Estrazione del DNA di comunità da colonie batteriche

Fonte: Laboratori del Dr. Ian Pepper e del Dr. Charles Gerba - Università dell'Arizona
Autore dimostrativo: Luisa Ikner

I metodi tradizionali di analisi per le comunità microbiche all'interno dei suoli hanno solitamente coinvolto saggi culturali che utilizzano la metodologia di diluizione e placcatura su mezzi selettivi e differenziali o saggi di conteggio diretto. I conteggi diretti offrono informazioni sul numero totale di batteri presenti, ma non forniscono informazioni sul numero o sulla diversità delle popolazioni presenti all'interno della comunità. I conteggi delle piastre consentono l'enumerazione delle popolazioni culturali totali o selezionate e quindi forniscono informazioni sulle diverse popolazioni presenti. Tuttavia, poiché meno dell'1% dei batteri del suolo sono facilmente coltivabili, le informazioni culturali offrono solo una parte del quadro. La frazione effettiva della comunità che può essere coltivata dipende dal mezzo scelto per i conteggi culturali. Ogni singolo mezzo selezionerà per le popolazioni che sono più adatte a quel particolare mezzo.

Negli ultimi anni, i vantaggi di studiare il DNA della comunità estratto da campioni di suolo sono diventati evidenti. Si ritiene che questo approccio non basato sulla cultura sia più rappresentativo della comunità reale presente rispetto agli approcci basati sulla cultura. Oltre a fornire informazioni sui tipi di popolazioni presenti, questo approccio può anche fornire informazioni sul loro potenziale genetico. Come con qualsiasi tecnica, ci sono limitazioni ai dati che possono essere ottenuti con l'estrazione del DNA. Pertanto, molti ricercatori ora utilizzano l'estrazione del DNA in combinazione con conteggi diretti e culturali per massimizzare i dati ottenuti da un campione ambientale.