Metabolomik veri analizi, birçok özel yazılım aracından yararlanan çok adımlı bir süreçtir. Bu veri analizi, veri işleme ve kalite kontrol, istatistiksel analiz ve biyolojik veri yorumlama olmak üzere üç ana adıma ayrılabilir. Bu protokolde açıklanan araçlar, analizde ikinci adımı etkinleştirmek için tasarlanmıştır.
Son on yılda, gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi ve sıvı kromatografisi-kütle spektrometrisi gibi analitik teknolojilerdeki ilerlemeler nedeniyle metabolomik, anomik bilim olarak ortaya çıkmıştır. Bu teknikler, karmaşık çok boyutlu veri kümeleri oluşturan yüzlerce ila binlerce küçük molekül metabolitinin eşzamanlı ölçümlerine izin verir. Metabolomik veri analizi, yol tabanlı zenginleştirme yaklaşımları için çeşitli zorluklar sunar.
İlk olarak, önemli sayıda metabolit metabolik yollara eşlenemez. Ayrıca, sekonder ve lipid metabolizmasının yol kapsamı yeterli değildir. Bu nedenle, verilerin biyolojik olarak yorumlanması için alternatif yaklaşımlara ihtiyaç duyulmaktadır.
Veriye dayalı ağ analizi teknikleri, metabolomik veriler için bilgiye dayalı yol zenginleştirme analiziyle ilgili zorlukların üstesinden gelmeye yardımcı olabilir. Örneğin, korelasyon ağları hem bilinen hem de bilinmeyen metabolitler arasındaki ilişkilerin türetilmesine yardımcı olabilir ve böylece bilinmeyenlerin açıklamalarını kolaylaştırabilir.
