Name: laser microdissection applied to gene expression profiling of subset of cells from the drosophila wing disc
Uploaded: 2010-04-30T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc at JoVE.com

著者は、profを感謝。キアラカンパネッラとコンピテンスのアムラセンター、レーザーmicrodissectorの使用とそれらを提供するためのナポリフェデリコIIの大学、ナポリ、イタリア、、と3Dアニメーションの寛大な助けのためのMRヴィンチェンツォVicidomini。

パート1。特定とローカライズRNAiのを受けるショウジョウバエ成虫ウィングディスクの調製。 生体物質として、GAL4/UASシステム1によりローカライズと特定遺伝子サイレンシングにさらさトランスジェニック幼虫から得ショウジョウバエ成虫ウィングディスクを使わ。 GAL4ドライバ、第二UASレスポンダを運ぶOne：この幼虫子孫は2親系統が関与遺伝クロス...

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	<li>Elliott, D. A., Brand, A. H., Dahmann, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+GAL4+System+A+Versatile+System+for+the+Expression+of+Gene.">The GAL4 System A Versatile System for the Expression of Gene.</a> , (2008).</li><li>Klein, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wing+disc+development+in+the+fly:+the+early+stages.+.">Wing disc development in the fly: the early stages. .</a> Current Opinion in Genetics &#38; Development. 11, 470-475 (2001).</li><li>Dietzl, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+transgenic+RNAi+library+for+conditional+gene+inactivation+in+Drosophila.">A genome-wide transgenic RNAi library for conditional gene inactivation in Drosophila.</a> Nature. 448, 151-U1-151-U1 (2007).</li><li>Martin, F. A., Morata, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compartments+and+the+control+of+growth+in+the+Drosophila+wing+imaginal+disc.">Compartments and the control of growth in the Drosophila wing imaginal disc.</a> Development. 133, 4421-4426 (2006).</li><li>Tabata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetics+of+morphogen+gradients.">Genetics of morphogen gradients.</a> Nature Reviews Genetics. 2, 620-630 (2001).</li><li>Moreno, E. &. a. m. p. ;. a. m. p., Basler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=dMyc+transforms+cells+into+super-competitors.">dMyc transforms cells into super-competitors.</a> Cell. 117, 117-129 (2004).</li></ol>

unsilenced翼ディスクの前部/後部コンパートメントで達成されたそれらの基底レベルの発現量を基準にして、選択された遺伝子のXの活動は、サイレンシング時に40％に減少が見出された。対照的に、その推定ターゲット（遺伝子Y）のいずれかで、私たちはそれが否定的に遺伝子Xによって規制されているという仮説を検証するためにつながる、（7倍 - 増）が大幅にアップレギュレートを発見さ?...

株を飛ぶショウジョウバエUAS -サイレンシングラインはVDRCのRNAiコレクション2から取得することができます。 GAL4 -ドライバの行のコレクションはブルーミントンショウジョウバエストックセンター（インディアナ州、米国）から入手できます。 機器必要な機器は、レーザーmicrodissector（ライカLMD6000）、コールターマイクロ22R（ベックマン）、PCR（マイサイクラーBIO - RAD）、リアルタイムPCR（BIO - RAD iQ5）が含まれます。 ツール必要なツールが含まれます：ガラス井戸、ブラシ、マイクロダイセクション鉗子、ハンギングドロップスライド、注射針、PET膜、プラスチックチューブ（50ミリリットル、05ミリリットル、0.25 ml）を持つ金属製のフレームにマウントされている昆虫ピンを。

laser microdissection applied to gene expression profiling of subset of cells from the drosophila wing disc

組織の均質性は、ダウンストリームの解析を犠牲にすること、生体試料から生成することができる情報量の制限要因であることが証明されている。多くの組織内に存在する複雑で動的な細胞の関連を考えると、 生体の相互作用における徹底的な分子分析を再現するために、ひとつは、ネイティブのコンテキスト内で特定の細胞集団を分析することができなければなりません。レーザーを介したマイクロダイセクションでは、分子整合性を維持しながら、直接顕微鏡可視化の下で目的の細胞が明確に識別し、成功した収穫を可能にする、この目標を達成することができます。規模の大小、成長制御、細胞分化や器官形成を研究するために有利なモデルシステムを表す開発ショウジョウバエの翅のディスク、の定義の領域内の遺伝子発現を分析するためにこの技術を適用している。幼虫成虫ディスクは、早期に系統限定の境界によって前部と後部、背側と腹側の区画に分割されています。誘導GAL4 - UASバイナリ発現系を利用して、これらの区画の各々が特異的トランスジェニックで標識することができる構築GAL4 -ドライバ適切なの制御下にUAS - GFP遺伝子を発現するハエ。トランスジェニックディスクでは、細胞の離散部分集合の遺伝子発現プロファイリングは正確にレーザーカットを導くために蛍光GFPのシグナルを使用して、レーザーを介したマイクロダイセクションの後に決定することができます。 下流の様々なアプリケーションの中で、我々は、ローカライズされたRNA干渉（RNAi）の後にRNA転写物プロファイリングに焦点を当てた。 RNAi技術の出現により、GFP標識は、特定の遺伝子サイレンシングに離散的細胞集団の転写応答を決めるかもできるように、与えられた遺伝子のローカライズされたノックダウンと組み合わせて使用​​することができます。このアプローチを検証するために、我々は（GFPの発現で標識された）後からディスクに相当する領域を解剖し、それ以外の場合は遍在的に発現する遺伝子のP区画の地域サイレンシング時に前方（非標識）コンパートメント。 RNAは、マイクロダイセクション沈黙とunsilencedエリアと定量的リアルタイムRT - PCRによって決定される比較の遺伝子発現プロファイリングから抽出した。我々はこの方法が効果的にショウジョウバエ成虫のディスク内の細胞のサブセットの正確なトランスクリプトームに適用できることを示している。 RNAの源として巨大なディスクの準備が一般に細胞の均質性を前提としながら、実際、、それが転写発現は、位置情報の結果では、これらの構造の中で大きく変化することはよく知られています。レーザーカットを導くためにローカライズされた蛍光GFPのシグナルを使用して、より正確な転写解析を実施し、収益性の高い、ネイティブのコンテキスト内の異なる細胞系譜の転写産物プロファイリングなど、複数の異なるアプリケーションに適用することができる。

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Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc

レーザーマイクロダイセクションは、ローカライズされたRNAi実験に供ショウジョウバエの翅のディスクの特定のコンパートメントでの遺伝子発現プロファイリングの解析に適用した<em&gt; in vivoで</em&gt;。沈黙とunsilencedコンパートメントのと同等の領域から抽出したRNAは、ネイティブ組織のミクロ生態学のコンテキスト内での比較遺伝子発現プロファイルを決定する定量的RT - PCRにより解析した。

から細胞のサブセットの遺伝子発現プロファイリングへの応用レーザーマイクロダイセクションショウジョウバエウィングディスク

Heterogeneous nature of tissues has proven to be a limiting factor in the amount of information that can be generated from biological samples, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Laser Microdissection Applied to Gene Expression Profiling of Subset of Cells from the Drosophila Wing Disc

Laser Capture Microdissection of Mammalian Tissue

哺乳動物の組織のレーザーキャプチャーマイクロダイセクション

Laser capture microscopy, also known as laser microdissection (LMD), enables the user to isolate small numbers of cells or tissues from frozen or ...

生物学

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

エレクトロポレーションのためのマウス骨髄からの一次造血細胞培養の準備

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

高効率で初代培養細胞をトランスフェクトするためにジーンパルサーMXcellのエレクトロポレーションシステムの使用

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

ナマルバ細胞におけるIL - 4依存性遺伝子発現のsiRNAのノックダウン：遺伝子発現研究を簡素化する自動化セルカウンターの使い方

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

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The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of ...

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アクティブT.の試験管内再構成でcastaneumのテロメラーゼ

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

からのタグ付き核の親和性に基づく分離<em&gt;ショウジョウバエ</em遺伝子発現解析のための&gt;組織

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene ...

Analysis of Global RNA Synthesis at the Single Cell Level following Hypoxia

低酸素症後単一細胞レベルでのグローバルのRNA合成の分析

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a ...

siRNA Screening to Identify Ubiquitin and Ubiquitin-like System Regulators of Biological Pathways in Cultured Mammalian Cells

培養哺乳動物細胞内の生物学的経路のユビキチンおよびユビキチン様システムレギュレータを識別するために、siRNAのスクリーニング

Post-translational modification of proteins with ubiquitin and ubiquitin-like molecules (UBLs) is emerging as a dynamic cellular signaling network that ...

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

Measurement of Metabolic Rate in Drosophila using Respirometry

代謝率の測定に<em&gt;ショウジョウバエ</em&gt;呼吸計測を使用した

Metabolic disorders are a frequent problem affecting human health. Therefore, understanding the mechanisms that regulate metabolism is a crucial ...