Name: a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna
Uploaded: 2009-12-02T15:46:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA at JoVE.com

Дизайн бассейна и олиго восстановления <ol><li> Первый шаг заключается в разработке пре-мРНК бассейн предстоит изучить. Это может быть сделано с помощью браузера УСК геноме и загрузку определенных генов, сращивания переходы, или других областей, представляющих интерес. </li><li> После окон с...

При выполнении этой процедуры его важно помнить, что создание пула гибкими и открытыми для модификации либо на РНК или белка. На уровне РНК ортологичных регионах, болезнь мутаций, полиморфизмов, или случайные мутации могут быть введены в олигонуклеотидные последовательности. На уровн?...

a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna

Секвенирование РНК, которые совместно иммунопреципитации (со-IP) с РНК связывающих белков увеличилась наше понимание сплайсинга, продемонстрировав, что обязательным месте часто влияет на функции сращивания фактор. Однако, как и любая стратегия выборки шанс выявления РНК связаны с фактором сплайсинга пропорциональна его сотовый изобилии. Мы разработали новый подход в пробирке для съемки специфичность связывания по иным переходных пре-мРНК. Этот подход использует специально разработанные олигонуклеотидных пула, плитки по интроны, экзоны, сращивание переходов, или другие пре-мРНК. Бассейн подвергается какой-то молекулярной селекции. Здесь мы демонстрируем метод, разделив олигонуклеотида в связанные и несвязанные фракции и использовать два цвета массива стратегии для записи обогащение каждый нуклеотид в связанной фракции. Массив данных генерирует высокое разрешение карты с возможностью определить последовательности конкретных и структурных determinates из рибонуклеопротеидных (RNP) обязательны для пре-мРНК. Уникальное преимущество этого метода состоит в его способности, чтобы избежать предвзятого отношения к выборки мРНК связано с текущими IP и SELEX технике, как бассейн, специально разработаны и синтезированы из пре-мРНК последовательности. Гибкость олигонуклеотидных бассейн является еще одним преимуществом поскольку экспериментатор выбирает, какие регионы для изучения и плитки в поперечнике, пошив бассейн с их индивидуальными потребностями. Используя эту технику, можно анализе эффектов полиморфизма или мутаций на обязательными для крупных размерах или клон библиотеки в функциональном репортер сплайсинга и определить, что олигонуклеотиды обогащены включены фракции. Этот роман в пробирке с высоким разрешением схема отображения представляет собой уникальный способ изучения RNP взаимодействия с преходящими пре-мРНК видов, которых низкое содержание затрудняет их изучение с действующим в естественных методов.

Watch this Scientific Journal Video about A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA at JoVE.com

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

Из-за переходного характера пре-мРНК, это может быть трудно выделить и изучать<em&gt; В естественных условиях</em&gt;. Здесь мы представляем роман<em&gt; В пробирке</em&gt; Подход к исследованию РНК-белковых взаимодействий использованием синтетических бассейн олиго, что плитки через отдельных регионах пре-мРНК.

Быстрое высокой пропускной метод картирования рибонуклеопротеиды (мяРНП) по правам пре-мРНК

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

Высокой пропускной метод глобально исследования морфологии органелл в CEREVISIAE С.

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

A High-Throughput Method For Zebrafish Sperm Cryopreservation and In Vitro Fertilization

A High-Throughput Method For Zebrafish Sperm Cryopreservation and In Vitro Fertilization

Высокая пропускная метод для криоконсервации спермы и данио рерио In Vitro Оплодотворение

This is a method for zebrafish sperm cryopreservation that is an adaptation of the Harvey method (Harvey et al., 1982).  We have introduced two changes to ...

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

Ice-Кап: метод выращивания Arabidopsis И томатов в 96-луночных планшетах для высокопроизводительного генотипирования

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping ...

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

Высокая пропускная способность кристаллизации мембранных белков, используя метод липидный Bicelle

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

Mapping the After-effects of Theta Burst Stimulation on the Human Auditory Cortex with Functional Imaging

Сопоставление После эффектов Theta всплеск раздражения на человека слуховой коры с функциональной визуализации

Auditory cortex pertains to the processing of sound, which is at the basis of speech or music-related processing1. However, despite considerable recent ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

Высокая пропускная способность физического картирования хромосом использованием автоматизированных<em&gt; На месте</em&gt; Гибридизация

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

Биохимические и высокая пропускная способность Микроскопическая оценка жировой массы в<em&gt; Caenorhabditis Элеганс</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Генерация высших шаблона ДНК хроматина Качество Иммунопреципитация для высокопроизводительного секвенирования (чип-след)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

A High-throughput Method for Measurement of Glomerular Filtration Rate in Conscious Mice

Высокая пропускная метод измерения скорости клубочковой фильтрации в сознании Мыши

The measurement of  glomerular filtration rate (GFR) is the gold standard in kidney function  assessment. Currently, investigators determine GFR by ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

Высокая пропускная Микроинъекции из морского ежа зиготы

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...