Name: a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna
Uploaded: 2009-12-02T15:46:00
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プールの設計とオリゴ回復<ol><li>最初のステップは、検討するのpre - mRNAのプールを設計することです。これは、UCSCゲノムブラウザを使用して、特定の遺伝子、スプライスジャンクショ​​ン、またはその他のテーマをダウンロードし実行することができます。 </li><li>興味のあるウィンドウを選択したら、計算上、次の条件を使用してそれらの間のタイル：長さを読み取るには、各オリゴは...

プールのその作成を覚えてこの手順を、その重要を行うときには、RNAまたはタンパク質のレベルのいずれかで柔軟性があり、変更に開いています。 RNAレベルでオルソロガス地域、病気の変異、多型、またはランダム突然変異はオリゴヌクレオチド配列を導入することができる。タンパク質レベルでのRNA結合因子は、リン酸化または他の翻訳後修飾によって変更することができます。また、束...

a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna

RNA結合タンパク質との共免疫沈降（CO - IP）は、その結合位置を示すことによってスプライシングの我々の理解を増加していることをRNAをシーケンシングすることは、しばしばスプライシング因子の機能に影響を与えます。しかし、任意のサンプリングの戦略と同様にスプライシング因子に結合したRNAを識別するためのチャンスは、その細胞が豊富に比例する。我々は、pre - mRNAのそうでなければ、一時的に結合特異性を調査するためのin vitroでのアプローチで小説を開発している。このアプローチは、イントロン、エクソン、スプライスジャンクショ​​ン、またはpre - mRNAの他の間のタイルその特別に設計されたオリゴヌクレオチドのプールを利用しています。プールは、分子の選択のいくつかの種類に供される。ここでは、バインドおよび非バインド画分にオリゴヌクレオチドを​​分離することによって方法を示し、結合画分中の各オリゴヌクレオチドの濃縮を記録するには、2つの色の配列の戦略をたてて行う。配列データは、配列特異的および構造のpre - mRNAに結合リボ核タンパク質（RNP）のdeterminates識別する能力と高解像度のマップを生成します。プールは特別に設計されたとのpre - mRNAの配列から合成されるこの方法に固有の利点は、現在のIPとSELEX技術に関連するmRNAに向かって、サンプリングバイアスを避けるためにできることです。実験者は、個々のニーズにプールに仕立て、全体の研究やタイルにどの地域を選択するので、オリゴヌクレオチドプールの柔軟性は別の利点です。このテクニックを使用して、一つはアッセイ大規模に結合または機能的なスプライシングレポーターにライブラリのクローンを作成し、付属の画分に濃縮されているオリゴヌクレオチドを​​識別する上で多型または変異の影響をすることができます。 in vitroでの高解像度のマッピングスキームでこの小説は、低濃度生体技術の現在と一緒に勉強するためにそれらを困難にする一時的なpre - mRNAの種、とRNP相互作用を研究するユニークな方法を提供します。

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A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

pre - mRNAの一過性の性質のため、それは分離が困難になると勉強することができます<em&gt; in vivoで</em&gt;。ここで、我々は、小説を提示<em&gt; in vitroで</empre - mRNAの選択された地域間のタイル、合成オリゴプールを使用してRNA -タンパク質相互作用を調査する&gt;アプローチ。

ヒトmRNA前駆体上にマッピングリボ核の迅速なハイスループット法（RNPS）

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

グローバルS. cerevisiaeの細胞小器官の形態を研究するためにハイスループット法

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

生物学

A High-Throughput Method For Zebrafish Sperm Cryopreservation and In Vitro Fertilization

A High-Throughput Method For Zebrafish Sperm Cryopreservation and In Vitro Fertilization

ゼブラフィッシュ精子の凍結保存用ハイスループット法とインビトロ受精

This is a method for zebrafish sperm cryopreservation that is an adaptation of the Harvey method (Harvey et al., 1982).  We have introduced two changes to ...

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

アイスキャップ：成長させる方法シロイヌナズナ</emハイスループットジェノタイピング用96ウェルプレートで>とトマト

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping ...

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

脂質Bicelle法を用いた膜タンパク質のハイスループット結晶化

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

Mapping the After-effects of Theta Burst Stimulation on the Human Auditory Cortex with Functional Imaging

機能イメージングによるヒト聴覚皮質上のシータバースト刺激の後遺症のマッピング

Auditory cortex pertains to the processing of sound, which is at the basis of speech or music-related processing1. However, despite considerable recent ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

自動化を使用して染色体のハイスループット物理マッピング<em&gt;その場で</em&gt;ハイブリダイゼーション

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

内脂肪量の生化学的および高スループット微視的評価<em&gt;線虫（Caenorhabditis elegans）</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

ハイスループットシーケンシングのための高品質クロマチン免疫沈降DNAテンプレート（チップ-SEQ）の生成

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

A High-throughput Method for Measurement of Glomerular Filtration Rate in Conscious Mice

意識マウスにおける糸球体濾過率の測定のためのハイスループット法

The measurement of  glomerular filtration rate (GFR) is the gold standard in kidney function  assessment. Currently, investigators determine GFR by ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

ウニ​​接合体のハイスループットマイクロインジェクション

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...