We gratefully acknowledge funding for this project from the USDA National Institute of Food and Agriculture grants 2009-01208 and 2009-01984.

MMS kullanma Tarımsal Su geniş hacimli Bakterilerin 1. Konsantrasyon <ol><li> MMS Hazırlık <ol><li> 40 x 12 cm boyutlarında 4-katlı tülbent dikdörtgen bir bölümü kesin. </li><li> 20 x 6 cm boyutlarında bir dikdörtgen elde etmek için her iki eksen boyunca tülbent katlayın. </li><li> Boyunda yaklaşık 6 cm ve çapı 3 cm olan silindirik bir çubukla oluşturulması için sıkı uzun ekseni boyunca tülbent döndürün. </li><li> Alüminyum folyo tülbent bez otoklavlayınız kaseti otoklavlamayın yok. % 10 ev tipi ağartıcı içinde 30 dakika için ıslatılarak kaseti dekontamine ve bir sodyum tiosülfat pentahidrat (Na 2S 2 O 3 · 5H 2 O) çözeltisi (50 mg / L, 15 dakika boyunca kaseti ıslatarak kalıntı kloru devre dışı ) steril su içinde hazırlandı. </li><li> MMS kaset içine bezi yerleştirin. Not: MMS kasetinin olmayan tek versiyonu kullanılırsa, tülbent bir 4-katlı tabaka ile başlamak me80 x 22 cm asuring, 40 x 11 cm katlayın ve çapı yaklaşık 11 cm boyunda ve 6 cm bir silindir oluşturacak şekilde yuvarlayın. </li><li> MMS birleştirin. </li><li> Borunun tam spigots yapışır sağlanması, MMS her iki tarafında musluk için vinil tüp takın ve peristaltik pompanın içine boru düzeltmek. Peristaltik pompa boru donanımı üst numune için yeterli uzunlukta olduğundan emin olun. </li></ol></li><li> Bakterilerin Konsantrasyon <ol><li> Yüksek hızda peristaltik pompa çalıştırılarak Tarımsal su numune en az 10 L. </li><li> Örnekleme tamamlandıktan sonra, su numunesi gelen peristaltik pompa girişini çekilme ve hiçbir atık su MMS çıkarken görülmektedir kadar pompayı çalıştırmaya devam. </li><li> Bir manifold, aynı anda birkaç numune çalıştırmak için kullanılan, her MMS çıkış maddesinin toplamak ve 10 L, tek bir MMS içinden süzülür zaman, söz konusu MMS için valfi kapatmak ve pompa çalışmaya devam eder. <ol><li> I örnekleme zamantamamlanmış s, tarımsal su peristaltik pompa girişini çekilme manifoldu tüm vanaları açık ve hiçbir atık su mmss çıkarken görülmektedir kadar pompayı çalıştırmaya devam. </li></ol></li></ol></li><li> Konsantrasyonu bütün mmss için tamamlandıktan sonra, dikkatli bir şekilde MMS musluk gelen vinil boru kaldırmak ve MMS her iki tarafındaki uçlar kap. Sıkıca kapatılmış MMS zenginleştirme ortamı eklemeden önce en fazla 12 saat saklanabilir. </li></ol> 2.. MMS Zenginleştirme ve Numune Hazırlama <ol><li> Zenginleştirme <ol><li> MMS kapağını sökün ve aseptik uygun steril zenginleştirme et suyu 20 ml ekleyin. Her seçici zenginleştirme için bir MMS kullanın. Alternatif olarak, aynı örnekteki tüm üç hedef bakteri yaymak için, seçici olmayan bir zenginleştirme gerçekleştirin. NOT: MMS kasetin olmayan tek sürümü kullanılırsa, aseptik kaset tülbent filtreyi kaldırmak ve reklamdan önce steril bir torbaya koyunUygun zenginleştirme ortamı Ding 225 mi. <ol><li> E. zenginleştirilmesi için E. coli, vankomisin hidroklorür 8 mg / L içeren tamponlu pepton suyu (BPW) 20 ml. </li><li> Salmonella spp zenginleştirilmesi için., BPW 20 ml Salmonella takviyesi (4 ml / L) ile desteklenmiş ekleyin. </li><li> L. zenginleştirilmesi için monocytogenes, VIDAS UP Listeria (LPT) et suyu 20 ml ekleyin. </li><li> Tek bir MMS kullanarak üç mikroorganizmalar için eş zamanlı olmayan seçici zenginleştirme için, genel ön zenginleştirmeye suyu (UPB) kullanır. </li></ol></li><li> Geri sıkıca MMS kapağını vidalayın. Spigots sıkıca zenginleştirme sırasında dökülmeleri ve olası kontaminasyonu önlemek için kapatılmış olduğundan emin olun. </li><li> 200 rpm&#39;de bir çalkalama inkübatöründe kadar 18-24 saat için MMS inkübe edin. E. 42 ° C kullanın coli ve Salmonella spp. selektif zenginleşmesi. L. 30 ° C kullanın monocytogenes selektif zenginleştirme ve kullanımı 37 &amp; #176, seçici olmayan bir zenginleştirme C. </li></ol></li><li> Numune Hazırlama <ol><li> Kuluçka tamamlandığında, inkübatör MMS kaldırmak spigots birini kapağını açmak, ve yavaşça bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüpe yaklaşık 0.5 ml dağıtmak. Alternatif olarak, dışarı MMS ve pipet 0.5 gecede zenginleştirme ml sökün. Not: MMS kasetinin-olmayan tek versiyonu kullanılırsa, torbadan zenginleştirme 0.5 ml pipetle. </li><li> E. kolorimetrik analizi için coli seçici zenginleştirme ya da seçici olmayan zenginleştirme analizi için, 5 W, bir sonda sonikatör kullanarak 20 saniye boyunca 22 kHz&#39;de zenginleştirme 0.5 ml sonikasyon. </li></ol></li></ol> ΜPADs 3. Hazırlanması ve kolorimetrik alt-tabakalar arasında gömülmesi <ol><li> Test edilen her bir numune ve hedef için yeterince μPADs hazırlayın. E. algılamak için coli Salmonella spp, CPRG ve X-Gluc μPADs hazırlamak. algılama MC μPADs hazırlamak, ve L. monocytogenes algılama X-InP μPADs hazırlamak. <ol><li> HEPES tamponu hazırlayın kolorimetrik alt-tabakalar için, [0.1 M,% 0.1 Bovine Serum Albumin (BSA) ile HEPES] ve ikinci olacak substrata göre tamponun pH&#39;ının ayarlanması: CPRG ya da X-gluc hazırlanması için pH 7.5, MC pH 9 ve X-InP için pH 7. </li><li> PH substratların stok çözelti hazırlayın 3 mM (CPRG), 62.5 mM (X-Gluc), 15 mM (MC), 100 mM (X-InP) konsantrasyonlarda HEPES tamponu ayarlandı. Işıktan stok çözümleri koruyun. </li><li> Daha sonra her bir taban stok çözeltisinden 24 ul ile μPAD Microspot imbed, steril bir Petri kabı içinde μPADs yerleştirin. </li></ol></li></ol> 4.. Algılama ve Veri Analizi <ol><li> Bulma <ol><li> Petri kabı içinde bulunan her bir uygun μPAD Microspot için zenginleştirilmiş örnek 6 ul ekleyin. </li><li> Petri kabı kapağını geri yerleştirin ve Parafilm ile mühür. </li><li> Örnek inkübemicrospots renk gelişimi ve kurutma için izin verecek şekilde 3 saat boyunca 37 ° C&#39;de μPAD ile. </li></ol></li><li> Sonuçların görsel incelenmesi <ol><li> ΜPADs renk değişiklikleri basit görsel muayene ile tespit gerçekleştirin. NOT: Genellikle, kesin renk değişiklikleri üretmek güçlü tepkiler daha fazla açıklama için ihtiyacı ortadan kaldıracak olmalı ve pozitif olarak düşünülmelidir zenginleşme 18-24 saat, aşağıdaki bekleniyor. </li><li> Bir E. varlığını belirlemek kırmızı-mor ve mavi-yeşil renksiz X-Gluc değişikliği ile ankastre microspots sarıdan CPRG değişikliği ile ankastre microspots gözlemleyerek coli pozitif örnek. </li><li> Bir L. varlığını belirlemek renksiz gelen indigo X-InP değişikliği ile ankastre microspots gözlemleyerek olumlu örnek monocytogenes. </li><li> Salmonella spp varlığını belirler. col gelen MC değişikliği ile ankastre gözlemleyerek microspots pozitif numunemor-leylak rengi için orless. </li></ol></li><li> Yazılım Destekli Veri Analizi NOT: Açıkça zayıf reaksiyonlar olumlu ya da olumsuz olup olmadığını belirlemek için ve sonuçların bir yarı-kantitatif analiz sağlamak için yürütülen. <ol><li> ΜPADs tamamen kurumasını bekleyin. </li><li> Düz yataklı tarayıcı kullanarak μPAD tarayın. </li><li> Görüntü işleme ImageJ yazılımı kullanın. <ol><li> Ana menüden (veya basın &quot;Clt + O&quot;) üzerindeki &quot;Dosya&quot; sekmesi altında bulunan ImageJ analiz edilecek, taranan görüntüyü &quot;aç&quot;. </li><li> (&quot;Clt + Shift +&quot; ya basın) ana menüde &quot;Edit&quot; sekmesinin altında bulunan &quot;Dönüştür&quot; seçerek görüntüyü ters çevirin. </li><li> Ana menüde &quot;Analiz&quot; sekmesini kullanın ve analiz rapor ölçüleri seçmek için &quot;Set Ölçümleri ...&quot; seçeneğini seçin. </li><li> Emin &quot;Mean gri yoğunluk&quot;, &quot;eşik Limit emin olun&quot; ve &quot;Display etiket&quot; kutularıkontrol ve basın &quot;Tamam.&quot; Bu yazılım, seçilen her alanda analiz nasıl ayarlar ve nasıl bunu bildiriyor. </li><li> Eğer içinde ölçmek istediğiniz alanı ana hatlarıyla bir daire çizmek için &quot;Oval&quot; aracını kullanın. </li><li> &quot;Analiz&quot; sekmesinde &quot;Tedbir,&quot; (ya da basın &quot;Clt + M&quot;) seçin. Yazılım tanımlı alanı içinde ortalama gri yoğunluğunu ölçmek ve kopyalanabilir ve daha fazla analiz için excel yapıştırılabilir bir pop-up ekranında rapor edecektir. NOT: Tam bir analiz için, her numunenin en az iki teknik çoğaltır yapılmalıdır. </li></ol></li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Guidance for industry: Guide to minimize microbial food safety hazards for fresh fruits and vegetables. , (1998).</li><li>Bisha, B., P&#233;rez-M&#233;ndez, A., Danyluk, M. D., Goodridge, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+Modified+Moore+swabs+and+continuous+flow+centrifugation+for+concentration+of+Salmonella+and+Escherichia+coli+O157:H7+from+large+volumes+of+water).">Evaluation of Modified Moore swabs and continuous flow centrifugation for concentration of Salmonella and Escherichia coli O157:H7 from large volumes of water).</a> J Food Prot. 74, 1934-1937 (2011).</li><li>Sbodio, A., Maeda, S., Lopez-Velasco, G., Suslow, T. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modified+Moore+swab+optimization+and+validation+in+capturing+E.+coli+O157:H7+and+Salmonella+enterica+in+large+volume+field+samples+of+irrigation+water.">Modified Moore swab optimization and validation in capturing E. coli O157:H7 and Salmonella enterica in large volume field samples of irrigation water.</a> Food Res Int. 51, 654-662 (2013).</li><li>McEgan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Salmonella+spp.+from+large+volumes+of+water+by+modified+Moore+swabs+and+tangential+flow+filtration.">Detection of Salmonella spp. from large volumes of water by modified Moore swabs and tangential flow filtration.</a> Lett Appl Microbiol. 56, 88-94 (2013).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Solicitation Number: FDA-SS-1116253. , (2013).</li><li>Jokerst, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+paper-based+analytical+device+for+colorimetric+detection+of+select+foodborne+pathogens.">Development of a paper-based analytical device for colorimetric detection of select foodborne pathogens.</a> Analytical Chemistry. 84, 2900-2907 (1021).</li><li>Martinez, A. W., Phillips, S. T., Butte, M. J., Whitesides, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patterned+paper+as+a+platform+for+inexpensive,+low-volume,+portable+bioassays.">Patterned paper as a platform for inexpensive, low-volume, portable bioassays.</a> Angew Chem Int Edit. 46, 1318-1320 (2007).</li><li>Martinez, A. W., Phillips, S. T., Wiley, B. J., Gupta, M., Whitesides, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FLASH:+A+rapid+method+for+prototyping+paper-based+microfluidic+devices.">FLASH: A rapid method for prototyping paper-based microfluidic devices.</a> Lab on a Chip. 8, 2146-2150 (1039).</li><li>Abe, K., Suzuki, K., Citterio, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inkjet-printed+microfluidic+multianalyte+chemical+sensing+paper.">Inkjet-printed microfluidic multianalyte chemical sensing paper.</a> Analytical Chemistry. 80, 6928-6934 (1021).</li><li>Cheng, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Millimeter-scale+contact+printing+of+aqueous+solutions+using+a+stamp+made+out+of+paper+and+tape.">Millimeter-scale contact printing of aqueous solutions using a stamp made out of paper and tape.</a> Lab on a Chip. 10, 3201-3205 (1039).</li><li>Lu, Y., Shi, W. W., Jiang, L., Qin, J. H., Lin, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+prototyping+of+paper-based+microfluidics+with+wax+for+low-cost,+portable+bioassay.">Rapid prototyping of paper-based microfluidics with wax for low-cost, portable bioassay.</a> Electrophoresis. 30, 1497-1500 (2009).</li><li>Charles, S., Henry, L. D. G., Jana, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Jokerst+Rapid+detection+of+pathogens+using+paper+devices.">Jokerst Rapid detection of pathogens using paper devices.</a> US patent. , (2012).</li><li>Bisha, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T10-06+Colorimetric+paper-based+detection+of+Salmonella+spp.+and+Escherichia+coli+from+artificially+contaminated+irrigation+river+water.">T10-06 Colorimetric paper-based detection of Salmonella spp. and Escherichia coli from artificially contaminated irrigation river water.</a> , (2012).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

Bu protokol, E. saptanması için entegre bir yöntem tarif E. coli, Salmonella spp. ve L. Tarımsal suda monocytogenes. Burada, tarım büyük hacimlerde suyun bakterilerin MMS konsantrasyonu (10 L), bakteriyel zenginleştirme ile birleştiğinde ve bakteri gösterge kolorimetrik tespiti μPADs kullanıyor. Bakteriler 10 kat konsantre olurken MMS prosedürü su örneklerinde yüksek partikül içeriği ile başa çıkabilir, sağlam ve az eğitimli personel tarafından saha uygulamal...

Bu gıda kaynaklı hastalık etmenleri gıda kaynaklı hastalık yükünü azaltmak için alan bazlı ortamlarda hızla ve tercihen tespit edilmesi önemlidir. Gıda kaynaklı bakteriyel patojenler tespit etmek için ortak stratejiler biyokimyasal profil, seçici ve diferansiyel kültürlemenin, immünolojik izolasyon ve algılama ve moleküler algılama vardır. Ancak, bu yöntemler sporadik kirlenme tarafından engellendiğini, test küçük bir örnek boyutları, gıda kaynaklı patojen bakterilerin genellikle düşük konsantrasyonlarda, uzun işlem süreleri gerektiren ve / veya alan ayarları için geçerli değildir. Bundan başka, birçok gıda matrislerdeki bileşiklerin tespit ve teşhis uygulamalarına önleyici bulunmaktadır. Mikrobiyal algılama olasılığını artırmak amacıyla, Amerika Birleşik Devletleri Gıda ve İlaç Dairesi (örneğin, yıkama, su ve sulama suyu olarak) Tarımsal su testi taze ürün büyük bir yüzey alanı ile temas ya da bir araç olarak hizmet eder ya da bu da önerdi produce kontaminasyon gıda 1. doğrudan test için bir alternatiftir. Buna rağmen, temsili tarımsal su numunesi seyreltme etkisi ile birleştiğinde genellikle düşük, doğal patojen-patojen yükü konsantrasyon için numune hazırlama yöntemleri gerekli kılar. Bu tür bir yöntem, su (≥ 10 L), uygun patojen-konsantrasyonu ve alt algılama stratejileri ile uyumluluk geniş hacimli örnekleme gerektirir. Modifiye Moore bezlerden (MMS) su 2-4 büyük hacimlerde (≥ 10 L) bakterileri konsantre için kullanılan, ucuz, basit ve sağlam cihazlardır. MMS bir peristaltik pompa kullanılarak pompalanmıştır kaset su büyük miktarlar için, bir kaba filtre olarak hizmet gazlı bez, dolu bir plastik kaset oluşur. MMS işlenmiş li mikroorganizmalar da dahil olmak üzere organik ve inorganik tanecikli madde yakalar bakteri konsantrasyonu (≥ 10 kat konsantrasyon) bir ayrım yöntemisterlin örnekleri. Bu, MMS ile hedef mikroorganizma konsantrasyonunun mükemmel etkinliği mikroorganizmalar silt-kil fraksiyonu ya da süspanse edilmiş katı maddelerin 3 organik mikro agrega bağlı olması beklenmektedir gerçeği ile açıklanabilir olasıdır. MMS sağlam tasarımı, bu tür filtrelerin tıkanması, büyük hacimli işleme yetersizlik, yüksek bulanıklık ile filtre örnekleri ve yüksek maliyetler gibi sudan bakteri, yakalanması ve konsantrasyon için diğer filtrasyon yöntemleri ile ilgili en eksikliklerin sağlar. Bu nedenlerle, FDA MMS çevre ve üretmek, ilgili numune toplama prosedürleri 5 resmi işlemleri dahil edilmesi tavsiye edilmektedir. Burada, bir yöntem olup, konsantrasyon, zenginleştirme ve Escherichia coli algılama, Salmonella spp. Ve tarımsal sularından Listeria monocytogenes için açıklanmıştır. A MMS Bact konsantrasyonu için kullanılıreria ve ayrıca seçici ya da seçici olmayan bakteriyel zenginleştirilmesi için bir kap olarak işlev görür. Bakteriyel algılama kağıt tabanlı analitik cihazları (μPADs) 6 kullanılarak biyokimyasal elde edilir. μPADs akışkan ağları veya Fotolitografi, inkjet baskı, damgalama, ve balmumu 7-11 baskı da dahil olmak üzere çeşitli yöntemler kullanılarak nokta testleri olarak imal edilebilir. Akışkan tasarımları örnekleri, numunenin merkez yatırılır ve daha sonra, numune ya da alt-tabaka merkezine 12 içine kılcal hareket ile kanalın dış rezervuar çekilir edildiği distal rezervuar ya da tek kanal alışkanlıklarına akar dendritik kanal desen olabilir. Bu protokol için, biz burada test mikroorganizmaların göstergesidir enzimler tarafından işlenebilir kromojenik substratları ile ankastre 7 mm çaplı balmumu kağıt nokta diziler için istihdam seçtiniz: Klorofenol kırmızı β-D-galaktopiranosid (CPRG) ve 5 - bromo-4-kloro-3-indolil β-D-glukuronid (X-Gluc)E. tarafından üretilen β-galaktosidaz ve β-glukuronidaz saptanmasında coli; Salmonella spp tarafından üretilen, C8-esteraz tespiti için 5-bromo-6-kloro-3-indolil kaprilat (kırmızı kaprilat).; fosfatidilinositol özgü fosfolipaz C tespiti için ve 5-bromo-4-kloro-3-indolil-miyo-inositol fosfat (X-InP) (PI-PLC) tarafından üretilen L. 6 monocytogenes. Bu nedenle, belirli bir bakteri varlığı, karmaşık ekipman ve veri yorumlama için gerek kalmadan görsel olarak gözlenebilir. Bu özel hedef bakterilerin enzim bazlı kolorimetrik μPAD algılama spesifikliği ve duyarlılığı, daha önce 6 incelenmiştir. Buna ek olarak, bu hedef bakteriler için entegre konsantrasyon algılama yönteminin hassasiyeti mikroorganizmalar (yayınlanmamış veriler ve Bisha et al. 13) önceden belirlenmiş bir seviyede suyun büyük hacimlerde spike ile değerlendirildi.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agricultural water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Irrigation water, produce wash water, well water, etc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vinyl tubing</td>
			<td>Wilmar</td>
			<td>BN-CVT1005</td>
			<td>&#160;1/4&#34; inner diameter,&#160; 3/8&#34; outer diameter, available at:&#160; http://www.wilmar.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Modified Moore Swab cartridge&#160;</td>
			<td>Lumiere Diagnostics</td>
			<td></td>
			<td>11 &#189; cm in length and 4 &#189; cm in width, available at:&#160; http://www.lumierediagnostics.com.&#160; Alternativelly, a non-disposable version of the cartridge can be used (refer to the text)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cheesecloth</td>
			<td>Chesapeake Wiper &#38; Supply, Inc.</td>
			<td>CC90</td>
			<td>Grade #90, 44 &#215; 36 weave, available at:&#160; www.raglady.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Household Bleach</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Sodium hypochlorite concentration approx. 6%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium thiosulphate 5-hydrate</td>
			<td>Mallinckrodt Baker Inc</td>
			<td>8100-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manifold</td>
			<td>Built in-house</td>
			<td></td>
			<td>Optional, device can be constructed from PVC pipes and appropriate fittings</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peristaltic pump</td>
			<td>Micron Meters</td>
			<td>RPP1300</td>
			<td>Available at:&#160; http://www.micronmeters.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serological pipette</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Disposable, 10ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Universal preenrichment broth</td>
			<td>Difco</td>
			<td>223510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffered peptone water</td>
			<td>Difco</td>
			<td>218105</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella supplement</td>
			<td>Biom&#233;rieux Industry</td>
			<td>42650</td>
			<td>http://www.biomerieux-usa.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VIDAS UP Listeria (LPT) Broth</td>
			<td>Biom&#233;rieux Industry</td>
			<td>410848</td>
			<td>http://www.biomerieux-usa.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vancomycin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>861987</td>
			<td>http://www.sigmaaldrich.com</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-Aid</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Drummond DP-110 used here</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaking incubator</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Excella E25, New Brunswick Scientific used here</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160;</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>10 &#956;l, 1 ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette tips</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Barrier, 10 &#956;l, 1 ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 microcentrifuge tubes</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>RNase- and DNase- free</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Probe sonicator</td>
			<td>Q Sonica LLC</td>
			<td>XL-2000 series</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#181;PADs</td>
			<td>Avant&#160;</td>
			<td></td>
			<td>Wax printed 7 mm diameter circles, with 4 pt line thickness. Contact Dr. Charles Henry for additional information</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES [N-(2-Hydroxyethyl)piperazine-N&#8242;-2-ethanesulfonic acid]</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H3375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A8022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chlorophenol red-galactopyranoside (CPRG)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>59767</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-glucuronide (X-Gluc)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B8174</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5-bromo-6-chloro-3 indolylcaprylate (magenta caprylate)&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>53451</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5-Bromo-4-chloro-myo-inositol phosphate (X-InP)&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>38896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes, polystyrene 100mm by 15 mm</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flat bed scanner</td>
			<td>Various</td>
			<td></td>
			<td>Xerox USB scanner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImageJ software</td>
			<td>National Institutes of Health</td>
			<td></td>
			<td>http://rsb.info.nih.gov/ij/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

colorimetric paper-based detection of escherichia coli, salmonella spp., and listeria monocytogenes from large volumes of agricultural water

Bu protokol, tarımsal sularının büyük hacimli Escherichia coli, Salmonella spp. Ve Listeria monocytogenes hızlı kolorimetrik tespitini (10 L) da açıklamaktadır. Burada su bakteri konsantre, plastik bir kartuş içine basit bir ağ filtre oluşur steril Modifiye Moore Swabs (MMS), süzülür. Süzüldükten sonra, hedef bakteriler için seçici olmayan ya da seçici bir zenginleşme MMS gerçekleştirilir. Hedef bakteri kolorimetrik tespiti için, zenginleşmesi sonra bakteri işaret eden alt-tabakalar ile gömülü kağıt bazlı analitik cihazlar (μPADs) kullanılarak deneye tabi tutulur. Her bir alt-tabaka üzerinde görsel μPAD (kalitatif tespiti) tespit edilebilir renkli ürünler üreten, hedef gösterge bakteryel enzimler ile reaksiyona girer. Alternatif olarak, reaksiyona μPADs dijital görüntüler ortak tarama ve çekim cihazları ile ve oluşturulan ImageJ yazılımı al kullanılarak analiz edilebilirsonuçlar daha objektif ve standart yorumlanması için lowing. Biyokimyasal tarama işlemleri yukarıda bahsedilen bakteriyel patojenler belirlemek için tasarlanmış olsa da, enzimler, arka mikrobiyota veya kolorimetrik alt-tabakaların bozulması tarafından üretilen bazı durumlarda yanlış pozitif üretebilir. Bu nedenle, daha ayrımcı teşhis kullanılarak teyit gereklidir. Bununla birlikte, bu bakteriyel konsantrasyon ve algılama platformu bir ilk tarama yöntemi olarak kullanılmasını haklı, (konsantrasyon, zenginleştirme ve algılama yaklaşık 24 saat içinde yapılır), ucuz (0,1 CFU / ml tespit sınırı) duyarlı, gerçekleştirmek kolay ve hızlıdır Tarımsal su mikrobiyolojik kalitesi için.

Bu protokolde tarif edildiği gibi, MMS kullanarak bakteri konsantrasyonu (Şekil 1), yaklaşık 15-20 dakika içinde yapılabilir. Iki ayrı bileşenleri, akrilonitril butadien stiren (ABS) &#39;den meydana in MMS; silindirik bir tülbent çubuk içine sokulduğu entegre bir mil kasnağı montajı (Şekil 1A) ile her ikisi de, bir kapak ve bir kartuş. Her iki bileşen de daha sonra birlikte MMS (Şekil 1 B) oluşturan vidalanır. MMS-tabanlı işleme alan ortamlarda y...

Watch this Scientific Journal Video about Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water at JoVE.com

Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water

A protocol involving integrated concentration, enrichment, and end-point colorimetric detection of foodborne pathogens in large volumes of agricultural water is presented here. Water is filtered through Modified Moore Swabs (MMS), enriched with selective or non-selective media, and detection is performed using paper-based analytical devices (&#181;PAD) imbedded with bacterial-indicative colorimetric substrates.

Kolorimetrik Algılama Paper-based<em&gt; Escherichia coli</em&gt;<em&gt; Salmonella</em&gt; Spp. Ve<em&gt; Listeria monocytogenes</em&gt; Tarım Su geniş hacimli

This protocol describes rapid colorimetric detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from large volumes (10 L) of ...

colorimetric-paper-based-detection-escherichia-coli-salmonella-spp

Research

JoVE Journal

Environment

Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water

14.3K Görüntüleme.  University of Wyoming. A protocol involving integrated concentration, enrichment, and end-point colorimetric detection of foodborne pathogens in large volumes of agricultural water is presented here. Water is filtered through Modified Moore Swabs (MMS), enriched with selective or non-selective media, and detection is performed using paper-based analytical devices (µPAD) imbedded with bacterial-indicative colorimetric substrates.

Video: Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water

Laboratory-determined Phosphorus Flux from Lake Sediments as a Measure of Internal Phosphorus Loading

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) loading from lake sediments can account for a substantial portion of the total P load in eutrophic, and some mesotrophic, lakes. Laboratory determination of P release rates from sediment cores is one approach for determining the role of internal P loading and guiding management decisions. Two principal alternatives to experimental determination of sediment P release exist for estimating internal load: in situ measurements of changes in hypolimnetic P over time and P mass balance. The experimental approach using laboratory-based sediment incubations to quantify internal P load is a direct method, making it a valuable tool for lake management and restoration.
Laboratory incubations of sediment cores can help determine the relative importance of internal vs. external P loads, as well as be used to answer a variety of lake management and research questions. We illustrate the use of sediment core incubations to assess the effectiveness of an aluminum sulfate (alum) treatment for reducing sediment P release. Other research questions that can be investigated using this approach include the effects of sediment resuspension and bioturbation on P release.
The approach also has limitations. Assumptions must be made with respect to: extrapolating results from sediment cores to the entire lake; deciding over what time periods to measure nutrient release; and addressing possible core tube artifacts. A comprehensive dissolved oxygen monitoring strategy to assess temporal and spatial redox status in the lake provides greater confidence in annual P loads estimated from sediment core incubations.

Lake eutrophication is a water quality issue worldwide, making the need to identify and control nutrient sources critical. Laboratory determination of phosphorus release rates from sediment cores is a valuable approach for determining the role of internal phosphorus loading and guiding management decisions.

Göl tortulları Laboratuvar belirlenen Fosfor Flux İç Fosfor Yükleniyor bir tedbir olarak

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) ...

Çevre

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the biogeochemical drivers of climate change and to the development and evaluation of GHG mitigation strategies based on modulation of landscape management practices. The static chamber-based method described here is based on trapping gases emitted from the soil surface within a chamber and collecting samples from the chamber headspace at regular intervals for analysis by gas chromatography. Change in gas concentration over time is used to calculate flux. This method can be utilized to measure landscape-based flux of carbon dioxide, nitrous oxide, and methane, and to estimate differences between treatments or explore system dynamics over seasons or years. Infrastructure requirements are modest, but a comprehensive experimental design is essential. This method is easily deployed in the field, conforms to established guidelines, and produces data suitable to large-scale GHG emissions studies.

This article showcases the static chamber-based method for measurement of greenhouse gas flux from soil systems. With relatively modest infrastructure investments, measurements may be obtained from multiple treatments/locations and over timeframes ranging from hours to years.

Statik Chambers kullanma Tarım Topraklarının Sera Gazı Flux Ölçümü

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. Part III. Virus Detection by RT-qPCR

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a standardized method for use in multiple analytical laboratories during monitoring period 3 of the Unregulated Contaminant Monitoring Rule. Herein we present the protocol for extraction of viral ribonucleic acid (RNA) from water sample concentrates and for quantitatively measuring enterovirus and norovirus concentrations using reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR). Virus concentrations for the molecular assay are calculated in terms of genomic copies of viral RNA per liter based upon a standard curve. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. The method has been evaluated by examining virus recovery from ground and reagent grade waters seeded with poliovirus type 3 and murine norovirus as a surrogate for human noroviruses. Mean poliovirus recoveries were 20% in groundwaters and 44% in reagent grade water. Mean murine norovirus recoveries with the RT-qPCR assay were 30% in groundwaters and 4% in reagent grade water.

Here we present a procedure to quantify enterovirus and norovirus in environmental and drinking waters using reverse transcription-quantitative PCR. Mean virus recovery from groundwater with this standardized procedure from EPA Method 1615 was 20% for poliovirus and 30% for murine norovirus.

Enterovirüs Kültür ve RT-qPCR Su Norovirus Oluşum EPA Method 1615 Ölçümü. Bölüm III. RT-qPCR Virüs Algılama

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a ...

A Duplex Digital PCR Assay for Simultaneous Quantification of the Enterococcus spp. and the Human Fecal-associated HF183 Marker in Waters

This manuscript describes a duplex digital PCR assay (EntHF183 dPCR) for simultaneous quantification of Enterococcus spp. and the human fecal-associated HF183 marker. The EntHF183 duplex dPCR (referred as EntHF183 dPCR hereon) assay uses the same primer and probe sequences as its published individual quantitative PCR (qPCR) counterparts. Likewise, the same water filtration and DNA extraction procedures as performed prior to qPCR are followed prior to running dPCR. However, the duplex dPCR assay has several advantages over the qPCR assays. Most important, the dPCR assay eliminates the need for running a standard curve and hence, the associated bias and variability, by direct quantification of its targets. In addition, while duplexing (i.e. simultaneous quantification) Enterococcus and HF183 in qPCR often leads to severe underestimation of the less abundant target in a sample, dPCR provides consistent quantification of both targets, whether quantified individually or simultaneously in the same reaction. The dPCR assay is also able to tolerate PCR inhibitor concentrations that are one to two orders of magnitude higher than those tolerated by qPCR. These advantages make the EntHF183 dPCR assay particularly attractive because it simultaneously provides accurate and repeatable information on both general and human-associated fecal contamination in environmental waters without the need to run two separate qPCR assays. Despite its advantages over qPCR, the upper quantification limit of the dPCR assay with currently available instrumentation is approximately four orders of magnitude lower than that achievable by qPCR. Consequently, dilution is needed for measurement of high concentrations of target organisms such as those typically observed following sewage spills.

A Duplex Digital PCR Assay for Simultaneous Quantification of the Enterococcus spp. and the Human Fecal-associated HF183 Marker in Waters

This manuscript describes a duplex digital PCR assay that can be used to simultaneously quantify Enterococcus spp. and the HF183 genetic markers as indicators of general and human-associated fecal contamination in recreational waters.

Eşzamanlı Niceleme için Dubleks Dijital PCR Testi<em&gt; Enterococcus spp.</em&gt; Ve Waters İnsan Fekal ilişkili HF183 Marker

This manuscript describes a duplex digital PCR assay (EntHF183 dPCR) for simultaneous quantification of Enterococcus spp. and the human fecal-associated ...

Characterization and Application of Passive Samplers for Monitoring of Pesticides in Water

Five different water passive samplers were calibrated under laboratory conditions for measurement of 124 legacy and current used pesticides. This study provides a protocol for the passive sampler preparation, calibration, extraction method and instrumental analysis. Sampling rates (RS) and passive sampler-water partition coefficients (KPW) were calculated for silicone rubber, polar organic chemical integrative sampler POCIS-A, POCIS-B, SDB-RPS and C18 disk. The uptake of the selected compounds depended on their physicochemical properties, i.e., silicone rubber showed a better uptake for more hydrophobic compounds (log octanol-water partition coefficient (KOW) &#62; 5.3), whereas POCIS-A, POCIS-B and SDB-RPS disk were more suitable for hydrophilic compounds (log KOW &#60; 0.70).

A protocol about the characterization and application of five different passive sampling devices is presented.

Suda Pestisitlerin İzleme Karakterizasyonu ve Pasif Numune Uygulama

Five different water passive samplers were calibrated under laboratory conditions for measurement of 124 legacy and current used pesticides. This study ...

Continuous Instream Monitoring of Nutrients and Sediment in Agricultural Watersheds

Pollutant concentrations and loads in watersheds vary considerably with time and space. Accurate and timely information on the magnitude of pollutants in water resources is a prerequisite for understanding the drivers of the pollutant loads and for making informed water resource management decisions. The commonly used &#34;grab sampling&#34; method provides the concentrations of pollutants at the time of sampling (i.e., a snapshot concentration) and may under- or overpredict the pollutant concentrations and loads. Continuous monitoring of nutrients and sediment has recently received more attention due to advances in computing, sensing technology, and storage devices. This protocol demonstrates the use of sensors, sondes, and instrumentation to continuously monitor in situ nitrate, ammonium, turbidity, pH, conductivity, temperature, and dissolved oxygen (DO) and to calculate the loads from two streams (ditches) in two agricultural watersheds. With the proper calibration, maintenance, and operation of sensors and sondes, good water quality data can be obtained by overcoming challenging conditions such as fouling and debris buildup. The method can also be used in watersheds of various sizes and characterized by agricultural, forested, and/or urban land.

With the advancement of technology and the rise in end-user expectations, the need and use of higher temporal resolution data for pollutant load estimation has increased. This protocol describes a method for continuous in situ water quality monitoring to obtain higher temporal resolution data for informed water resource management decisions.

Besin ve tortu tarım havza içinde sürekli Instream izleme

Pollutant concentrations and loads in watersheds vary considerably with time and space. Accurate and timely information on the magnitude of pollutants in ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonate (CaCO3) profiles. The objective is to describe a simple conceptual model and detailed protocol for repeatable field and laboratory measurements of these quantities. Here, accurate elevation is measured using a ground-based differential global positioning system (GPS); other data acquisition methods could be applied to the same basic method. Soil samples are collected from prescribed depth intervals and analyzed in the lab using an efficient and precise modified pressure-calcimeter method for quantitative analysis of inorganic carbon concentration. Standard statistical methods are applied to point data, and representative results show significant correlations between changes in soil surface layer CaCO3 and changes in elevation consistent with the conceptual model; CaCO3 generally decreased in depositional areas and increased in erosional areas. Maps are derived from point measurements of elevation and soil CaCO3 to aid analyses. A map of erosional and depositional patterns at the study site, a rain-fed winter wheat field cropped in alternating wheat-fallow strips, shows the interacting effects of water and wind erosion affected by management and topography. Alternative sampling methods and depth intervals are discussed and recommended for future work relating soil erosion and deposition to soil CaCO3.

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonates. Repeatable methods for field and laboratory measurements of these quantities and data analysis methods are described here.

Ölçme ve toprak erozyon ve toprak karbonat konsantrasyonları tarım Yönetimi'nin altında ilgili ifade eşleme

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Capturing Flow-weighted Water and Suspended Particulates from Agricultural Canals During Drainage Events

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage discharge events. Farm canals can be enriched by nutrients such as phosphorus (P) that are susceptible to transport. Phosphorus in the form of suspended particulates can significantly contribute to the overall P loads in drainage water. A settling tank experiment was conducted to capture suspended particulates during discrete drainage events. Farm canal discharge water was collected in a series of two 200 L settling tanks over the entire duration of the drainage event, so as to represent a composite subsample of the water being discharged. Imhoff settling cones are ultimately used to settle out the suspended particulates. This is achieved by siphoning water from the settling tanks via the cones. The particulates are then collected for physico-chemical analyses.

Nutrients present in particulate form can contribute significantly to the overall loads in agricultural drainage waters. This study describes a novel method to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canal drainage over the entire duration of the drainage event.

Su akışı ağırlıklı ve tarım kanallar üzerinden askıya alınan parçacıklar drenaj olaylar sırasında yakalama

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage ...

Continuous Hydrologic and Water Quality Monitoring of Vernal Ponds

Vernal ponds, also referred to as vernal pools, provide critical ecosystem services and habitat for a variety of threatened and endangered species. However, they are vulnerable parts of the landscapes that are often poorly understood and understudied. Land use and management practices, as well as climate change are thought to be a contribution to the global amphibian decline. However, more research is needed to understand the extent of these impacts. Here, we present methodology for characterizing a vernal pond's morphology and detail a monitoring station that can be used to collect water quantity and quality data over the duration of a vernal pond's hydroperiod. We provide methodology for how to conduct field surveys to characterize the morphology and develop stage-storage curves for a vernal pond. Additionally, we provide methodology for monitoring the water level, temperature, pH, oxidation-reduction potential, dissolved oxygen, and electrical conductivity of water in a vernal pond, as well as monitoring rainfall data. This information can be used to better quantify the ecosystem services that vernal ponds provide and the impacts of anthropogenic activities on their ability to provide these services.

Understanding the ecosystem services and processes provided by vernal ponds and the impacts of anthropogenic activities on their ability to provide these services requires intensive hydrologic monitoring. This sampling protocol using in-situ monitoring equipment was developed to understand the impact of anthropogenic activities on water levels and quality.

Sürekli hidrolojik ve su kalitesi Vernal havuz izleme

Vernal ponds, also referred to as vernal pools, provide critical ecosystem services and habitat for a variety of threatened and endangered species. ...

Specific and Accurate Detection of the Citrus Greening Pathogen Candidatus liberibacter spp. Using Conventional PCR on Citrus Leaf Tissue Samples

Citrus greening, also known as huanglongbing, is a destructive citrus disease ravaging citrus farms globally. This disease causes asymmetrical yellow leaf mottling, vein yellowing, defoliation, root decay, and ultimately, the death of the citrus plant. When infected, the citrus plants have stunted growth and produce flowers out of season. These flowers rarely yield fruit, and those that do yield small, bitter, irregularly shaped citrus fruit that are not desirable. This disease is spread by the Asian citrus psyllid, Diaphorina citri, and by the grafting of infected citrus tissue. The pathogen has a long and variable incubation period within the citrus plant&#8212;sometimes years, before symptoms appear. Attempts to culture this pathogen in vitro have been unsuccessful, possibly due to the low and uneven concentration of the pathogen within infected citrus tissue, or because it is difficult to replicate the environmental conditions conducive to growth of the pathogen. It is very difficult to identify the disease before it has spread, due to its long incubation period and researchers&#39; inability to culture the pathogen. As a result, the disease only becomes apparent after suddenly destroying a citrus farmer&#39;s entire yield. Presented here is a method for the accurate and specific detection of the citrus greening pathogen, Candidatus liberibacter spp. using a genomic DNA extraction kit and PCR. This method is simple, efficient, cost effective, and adaptable for quantitative analysis. This method can be adapted for use on any citrus tissue; however, it is potentially limited by the amount of pathogen present in the tissue. Nevertheless, this method will allow citrus farmers to identify infected citrus plants earlier, and curb the spread of this destructive disease before it can further spread.

Specific and Accurate Detection of the Citrus Greening Pathogen Candidatus liberibacter  spp. Using Conventional PCR on Citrus Leaf Tissue Samples

Citrus Greening is a particularly destructive disease affecting citrus crops globally. Presented here is a simple method using PCR and genomic DNA extraction of citrus leaf tissue for the accurate and precise identification of the citrus greening pathogen, Candidatus liberibacter spp.

Belirli ve narenciye Greening patojen olan liberibacter spp. kullanma geleneksel PCR narenciye yaprak doku örnekleri üzerinde doğru tespiti

Citrus greening, also known as huanglongbing, is a destructive citrus disease ravaging citrus farms globally. This disease causes asymmetrical yellow leaf ...