Name: tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects
Uploaded: 2010-03-16T16:30:00
Duration: 15 min 25 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

Это исследование было поддержано Национальным научным фондом (DBI 0227541).

<ol>
	<li>Brewer, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+controlled+vocabulary+and+software+application+to+analyze+fruit+shape+variation+in+tomato+and+other+plant+species.">Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species.</a> Plant Physiol. 141 (1), 15-25 (2006).</li><li>Gonzalo, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+Fruit+Shape+Analysis+Using+Morphometric+and+Morphology+Attributes+Implemented+in+Tomato+Analyzer+Software+Program.">Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 134 (1), 77-87 (2009).</li><li>Darrigues, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+analyzer-color+test:+A+new+tool+for+efficient+digital+phenotyping.">Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 133 (4), 579-586 (2008).</li><li>Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+variation+in+tomato:+a+comprehensive+study+of+quantitative+trait+loci+controlling+fruit+shape+and+development.">Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development.</a> J Exp Bot. 58 (6), 1339-1349 (2007).</li><li>Gonzalo, M. J., Knaap, E. v. a. n. d. e. r. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparative+analysis+into+the+genetic+bases+of+morphology+in+tomato+varieties+exhibiting+elongated+fruit+shape.">A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape.</a> Theor Appl Genet. 116 (5), 647-656 (2008).</li><li>Rodr&#237;guez, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+SUN,+OVATE+and+FAS+in+the+tomato+germplasm+and+their+effect+on+fruit+morphology+(in+preparation.">Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation.</a> , .</li><li>Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Masters Thesis. , (2009).</li><li>Orsi, C. H., Tanksley, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+an+ABC+transporter+gene+associated+with+seed+size+evolution+in+tomato+species.">Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species.</a> PLoS Genet. 5 (1), e1000347-e1000347 (2009).</li><li>Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+quantitative+trait+loci+(QTL)+controlling+seed+morphology+and+disk+diameter+in+sunflower+(Helianthus+annuus+L).">Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L).</a> Helia. 32, 17-35 (2009).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theoretical+Basis+for+Separation+of+Multiple+Linked+Gene+Effects+in+Mapping+Quantitative+Trait+Loci.">Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (23), 10972-10976 (1993).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Mapping+of+Quantitative+Trait+Loci.">Precision Mapping of Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 136 (4), 1457-1468 (1994).</li><li>Jiang, C. J., Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Trait+Analysis+of+Genetic-Mapping+for+Quantitative+Trait+Loci.">Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 140 (3), 1111-1127 (1995).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.). , 47-47 (1996).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.). , 51-51 (2001).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stony+endocarp+dimension+and+shape+variation+in+Prunus+section+Prunus.">Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus.</a> Annals of Botany. 100 (7), 1585-1597 (2007).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+combined+morphometric+and+AFLP+based+diversity+study+challenges+the+taxonomy+of+the+European+members+of+the+complex+Prunus+L.+section+Prunus.+.">A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. .</a> Plant systematics and evolution. 279 (1-4), 219-231 (2009).</li><li>Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+retrotransposon-mediated+gene+duplication+underlies+morphological+variation+of+tomato+fruit.">A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit.</a> Science. 319 (5869), 1527-1530 (2008).</li></ol>

Высокая пропускная способность и точной оценки морфологии растений органа и цвета очень трудно из-за его количественный характер и часто субъективны количественной оценке. TA предоставляет объективные и точные измерения из нескольких фруктов морфологические и колориметрические черты высокой пропускной способностью и полуавтоматические образом. Полезность Т.А. была продемонстрирована в исследованиях, которые привели к идентификации томатный фрукты форму QTL 2,4,5. Кроме того, классификация cultivars6 и таксономии группы видов были оценены с использованием выхода TA 15,16. Высокая экспрессия томатный фрукты форма гена ВС приводит к удлиненной 17 плодов. Использование Т.А., листьев и семядолей форма была определена в линии, экспрессирующие ВС на высоком уровне 7, демонстрируя, что приложение может быть эффективно использован для измерения морфологии других органов растения, а также. Кроме того, Т. был критически важным в определении генетической основе величины семян в томатном и подсолнечника 8,9. Наконец, модуль цветовой тест реализован в ТА более точной и достоверной, и дешевле, чем другие методы для анализа фруктов цвет помидоров. Таким образом, Т. стал ключевым инструментом для объективной и достоверной оценки морфологии и цветовых вариаций органов растений.

tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects

Измерение морфологии плодов и цвет черты овощных и плодовых культур в объективных и воспроизводимых пути имеет важное значение для подробного фенотипический анализ этих признаков. Томатный Analyzer (TA) это программное обеспечение, что меры, 37 атрибутов, связанных с двумерной формы в полуавтоматическом и воспроизводимым образом 1,2. Многие из этих атрибутов, таких как углы при дистальных и проксимальных концах фруктов и областей отступа, с трудом поддаются количественному вручную. Атрибуты из десяти категорий в рамках программ: Основные измерения, индекс Фрукты Shape, квадратиков, однородность, проксимальная форма Конец фрукты, Дистальная форма Конец фрукты, асимметрии, внутренние Эксцентриситет, Широтная секции и морфометрия. Последняя категория не требует ни знаний, ни до заданной понятия формы атрибутов, так морфометрического анализа предлагает объективный вариант, который может быть лучше адаптирована к высокой пропускной анализов чем атрибут анализа. ТП также предлагает применение цветовой тест, который был предназначен для сбора цветовых измерений из отсканированных изображений и позволяет выполнять сканирование устройств для калибровки с помощью цвета стандартов 3. Т. предлагает несколько вариантов для экспорта и анализа формы атрибут, морфометрических и цвет данных. Данные могут быть экспортированы в файл Excel в пакетном режиме (более 100 изображений в одно время) или экспортированы в качестве отдельных изображений. Пользователь может выбирать между выходом, который отображает среднее для каждого атрибута для объектов в каждом изображении (в том числе стандартное отклонение), или выход, который отображает значения атрибутов для каждого объекта на изображении. Т. А. был ценным и эффективным инструментом для indentifying и подтверждения томатный фрукты форму Количественные Loci признака (QTL), а также выполнять углубленный анализ влияния ключевых фруктов формы генов морфологии растений. Кроме того, Т. могут быть использованы для объективной классификации фруктов в различных категориях формы. Наконец, форма плодов и цвет черты у других видов оборудования, а также других органов растения, такие как листья и семена могут быть оценены с ТП.

Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

Томатный Analyzer (ТА) количественные признаки двумерные формы и цвета в воспроизводимым и точным образом. Шаг за шагом процедуры получения высокого качества изображения оцифрованы томатного фрукты, морфологические и цвет анализ этих образов и несколько приложений, использующих данные, получаемые от этого программного обеспечения описаны.

Томатный Analyzer: Полезные Прикладное программное обеспечение для сбора точной и подробной Морфологические и колориметрических данных из двумерных объектов

Measuring fruit morphology and color traits of vegetable and fruit crops in an objective and reproducible way is important for detailed phenotypic ...

Research

JoVE Journal

Biology

Assessing Two-dimensional Crystallization Trials of Small Membrane Proteins for Structural Biology Studies by Electron Crystallography

Оценка Двумерные Кристаллизация Испытания малых мембранных белков для структурных исследований биологии электронным кристаллографии

Electron crystallography has evolved as a method that can be used either alternatively or in combination with three-dimensional crystallization and X-ray ...

Optical Scatter Microscopy Based on Two-Dimensional Gabor Filters

Оптическая микроскопия Scatter на основе двумерных фильтров Габора

We demonstrate a microscopic instrument that can measure subcellular texture arising from organelle morphology and organization within unstained living ...

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Сортировка<em&gt; Streptomyces</em&gt; Сотовые Пеллеты Использование сложного объекта Параметрический Analyzer и сортировщик

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

Высокая пропускная анализ изображений опухолевых сфероидов: Программное обеспечение удобное приложение для измерения размера сфероидов автоматически и точно

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

Workflow для высокого содержания, отдельная клетка количественной флуоресцентных маркеров из Всеобщей микроскоп данных, поддерживаемые ПО с открытым кодом

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

A Method for Selecting Structure-switching Aptamers Applied to a Colorimetric Gold Nanoparticle Assay

Способ выбора Структура переключения Аптамеры Применительно к колориметрическим наночастиц золота Пробирной

Small molecules provide rich targets for biosensing applications due to their physiological implications as biomarkers of various aspects of human health ...

Dry Root Rot Disease Assays in Chickpea: a Detailed Methodology

Сухой корень Rot болезни анализы в Chickpea: Подробная методология

Dry root rot (DRR) disease is an emerging biotic stress threat to chickpea cultivation around the world. It is caused by a soil-borne fungal pathogen, ...

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

Выделение высококачественных предсердных и желудочковых миоцитов мышей для одновременного измерения переходных процессов Ca2+ и кальциевого тока L-типа

Mouse models play a crucial role in arrhythmia research and allow studying key mechanisms of arrhythmogenesis including altered ion channel function and ...

Cryo-Structured Illumination Microscopic Data Collection from Cryogenically Preserved Cells

Криоструктурированное освещение Микроскопический сбор данных из криогенно сохраненных клеток

Three-dimensional (3D) structured illumination microscopy (SIM) allows imaging of fluorescently labelled cellular structures at higher resolution than ...

Using Real-Time Cell Metabolic Flux Analyzer to Monitor Osteoblast Bioenergetics

Использование анализатора метаболического потока клеток в реальном времени для мониторинга биоэнергетики остеобластов

Bone formation by osteoblasts is an essential process for proper bone acquisition and bone turnover to maintain skeletal homeostasis, and ultimately, ...