Name: global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform
Uploaded: 2009-08-10T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform at JoVE.com

<p class="jove_title"> Parte 1: marcaje fluorescente de cDNA </p><p class="jove_content"> El tinte Cy3 utilizados en el experimento de microarrays es sensible a la foto-degradación. El procedimiento debe llevarse a cabo en una mínima cantidad de luz. El protocolo de etiquetado es una adaptación del sistema Array CGH BioPrime Etiquetado Genómica Manual <sup>1.</sup> </p><ol><li> Los reactivos para la reacción de marcaje se almacenan a -20 ° C. Desde el CGH array BioPrime Genómica sistema de etiquetado descongelar 2,5 veces el tampón Prim...

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System Manual</em>. , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Roche NimbleGen Arrays User's Guide for Gene Expression Analysis</em>. , (2008).</li></ol>

<p class="jove_content"> Muchos protocolos de microarrays, incluyendo el que se detalla aquí, utilice colorantes fluorescentes como un medio de medir y cuantificar la hibridación. El tinte fluorescente Cy3 es sensible a la foto y la degradación de la capa de ozono. Se recomienda que el procedimiento se llevó a cabo en un mínimo de iluminación. Además, las pequeñas partículas de polvo pueden interferir con la hibridación y la exploración. Se debe prestar especial atención a asegurarse de que el área de trabajo esté limpia y libre d...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Array Microcentrifuge Dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ISC Bioexpress</td>
<td>C-1303-T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BioPrime Array CGH Genomic Labeling System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>18095-011</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cyanine 3-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NEL576</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcon YM-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>42411</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Array Processing Accessories</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223539001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223474001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Hybridization System 4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223652001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NimbleGen Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223504001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>X1 Mixers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche NimbleGen</td>
<td>5223725001</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

global gene expression analysis using a zebrafish oligonucleotide microarray platform

<p class="jove_content">Gen la tecnología de microarrays permite la medición cuantitativa y perfiles de expresión génica de los niveles de transcripción en forma todo el genoma. Gen la tecnología de microarrays se utiliza en numerosas disciplinas biológicas en una variedad de aplicaciones, incluyendo el análisis global de la expresión génica en relación con la etapa de desarrollo, a un estado de enfermedad, y en las respuestas tóxicas. En este documento, se incluye una demostración de un análisis global de la expresión génica utilizando una amplia pez cebra-específicas de la plataforma de microarrays de oligonucleótidos. La expresión de pez cebra plataforma de microarrays contiene 385.000 sondas, 60 pares de bases de longitud, interrogando a 37.157 blancos con hasta 12 sondas por objetivo. Para esta plataforma, toda la información genómica y de cDNA para el pez cebra se obtuvieron de diversas bases de datos genómicas incluyendo Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu), y ZFIN (http://www.zfin.org). Como resultado de esta gama de expresión ofrece una cobertura completa de la transcriptome pez cebra actual. Los microarrays de expresión pez cebra fue impreso por Roche NimbleGen (Madison, WI). Esta demostración técnica incluye el marcaje fluorescente de un producto de cDNA, hibridación de los productos etiquetados cDNA a la plataforma de microarray y análisis de matriz para la adquisición de señales mediante la estrategia de un solo color el análisis.</p>

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Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

<p class="jove_content">Microarrays de genes son herramientas poderosas en el perfil de expresión génica a nivel de todo el genoma. Esta tecnología tiene aplicación en una variedad de disciplinas biológicas como la biología del desarrollo y la toxicología. En este video, se detalla un protocolo para el análisis global de la expresión génica utilizando microarrays de oligonucleótidos de una plataforma completa para el pez cebra.</p>

Gene mundial y Análisis de Expresión utilizando una plataforma de microarrays de oligonucleótidos de pez cebra

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Gen bacteriano y Análisis de Expresión El uso de microarrays

Investigación

Biología

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La preparación de cultivos primarios de células hematopoyéticas de la médula ósea murina por electroporación

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RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

Aislamiento del ARN de síntesis embrionarias pez cebra y el cDNA de análisis de expresión génica

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Utilizando el sistema de electroporación Gene Emisores MXcell para transfectar células primarias con alta eficiencia

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El uso de un contador de células automatizado para simplificar estudios de expresión génica: siRNA Derribo de IL-4 la expresión génica en células dependientes Namalwa

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