Name: a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna
Uploaded: 2009-12-02T15:46:00
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Piscina de diseño y recuperación de oligo <ol><li> El primer paso es el diseño de la piscina pre-mRNA en estudio. Esto se puede hacer uso de la UCSC Genome Browser y la descarga de determinados genes, los cruces de empalme, o otras áreas de interés. </li><li> Una vez que las ventanas de interés han sido seleccionados, el azulejo a través de ellos computacional usando las siguientes condiciones: longitud lectura debe ser de 30 nucleótidos con una superposición de 10 nucleótidos, por lo tanto, cada oligo se de...

Al realizar este procedimiento es importante recordar que la creación de la piscina es flexible y abierto a modificaciones, ya sea en el ARN o la proteína. A nivel del ARN orthologous regiones, las mutaciones de la enfermedad, los polimorfismos o mutaciones aleatorias pueden ser introducidos en la secuencia de oligonucleótidos. En el nivel de proteína del factor de unión a ARN pueden ser modificados por fosforilación u otras modificaciones post-traduccional. Además, el medio ambiente de unión puede ser manipulad...

a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna

Secuenciación ARN que co-immunoprecipitate (co-IP) con las proteínas de unión a ARN ha aumentado nuestra comprensión de empalme mediante la demostración de que la ubicación de unión a menudo influye en la función de un factor de empalme. Sin embargo, como con cualquier estrategia de muestreo la posibilidad de identificar un ARN unido a un factor de empalme es proporcional a su abundancia celular. Hemos desarrollado un nuevo enfoque in vitro para la topografía especificidad de unión de otra manera transitoria pre-mRNA. Además, utiliza un conjunto específicamente diseñado oligonucleótidos que los azulejos a través de los intrones, exones, los cruces de empalme, o pre-mRNA. La piscina está sometido a algún tipo de selección molecular. Este sentido, demuestran el método por el que separa el oligonucleótido en una fracción unido y sin unir y utilizar una estrategia de dos colores matriz para registrar el enriquecimiento de cada oligonucleótido en la fracción unida. El conjunto de datos genera mapas de alta resolución con la capacidad de identificar la secuencia específica y estructurales determinantes de la ribonucleoproteína (RNP) de la unión de pre-mRNA. Una ventaja única de este método es su capacidad para evitar el sesgo de muestreo hacia el ARNm relacionados con IP y técnicas actuales SELEX, ya que la piscina está específicamente diseñado y sintetizado a partir de la secuencia pre-mRNA. La flexibilidad de la piscina de oligonucleótidos es otra ventaja, ya que el investigador elige qué regiones de estudio y el azulejo en todo, la adaptación de la piscina para sus necesidades individuales. Usando esta técnica, se puede ensayo de los efectos de los polimorfismos o mutaciones en la unión a gran escala o la clonación de la biblioteca en un reportero de empalme funcionales e identificar los oligonucleótidos que se enriquecen en la fracción incluidos. Esta novela in vitro de alta resolución esquema de mapeo ofrece una forma única para estudiar las interacciones con RNP transitoria pre-ARNm especies, cuya baja abundancia hace difícil su estudio con las actuales técnicas in vivo.

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A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

Debido a la naturaleza transitoria de la pre-ARNm, que pueden ser difíciles de aislar y estudiar<em&gt; In vivo</em&gt;. A continuación, presentamos una novela<em&gt; In vitro</emEnfoque&gt; para investigar las interacciones proteína-ARN utilizando un oligo piscina sintéticos que los azulejos de todas las regiones seleccionadas de pre-mRNA.

Un rápido de alto rendimiento para el método de asignación de Ribonucleoproteínas (RNP) de Derechos Humanos pre-mRNA

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

Un método de alto rendimiento a nivel mundial para estudiar la morfología orgánulo en S. cerevisiae

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

Investigación

Biología

A High-Throughput Method For Zebrafish Sperm Cryopreservation and In Vitro Fertilization

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Un método de alto rendimiento para la crioconservación de esperma de pez cebra y In Vitro Fertilización

This is a method for zebrafish sperm cryopreservation that is an adaptation of the Harvey method (Harvey et al., 1982).  We have introduced two changes to ...

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

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Capa de hielo: Un método para el cultivo Arabidopsis Y plantas de tomate en las placas de 96 pocillos de alto rendimiento para genotipado

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping ...

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

De alto rendimiento de cristalización de proteínas de membrana Utilizando el Método lipídico Bicelle

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

Mapping the After-effects of Theta Burst Stimulation on the Human Auditory Cortex with Functional Imaging

Mapeo de las secuelas de la theta ráfaga de estimulación sobre la corteza auditiva humana con imágenes funcionales

Auditory cortex pertains to the processing of sound, which is at the basis of speech or music-related processing1. However, despite considerable recent ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

De alto rendimiento mapeo físico de cromosomas utilizando automatizado<em&gt; In situ</em&gt; La hibridación

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

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Bioquímica y de Evaluación de Rendimiento microscópica de masa grasa en<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Generación de Plantilla ADN Immunoprecipitation cromatina alta calidad para la secuenciación de alto rendimiento (chip-ss)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

A High-throughput Method for Measurement of Glomerular Filtration Rate in Conscious Mice

Un método de alto rendimiento para la medición de la tasa de filtración glomerular en ratones conscientes

The measurement of  glomerular filtration rate (GFR) is the gold standard in kidney function  assessment. Currently, investigators determine GFR by ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

High Throughput microinyecciones de Sea Urchin cigotos

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...