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社区从细菌菌落中提取 DNA

Overview

资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学
演示作者: 路易莎 Ikner

在土壤中的微生物群落分析的传统方法通常涉及或者文化的检测,利用稀释和电镀的选择性和差别的介质或直接计数检测方法。直接计数提供信息的存在,细菌总数,但给没有数量或本社区内的种群多样性的信息。平板计数允许枚举的共有文化或选定的文化群体,并因此提供信息,不同的人群存在。然而,由于少于 1%的土壤细菌容易培养,文化信息提供只有一张图片。可以培养社区的实际分数取决于选择的介质为文化计数。任何单一的媒介将选择最适合于该特定的媒介的人口。

近年来,学习社区从土壤样品中提取的 DNA 的优势日益明显。这种基于非培养方法被认为是更能代表实际的社区目前比文化为基础的办法。这种方法未来提供有关类型的人口信息,,还可以提供关于其遗传潜力。任何技术,有可与 DNA 提取的数据的局限性。因此,许多研究人员现在 DNA 提取结合使用直接和文化计数,最大限度地获得环境样品的数据。

Procedure

1.细菌群落 DNA 提取

  1. 开始执行程序,称出筛土 100 克。将它添加到聚丙烯的船只,并添加 100 毫升的提取缓冲液组成的修正与 EDTA 促进释放细菌从土壤基质,然后用手抖三缓冲区。
  2. 接下来,重 100 克的玻璃珠,并将它们添加到混合容器。鼓动样本 5 分钟使用珠打设备或机械的手腕动作振动筛 15 分钟添加 10 毫升 20%十二烷基硫酸钠,或 SDS,到混合物,然后鼓动额外的分钟。孵化在 60 ?...

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Application and Summary

从社区 DNA 培养殖民地或提取土壤可以遭受生物信息学和"经济"的方式,使其为表征的内部的样品的原始细菌。经济方法包括宏基因组学 — —"谁"的测定是通过 16S rRNA 序列社区内。这给出估计内社区的多样性。

此外可以计算原始土壤样品中的细菌细胞数目。社区 DNA 是从土壤中提取和量化的光谱分析。DNA 微克 DNA 每毫升溶液作为衡量估计的量被相关回的溶液中提取的 DNA 给 DNA...

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Tags
Bacterial Community DNA ExtractionMicrobial CommunitiesSoil BacteriaNon culture Based ApproachDNA Quality And QuantityBacterial DiversityFractionation MethodBlendingCentrifugationLysozymes

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1:18

Principles of Bacterial Community DNA Extraction

3:48

Bacterial Community DNA Extraction

7:35

Applications

9:32

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