מקור: מעבדות של ד"ר איאן פפר וד"ר צ'ארלס גרבה - אוניברסיטת אריזונה
הפגנה סופרת: לואיזה איקנר

שיטות ניתוח מסורתיות עבור קהילות מיקרוביות בתוך קרקעות כללו בדרך כלל בדיקות תרבותיות המשתמשות במתודולוגיית דילול ו ציפוי על מדיה סלקטיבית ודיפרנציאלית או בדיקות ספירה ישירות. ספירות ישירות מציעות מידע על המספר הכולל של החיידקים הקיימים, אך לא נותנות מידע על מספר האוכלוסיות הקיימות בקהילה או על מגווןן. ספירת הלוחות מאפשרת ספירה של אוכלוסיות תרבותיות או נבחרות מוחלטות, ולכן מספקות מידע על האוכלוסיות השונות הקיימות. עם זאת, מאז פחות מ 1% של חיידקי הקרקע הם culturable בקלות, מידע תרבותי מציע רק חלק מהתמונה. החלק האמיתי של הקהילה שניתן לתרבות תלוי במדיום שנבחר לספירה תרבותית. כל מדיום יחיד יבחר עבור האוכלוסיות המתאימות ביותר למדיום המסוים הזה.

בשנים האחרונות ניכרו היתרונות של חקר הדנ"א הקהילתי המופק מדגימות קרקע. גישה זו המבוססת על תרבות נחשבת לייצוגית יותר של הקהילה עצמה מאשר גישות המבוססות על תרבות. בנוסף למתן מידע על סוגי האוכלוסיות הקיימות, גישה זו יכולה גם לספק מידע על הפוטנציאל הגנטי שלהם. כמו בכל טכניקה, יש מגבלות על הנתונים שניתן להשיג עם מיצוי DNA. לכן, חוקרים רבים משתמשים כעת בהפקת DNA בשילוב עם ספירות ישירות ותרבותיות כדי למקסם את הנתונים המתקבלים מדגימה סביבתית.