti, reaksiyonun tamamı sırasında bir soluk sarı süspansiyon olmalıdır. Bir koyu bir renk asit klorür çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ilk serbest aşırı ısı bir göstergesidir. Bu da soğuma çözülebilir veya bromo asitler / BTC karışımını seyreltmek olabilir. </li></ol></li><li> Şırınga B. , DIC Bromoasetik asit birleştirme <ol><li> Taze 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi hazırlayın. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi hazırlayın. </li><li> 2 M bromoasetık asit / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. 2 M DIC / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. </li><li> Şırınga R ve S ile aynı karıştırıcı üzerinde şırınga B koyun </strong&gt;, 2 saat için sallayın. Bromoasetik asit / DIC birleştirme reaksiyonu, 30 dakika içinde yapılır dikkat edin; uzun reaksiyon süresi bölünmüş ve-havuz sentez kolaylık içindir. </li></ol></li><li> 2 saat sonra, sallantýyý şırınga R, S ve B alır. DCM 5x ile iyice üç şırınga yıkayın. Daha sonra DMF 5x ile yıkayın. Bu şırınga R ve S, birinci, DCM ya da THF ile yıkanmadan önce, DMF ile yıkandı edilemez edin. </li><li> Havuz şırınga R, S ve B&#39;den her boncuk bir 12 ml şırınga reaktöre. DMF 5x tüm boncuk yıkayın. </li><li> Şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme , 7 ayrı 2 ml şırınga içine eşit tüm boncuklar bölünmüş A1-A7 olarak etiketlemek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. </li><li> Aminasyon. 10 ml, Şekil 5&#39;te listelenen aminler 7 her biri için 2 M birincil amin / DMF solüsyonları hazırlayın. EAC 5 mLkarşılık gelen şırınga A1-A7 h amin çözeltisi. Bir gece boyunca çalkalama ile 60 ° C kuluçka makinesi içinde 7 şırınga inkübe edin. </li><li> İnkübasyondan sonra, DMF ile iyice her boncuk yıkayın. Her şırınga boncuk birkaç alın ve kloranil testi ile kontrol edin. Boncuklar 3 dakika içinde yeşil (pozitif) açarsanız, bir sonraki adıma geçin. Negatif ise, negatif şırıngalar için adım 5.7 tekrarlayın. </li><li> Tekrar trimerini tamamlamak için 5.1 2x 5.8 için yineleyin. İsteğe bağlı adım: Her döngüsünden sonra, aşağıda açıklandığı gibi kütle spektroskopisi tarafından sentez kalitesini kontrol etmenizi öneririz. Tüm bileşikler, hemen 9261 OBOC kütüphanesi olarak TentaGel taneleri üzerinde sentezlenir. </li><li> PTA kütle spektroskopik onay. PTAs oldukça yapılandırılmış oligomerleri ve N-metillenmiş peptidlerin birçok ortak özelliklere sahiptir. N-metillenmiş peptidler katı faz sentezi ortak sorunlarından biri, TFA bölünmesi sırasında asit kayıplardır. Asit bozulmalarını, siklosporin gibi moleküllerinin bölünmesini engellemek için ikinciKatı destek, genellikle düşük sıcaklık altında gerçekleştirilir. Bu katı destekten farklı PTA moleküllerinin parçalanması için çeşitli parçalama koşulları karşılaştırdık. Biz genellikle, düşük sıcaklık ve düşük TFA konsantrasyon etkili asit bozulmasını bastırmak ve saf bileşikler sağlayabilir, bulundu. <ol><li> 10 ml, 15 ml bir tüp içinde 1:01 TFA / DCM çözeltisi hazırlayın. Tüpü kapatın ve 20 dakika boyunca -20 ° C dondurucuda koydu. </li><li> DCM 5x ile yarılır gereken boncuk yıkayın. 15 dakika boyunca DCM içinde boncuk çalkalanır ve DCM ile tekrar 5x boncuk yıkayın. </li><li> Şırıngadan DCM boşaltın. Oyuk başına 96 oyuklu bir plaka, bir boncuk halinde, her bir boncuk aktarmak için kesik ucu bir ışık mikroskobu ve bir pipet kullanın. </li><li> Örtücü bir kılıfla 96 oyuklu plaka örtün. 15 dakika süre ile, -20 ° C dondurucu içinde plaka koyun. </li><li> Adım 5.10.1 gelen soğutulmuş 01:01 TFA / DCM çözeltisi alın ve bir boncuk içeren bölümlerinin her birine 20 ul ekle. Sırt ve pu kapak kayma koyunt -20 ° C buzdolabında bir çalkalayıcı üzerinde 96 oyuklu plaka. </li><li> 20 dakika boyunca çalkalayın. Çıkış 96-iyi plaka almak ve kapak kayma soyulabilir. Püskürtmeli kuru üzerine hava ya da argon üfleme her kuyudan TFA / DCM. 10&#39;dan fazla boncuk ayrılmaktadır ise, SpeedVac bütün plakadan TFA / DCM kurutmak için kullanılabilir. Bu noktada, tüm bileşiklerin boncuklar kesilir, ancak bileşikler yarılmış kütle spektroskopisi analizi gerçekleştirmek için yeterince fazla olması gerektiğine dikkat edin. </li><li> H 2 O çözeltisi, her kuyudan yarılmış bileşikleri eritmek için: 20 ul 6:04 ACN ekleyin. Birlikte MALDI plaka üzerinde 0.6 ul CHCA MALDI matris her bileşik çözeltisi, 0.6 ul nokta. </li><li> Her bir bileşiğin molekül ağırlığı ve sırasını (MS / MS) tespit etmek üzere MALDI kütle spektrometresi kullanarak. </li></ol></li></ol> 6.. Kloranil Testi <ol><li> Her bir test için aşağıdaki reaktifler Taze hazırlayın. Çözelti A:% 2 Kloranil (CAS: 118-75-2) DMF. ÇözümB:% 2 asetaldehid (CAS: 75-07-0), DMF. </li><li> Bir 1.5 ml bir tüp içinde test öncesi çözelti B, 100 ul çözelti A, 100 ul karıştırın; boncuk bırakın ve hafifçe sallayın. Boncuklar 5 dakika içinde maviye döner, bu boncukların yüzeyinde ikincil amin varlığını gösterir. Birincil aminler yerine Mavileşmeye koyu kahverengi bir renk verir. </li></ol>

<ol>
	<li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -. S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic.">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li><li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers.">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li><li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds.">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li><li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+[oligo(N-substituted+glycines)]+by+submonomer+solid-phase+synthesis.">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li><li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries.">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li><li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=beta-peptides:+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin.">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li><li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity.">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li><li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery.">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li><li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins:+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly.">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li><li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries.">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li><li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle.">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li><li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection.">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li><li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+&amp;#34;one-bead+one-compound&amp;#34;+combinatorial+libraries.">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &amp;#34;one-bead one-compound&amp;#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li><li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Peptoid+&#8220;Antibody+Surrogate&#8221;+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity.">A Peptoid &#8220;Antibody Surrogate&#8221; That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li><li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oligo(+N-aryl+glycines):+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids.">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li><li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoids+that+mimic+the+structure,+function,+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides.">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li><li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism.">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li><li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+peptoid+ribbon+secondary+structure.">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li><li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems.">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li><li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains.">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li><li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers.">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li><li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids.">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li><li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides.">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li><li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage.">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li><li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target.">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li><li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids&#8212;total+synthesis+of+cyclosporin+O.">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids&#8212;total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li><li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A.">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li><li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis.">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li><li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission.">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li><li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient,+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A.">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li><li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seamless+Bead+to+Microarray+Screening:+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries.">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li><li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mMass+3:+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data.">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li></ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Peptid üçüncül amidler (PTAs) peptidomimetik oligomerlerin bir süper ailesidir. Iyi çalışılmış peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptitlerin yanı sıra, bu aile içinde bileşiklerin büyük bir kısmı büyük oranda nedeniyle genel olarak N-alkile peptidler ulaşmak için sentetik yöntemin eksikliği, ilgili yeterli kalmaktadır. Burada amino asitlerden türetilen kapsamındaki şiral yapı birimleri ile PTA sentezlenmesi için etkili bir yöntem tarif eder. Daha önce, PTA moleküllerin 23</su...

Peptidomimetikler, doğal peptidlerin yapısını taklit eden bileşiklerdir. Bunlar, proteoliz 1-3 karşı hücre geçirgenliği ve stabilitesi de dahil olmak üzere, doğal peptidler ile ilişkili problemlerin bazılarının üstesinden ise biyoaktiviyeyi korumak için tasarlanmıştır. Nedeniyle bu bileşiklerin oligomerik doğası, geniş sentetik kütüphaneler kolayca monomerik ya da alt-tek moleküllü sentetik yollar 4-7 üzerinden erişilebilir. Peptidomimetiklerin en çok çalışılan sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler bir alt monomer strateji 8, 9 ile kolayca sentezlenebilir N-alkillenmiş glisin oligomerleridir. Birçok yararlı protein ligandlan başarılı bir şekilde protein hedefleri 1, 10-14 karşı geniş sentetik peptoid kütüphanelerinin taranması ikinci tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoit kütüphanelerden tanımlanan &quot;hit&quot; nadiren protein hedefleri 1,10-14,22 karşı çok yüksek bir yakınlık arşiv. Bir mamajör peptoidler ve doğal peptidler arasındaki fark peptoidler en kaynaklanmaktadır şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar olmadığı için sekonder yapı oluşturmak üzere yeteneğinden yoksun olmasıdır. Bu sorunu çözmek amacıyla, birden çok stratejileri büyük ölçüde ana zincir nitrojen atomu 15-22 üzerinde yer alan yan zincirlerinin modifikasyonu odaklanarak, son on yıl içinde geliştirilmiştir. Son zamanlarda, peptid üçüncül amidler 23 oluşturmak için bir peptoid omurgası üzerine doğal bir amino asit yan zincirlerine katılması için bir yeni bir sentetik yol geliştirdik. Peptid üçüncül amidler (PTAs) kapsamaktadır fakat peptidler (R 2 = H), peptoidler (R1 = H) ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir (R1 ≠ H, R2 = Me) . Bizim sentetik yol doğal olarak üzerinde kiralliği ve yan zincirlerinin kaynağı olarak oluşmayan amino asitler uygulama (Bakınız Şekil 1)45,-C-ve N-yer değiştirmeli sağlamak için ticari olarak temin edilebilen birincil aminlerdir. Bu nedenle, basit peptitler, peptoidler veya N-metillenmiş peptidlerin daha büyük bir kimyasal boşluk keşfedilebilir. Dairesel çift taraflı spektra PTA bu moleküllerin yüksek çözelti içinde yapılandırılmıştır göstermiştir. PTA-protein komplekslerinden biri karakterizasyonu açıkça PTA yapısal kısıtlamalar bağlanma için gerekli olduğunu göstermektedir. Son zamanlarda, daha da PTA moleküllerin bazıları peptoid ve peptit göre daha gelişmiş hücre geçirgenliğini sahip olduğunu keşfettiler. Biz bu PTA kütüphaneler protein hedefleri için yüksek afinite ligandları iyi bir kaynak olabilir inanıyoruz. Bu çalışmada, bir numunenin, bu bileşiklerin bağlanması ve ayrılması için bazı gelişmiş koşulları ile birlikte ayrıntılı olarak bir boncuk bir-bileşik (OBOC) PTA kütüphane sentezini tartışılacaktır.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="889">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">2,4,6 trimethylpyridine</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">161950010</td>
			<td style="width:311px;">CAS:108-75-8</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">2-morpholinoethanamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">06680&#160;</td>
			<td>CAS:2038-03-1&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">48% HBr Water solution</td>
			<td style="width:169px;">ALFA AESAR</td>
			<td style="width:160px;">AA14036AT</td>
			<td>CAS:10035-10-6</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Acetaldehyde</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">402788</td>
			<td>CAS:75-07-0&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:169px;">Fisher</td>
			<td style="width:160px;">SR015AA-19PS</td>
			<td>CAS:75-05-8</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Anhydrous Tetrahydrofuran (THF)</td>
			<td style="width:169px;">EMD</td>
			<td style="width:160px;">EM-TX0277-6&#160;</td>
			<td>CAS:109-99-9</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Benzylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">185701</td>
			<td>CAS:100-46-9</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">bis(trichloromethyl) carbonate (BTC)</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">258950050</td>
			<td>CAS:32315-10-9</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Bromoacetic acid</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">106570010</td>
			<td>CAS:79-08-3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Chloranil</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">23290</td>
			<td>CAS:118-75-2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Cyclohexanemethylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">101842</td>
			<td>CAS:3218-02-8</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;">D2O</td>
			<td style="width:169px;">Cambridge Isotope</td>
			<td style="width:160px;">DLM-4-99.8-1000</td>
			<td>CAS:7789-20-0</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">D-alanine</td>
			<td style="width:169px;">Anaspec</td>
			<td style="width:160px;">61387-100</td>
			<td>CAS:338-69-2&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">Dichloromethane (DCM)</td>
			<td style="width:169px;">Fisher</td>
			<td style="width:160px;">BJ-NS300-20</td>
			<td>CAS:75-09-2</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">Dimethylformamide (DMF)</td>
			<td style="width:169px;">Fisher</td>
			<td style="width:160px;">BJ-076-4</td>
			<td>CAS:68-12-2</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">Ethylene glycol</td>
			<td style="width:169px;">Oakwood</td>
			<td style="width:160px;">44710</td>
			<td>CAS:107-21-1</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">Isopentylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">W321907</td>
			<td>CAS:107-85-7</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">KBr</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">424070025</td>
			<td>CAS:7758-02-3</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">L-alanine</td>
			<td style="width:169px;">Anaspec</td>
			<td style="width:160px;">61385-100</td>
			<td>CAS:56-41-7&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">3-Methoxypropylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">M25007</td>
			<td>CAS:5332-73-0</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">2-Methoxyethylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">143693</td>
			<td>CAS:109-85-3</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">N-(3-Aminopropyl)-2-pyrrolidinone</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">136565&#160;</td>
			<td>CAS:7663-77-6&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">N,N&#39;-Diisopropylcarbodiimide (DIC)</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">115211000</td>
			<td>CAS:693-13-0</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">D125806</td>
			<td>CAS:7087-68-5</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;">NaNO2</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">424340010</td>
			<td>CAS:7631-99-4</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:249px;">NAOD 40% solution in water</td>
			<td style="width:169px;">ACROS</td>
			<td style="width:160px;">200058-506</td>
			<td>CAS:7732-18-5</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Piperidine</td>
			<td style="width:169px;">ALFA AESAR</td>
			<td style="width:160px;">A12442-AE</td>
			<td>CAS:110-89-4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Piperonylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">P49503&#160;</td>
			<td>CAS:2620-50-0</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Propylamine</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">240958</td>
			<td>CAS:107-10-8</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Trifluoroacetic acid</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">299537</td>
			<td>CAS:76-05-1</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">&#945;-Cyano-4-hydroxycinnamic acid&#160;</td>
			<td style="width:169px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:160px;">39468</td>
			<td>CAS:28166-41-8&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">&#945;-ketoglutarate</td>
			<td style="width:169px;">ALFA AESAR</td>
			<td style="width:160px;">AAA10256-22</td>
			<td style="width:311px;">CAS:328-50-7</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tentagel Resin with RINK linker</td>
			<td style="width:169px;">Rapp-Polymere</td>
			<td style="width:160px;">S30023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Alanine transaminase</td>
			<td style="width:169px;">Roche</td>
			<td style="width:160px;">10105589001</td>
			<td>AKA: Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:249px;">Incubator</td>
			<td style="width:169px;">New Brunswick Scientific</td>
			<td style="width:160px;">Innova44</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">NMR</td>
			<td style="width:169px;">Bruker</td>
			<td style="width:160px;">400MHz</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">MALDI mass spectrometer</td>
			<td style="width:169px;">Applied Biosystems&#160;</td>
			<td style="width:160px;">4800 MALDI-TOF/TOF</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Lyophilizer</td>
			<td style="width:169px;">SP Scientific</td>
			<td style="width:160px;">VirTis benchtop K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Syringe reactor</td>
			<td style="width:169px;">INTAVIS&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Reaction Column</td>
			<td>3ml, 5ml, 10ml, 20ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Vacuum manifold&#160;</td>
			<td style="width:169px;">Promega</td>
			<td style="width:160px;">A7231</td>
			<td>Vac-Man</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

split-and-pool synthesis and characterization of peptide tertiary amide library

Peptidomimetics protein ligandların büyük kaynaklarıdır. Bu bileşiklerin yapısı oligomerik kombinasyon kimyası kullanılarak katı faz üzerinde büyük bir sentetik kütüphaneler erişim sağlamaktadır. Peptidomimetiklerin en iyi okudu sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler sentez kolaydır ve proteolize dirençli ve hücre-geçirgen olduğu gösterilmiştir. Geçtiğimiz on yıl içinde, birçok yararlı protein ligandlar peptoit kütüphanelerin tarama yoluyla tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoid kütüphanelerden tespit ligandların en nadir istisnalar dışında, yüksek afinite gösteren yoktur. Bu peptoid moleküllerin şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar eksikliği, kısmen, bağlı olabilir. Son zamanlarda, biz peptid üçüncül amidler (PTAs) erişmek için yeni bir sentetik rota nitelendirdi. PTAs arasında, ancak peptidler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Α-karbon ve nitrojen atomları ana zincir her iki yan zincirleri ile,Bu moleküllerin yapı büyük ölçüde sterik engel ve Alilik 1,3 zorlanma tarafından kısıtlanır. (Şekil 1) Bu çalışma, bu moleküllerin yüksek PTA çözeltisi içinde yapılandırılmıştır ve protein ligandları belirlemek için kullanılabileceğini göstermektedir. Biz, bu moleküllerin yüksek afiniteli bir protein ligandlan, gelecekteki bir kaynak olabilir inanıyoruz. Burada bir örnek PTA bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kitaplığı sentezlemek için iki-ve-havuzu ve alt monomer stratejilerinin her ikisi de gücünü birleştirerek sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Burada bağlayıcı ile bir PTA trimer üç temsil MALDI spektrumlarını göstermektedir. Şekil 6A&#39;da gösterildiği gibi,% 50 TFA / DCM çözeltisi kullanılarak oda sıcaklığında ayrıldı zaman, önemli bir bozulma gözlenir. Şekil 6A&#39;da, 593 ve tepe 484, bütün molekül başarılı bir kordon üzerinde sentezlenen ancak bölünme sırasında bozulmuş olduğunu göstermektedir, sırası ile, bağlayıcı ve PTA trimer karşılık gelir. Yukarıda tarif edildiği gibi ...

Watch this Scientific Journal Video about Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library at JoVE.com

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Organic Chemistry

Chemistry

Unit 1

Carboxylic Acid Derivatives

SCIENTISTS IN ACTION

18.0K Görüntüleme.  The Scripps Research Institute.  Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır. 

Video: Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

The traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the use of solid-phase synthesis by appending suitably modified phosphoramidite precursors to the nascent chain. However, the conditions used during the synthesis and the restriction to rather short sequences hamper the applicability of this methodology. On the other hand, modified nucleoside triphosphates are activated building blocks that have been employed for the mild introduction of numerous functional groups into nucleic acids, a strategy that paves the way for the use of modified nucleic acids in a wide-ranging palette of practical applications such as functional tagging and generation of ribozymes and DNAzymes. One of the major challenges resides in the intricacy of the methodology leading to the isolation and characterization of these nucleoside analogues.
	
	In this video article, we present a detailed protocol for the synthesis of these modified analogues using phosphorous(III)-based reagents. In addition, the procedure for their biochemical characterization is divulged, with a special emphasis on primer extension reactions and TdT tailing polymerization. This detailed protocol will be of use for the crafting of modified dNTPs and their further use in chemical biology.

The protocol described herein aims to explain and abridge the numerous obstacles in the way of the intricate route leading to modified nucleoside triphosphates. Consequently, this protocol facilitates both the synthesis of these activated building-blocks and their availability for practical applications.

Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

Kimya

Amide Coupling Reaction for the Synthesis of Bispyridine-based Ligands and Their Complexation to Platinum as Dinuclear Anticancer Agents

Amide coupling reactions can be used to synthesize bispyridine-based ligands for use as bridging linkers in multinuclear platinum anticancer drugs. Isonicotinic acid, or its derivatives, are coupled to variable length diaminoalkane chains under an inert atmosphere in anhydrous DMF or DMSO with the use of a weak base, triethylamine, and a coupling agent, 1-propylphosphonic anhydride. The products precipitate from solution upon formation or can be precipitated by the addition of water. If desired, the ligands can be further purified by recrystallization from hot water. Dinuclear platinum complex synthesis using the bispyridine ligands is done in hot water using transplatin. The most informative of the chemical characterization techniques to determine the structure and gross purity of both the bispyridine ligands and the final platinum complexes is 1H NMR with particular analysis of the aromatic region of the spectra (7-9 ppm). The platinum complexes have potential application as anticancer agents and the synthesis method can be modified to produce trinuclear and other multinuclear complexes with different hydrogen bonding functionality in the bridging ligand.

This protocol describes the use of amide coupling reactions of isonicotinic acid and diaminoalkanes to form bridging ligands suitable for use in the synthesis of multinuclear platinum complexes, which combine aspects of the anticancer drugs BBR3464 and picoplatin.

Çekirdekli Antikanser Maddeleri olarak Platinum bispiridin tabanlı Ligandların ve kompleks Sentezlenmesi için kullanılan amid bağlantı reaksiyon

Amide coupling reactions can be used to synthesize bispyridine-based ligands for use as bridging linkers in multinuclear platinum anticancer drugs. ...

Synthesis and Characterization of Functionalized Metal-organic Frameworks

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and technological applications. Their signature property is their ultrahigh porosity, which however imparts a series of challenges when it comes to both constructing them and working with them. Securing desired MOF chemical and physical functionality by linker/node assembly into a highly porous framework of choice can pose difficulties, as less porous and more thermodynamically stable congeners (e.g., other crystalline polymorphs, catenated analogues) are often preferentially obtained by conventional synthesis methods. Once the desired product is obtained, its characterization often requires specialized techniques that address complications potentially arising from, for example, guest-molecule loss or preferential orientation of microcrystallites. Finally, accessing the large voids inside the MOFs for use in applications that involve gases can be problematic, as frameworks may be subject to collapse during removal of solvent molecules (remnants of solvothermal synthesis). In this paper, we describe synthesis and characterization methods routinely utilized in our lab either to solve or circumvent these issues. The methods include solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries, and materials activation (cavity evacuation) by supercritical CO2 drying. Finally, we provide a protocol for determining a suitable pressure region for applying the Brunauer-Emmett-Teller analysis to nitrogen isotherms, so as to estimate surface area of MOFs with good accuracy.

Synthesis, activation, and characterization of intentionally designed metal-organic framework materials is challenging, especially when building blocks are incompatible or unwanted polymorphs are thermodynamically favored over desired forms. We describe how applications of solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries and activation via supercritical CO2 drying, can address some of these challenges.

Fonksiyonlu Sentezi ve Karakterizasyonu Metal-organik Altyapıları

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and ...

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the hydroxylmethylene phosphine precursor with ammonia in methanol under a nitrogen atmosphere. The N-triphosPh ligand precipitates from the solution after approximately 1 hr of reflux and can be isolated analytically pure via simple cannula filtration procedure under nitrogen. Reaction of the N-triphosPh ligand with [Ru3(CO)12] under reflux affords a deep red solution that show evolution of CO gas on ligand complexation. Orange crystals of the complex [Ru(CO)2{N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (2) were isolated on cooling to RT. The 31P{1H} NMR spectrum showed a characteristic single peak at lower frequency compared to the free ligand. Reaction of a toluene solution of complex 2 with oxygen resulted in the instantaneous precipitation of the carbonate complex [Ru(CO3)(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (3) as an air stable orange solid. Subsequent hydrogenation of 3 under 15 bar of hydrogen in a high-pressure reactor gave the dihydride complex [RuH2(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (4), which was fully characterized by X-ray crystallography and NMR spectroscopy. Complexes 3 and 4 are potentially useful catalyst precursors for a range of hydrogenation reactions, including biomass-derived products such as levulinic acid (LA). Complex 4 was found to cleanly react with LA in the presence of the proton source additive NH4PF6 to give [Ru(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P{CH3CO(CH2)2CO2H}-&#954;2O](PF6) (6).

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Ruthenium phosphine complexes are widely used for homogeneous catalytic reactions such as hydrogenations. The synthesis of a series of novel tridentate ruthenium complexes bearing the N-triphos ligand N(CH2PPh2)3 is reported. Additionally, the stoichiometric reaction of a dihydride Ru&#8211;N-triphos complex with levulinic acid is described.

Rutenyum bir Serisi Sentezi, Karakterizasyonu ve Tepkime<em&gt; K</em&gt; -triphos<sup&gt; Ph</sup&gt; Kompleksi

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the ...

Synthesis, Characterization, and Functionalization of Hybrid Au/CdS and Au/ZnS Core/Shell Nanoparticles

Plasmonic nanoparticles are an attractive material for light harvesting applications due to their easily modified surface, high surface area and large extinction coefficients which can be tuned across the visible spectrum. Research into the plasmonic enhancement of optical transitions has become popular, due to the possibility of altering and in some cases improving photo-absorption or emission properties of nearby chromophores such as molecular dyes or quantum dots. The electric field of the plasmon can couple with the excitation dipole of a chromophore, perturbing the electronic states involved in the transition and leading to increased absorption and emission rates. These enhancements can also be negated at close distances by energy transfer mechanism, making the spatial arrangement of the two species critical. Ultimately, enhancement of light harvesting efficiency in plasmonic solar cells could lead to thinner and, therefore, lower cost devices. The development of hybrid core/shell particles could offer a solution to this issue. The addition of a dielectric spacer between a gold nanoparticles and a chromophore is the proposed method to control the exciton plasmon coupling strength and thereby balance losses with the plasmonic gains. A detailed procedure for the coating of gold nanoparticles with CdS and ZnS semiconductor shells is presented. The nanoparticles show high uniformity with size control in both the core gold particles and shell species allowing for a more accurate investigation into the plasmonic enhancement of external chromophores.

The synthesis of uniform gold nanoparticles coated with semiconductor shells of CdS or ZnS is performed. The semiconductor coating is conducted by first depositing a silver sulfide shell and exchanging the silver cations for zinc or cadmium cations.

Sentezi, Karakterizasyonu ve Hibrid Au / CdS ve Au / ZnS Çekirdek / Shell Nanopartiküller işlevselleştirilmesi

Plasmonic nanoparticles are an attractive material for light harvesting applications due to their easily modified surface, high surface area and large ...

Development of a Backbone Cyclic Peptide Library as Potential Antiparasitic Therapeutics Using Microwave Irradiation

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is a major effort to target PPIs in basic research and in the pharmaceutical industry. Protein-protein interfaces are usually large, flat, and often lack pockets, complicating the discovery of small molecules that target such sites. Alternative targeting approaches using antibodies have limitations due to poor oral bioavailability, low cell-permeability, and production inefficiency.
Using peptides to target PPI interfaces has several advantages. Peptides have higher conformational flexibility, increased selectivity, and are generally inexpensive. However, peptides have their own limitations including poor stability and inefficiency crossing cell membranes. To overcome such limitations, peptide cyclization can be performed. Cyclization has been demonstrated to improve peptide selectivity, metabolic stability, and bioavailability. However, predicting the bioactive conformation of a cyclic peptide is not trivial. To overcome this challenge, one attractive approach it to screen a focused library to screen in which all backbone cyclic peptides have the same primary sequence, but differ in parameters that influence their conformation, such as ring size and position.
We describe a detailed protocol for synthesizing a library of backbone cyclic peptides targeting specific parasite PPIs. Using a rational design approach, we developed peptides derived from the scaffold protein Leishmania receptor for activated C-kinase (LACK). We hypothesized that sequences in LACK that are conserved in parasites, but not in the mammalian host homolog, may represent interaction sites for proteins that are critical for the parasites&#39; viability. The cyclic peptides were synthesized using microwave irradiation to reduce reaction times and increase efficiency. Developing a library of backbone cyclic peptides with different ring sizes facilitates a systematic screen for the most biological active conformation. This method provides a general, fast, and facile way to synthesize cyclic peptides.

A simple and general method for the synthesis of cyclic peptides using microwave irradiation is outlined. This procedure enables the synthesis of backbone cyclic peptides with a collection of different conformations while retaining the side chains and the pharmacophoric moieties., and therefore, allows to screen for the bioactive conformation.

Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is ...

Synthesis and Characterization of Supramolecular Colloids

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical properties for applications in photonics, drug delivery and coating technology. Here we present a new family of colloidal building blocks, coined supramolecular colloids, whose self-assembly is controlled through surface-functionalization with a benzene-1,3,5-tricarboxamide (BTA) derived supramolecular moiety. Such BTAs interact via directional, strong, yet reversible hydrogen-bonds with other identical BTAs. Herein, a protocol is presented that describes how to couple these BTAs to colloids and how to quantify the number of coupling sites, which determines the multivalency of the supramolecular colloids. Light scattering measurements show that the refractive index of the colloids is almost matched with that of the solvent, which strongly reduces the van der Waals forces between the colloids. Before photo-activation, the colloids remain well dispersed, as the BTAs are equipped with a photo-labile group that blocks the formation of hydrogen-bonds. Controlled deprotection with UV-light activates the short-range hydrogen-bonds between the BTAs, which triggers the colloidal self-assembly. The evolution from the dispersed state to the clustered state is monitored by confocal microscopy. These results are further quantified by image analysis with simple routines using ImageJ and Matlab. This merger of supramolecular chemistry and colloidal science offers a direct route towards light- and thermo-responsive colloidal assembly encoded in the surface-grafted monolayer.

A protocol for the synthesis and characterization of colloids coated with supramolecular moieties is described. These supramolecular colloids undergo self-assembly upon the activation of the hydrogen-bonds between the surface-anchored molecules by UV-light.

Supramoleküler Kolloidlerin Sentezi ve Karakterizasyonu

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical ...

Synthesis and Characterization of Fe-doped Aluminosilicate Nanotubes with Enhanced Electron Conductive Properties

The goal of the protocol is to synthesize Fe-doped aluminosilicate nanotubes of the imogolite type with the formula (OH)3Al2-xFexO3SiOH. Doping with Fe aims at lowering the band gap of imogolite, an insulator with the chemical formula (OH)3Al2O3SiOH, and at modifying its adsorption properties towards azo-dyes, an important class of organic pollutants of both wastewater and groundwater.
Fe-doped nanotubes are obtained in two ways: by direct synthesis, where FeCl3 is added to an aqueous mixture of the Si and Al precursors, and by post-synthesis loading, where preformed nanotubes are put in contact with a FeCl3&#8226;6H2O aqueous solution. In both synthesis methods, isomorphic substitution of Al3+ by Fe3+ occurs, preserving the nanotube structure. Isomorphic substitution is indeed limited to a mass fraction of ~1.0% Fe, since at a higher Fe content (i.e., a mass fraction of 1.4% Fe), Fe2O3 clusters form, especially when the loading procedure is adopted. The physicochemical properties of the materials are studied by means of X-ray powder diffraction (XRD), N2 sorption isotherms at -196 &#176;C, high resolution transmission electron microscopy (HRTEM), diffuse reflectance (DR) UV-Vis spectroscopy, and &#950;-potential measurements. The most relevant result is the possibility to replace Al3+ ions (located on the outer surface of the nanotubes) by post-synthesis loading on preformed imogolite without perturbing the delicate hydrolysis equilibria occurring during nanotube formation. During the loading procedure, an anionic exchange occurs, where Al3+ ions on the outer surface of the nanotubes are replaced by Fe3+ ions. In Fe-doped aluminosilicate nanotubes, isomorphic substitution of Al3+ by Fe3+ is found to affect the band gap of doped imogolite. Nonetheless, Fe3+ sites on the outer surface of nanotubes are able to coordinate organic moieties, like the azo-dye Acid Orange 7, through a ligand-displacement mechanism occurring in an aqueous solution.

Here, we present a protocol to synthesize and characterize Fe-doped aluminosilicate nanotubes. The materials are obtained by either sol-gel synthesis upon addition of FeCl3&#8226;6H2O to the mixture containing the Si and Al precursors or by post-synthesis ionic exchange of preformed aluminosilicate nanotubes.

Geliştirilmiş Elektron İletken özellikleri ile Fe-katkılı Alüminosilikat Nanotüpler Sentezi ve Karakterizasyonu

The goal of the protocol is to synthesize Fe-doped aluminosilicate nanotubes of the imogolite type with the formula (OH)3Al2-xFexO3SiOH. Doping with Fe ...

Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) and Related Biomaterials

Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) are a new class of self-assembling amphiphilic biomaterials-related to the peptide amphiphiles (PAs). Traditional PAs possess charged amino acids as solubilizing groups (lysine, arginine), which are directly connected to a lipid segment or can contain a linker region made of neutral amino acids. Tuning the peptide sequence of PAs can yield diverse morphologies. Similarly, PPAs possess a hydrophobic segment and neutral amino acids, but also contain polyamine molecules as water solubilizing (hydrophilic) groups. As is the case with PAs, PPAs can also self-assemble into diverse morphologies, including small rods, twisted nano-ribbons, and fused nano-sheets, when dissolved in water. However, the presence of both primary and secondary amines on a single polyamine molecule poses a significant challenge when synthesizing PPAs. In this paper, we show a simple protocol, based on literature precedents, to achieve a facile synthesis of PPAs using solid phase peptide synthesis (SPPS). This protocol can be extended to the synthesis of PAs and other similar systems. We also illustrate the steps that are needed for cleavage from the resin, identification, and purification.

Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles PPAs and Related Biomaterials

The synthesis of polyamine-based peptide amphiphiles (PPAs) is a significant challenge due to the presence of multiple amine nitrogens, which requires judicious use of protecting groups to mask these reactive functionalities. In this paper, we describe a facile method for the preparation of these new class of self-assembling molecules.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) are a new class of self-assembling amphiphilic biomaterials-related to the peptide amphiphiles (PAs). ...

Synthesis and Characterization of 1,2-Dithiolane Modified Self-Assembling Peptides

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting self-assembled supramolecular structures. The synthetic route takes advantage of solid-phase peptide synthesis with the on-resin coupling of the dithiolane precursor molecule, 3-(acetylthio)-2-(acetylthiomethyl)propanoic acid, and the microwave-assisted thioacetate deprotection of the peptide N-terminus before final cleavage from the resin to yield the 1,2-dithiolane modified peptide. After the high-performance liquid chromatography (HPLC) purification of the 1,2-dithiolane peptide, derived from the nucleating core of the A&#946; peptide associated with Alzheimer&#39;s disease, the peptide is shown to self-assemble into cross-&#946; amyloid fibers. Protocols to characterize the amyloid fibers by Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), circular dichroism spectroscopy (CD) and transmission electron microscopy (TEM) are presented. The methods of N-terminal modification with a 1,2-dithiolane moiety to well-characterized self-assembling peptides can now be explored as model systems to develop post-assembly modification strategies and explore dynamic covalent chemistry on supramolecular peptide nanofiber surfaces.

A protocol for the synthesis of a 1,2-dithiolane modified peptide and the characterization of the supramolecular structures resulting from the peptide self-assembly.