Name: video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> تم تطوير هذا الأسلوب ممكنا بفضل تمويل من كاليفورنيا ذات الصلة بالتبغ برنامج بحوث الأمراض ، ومعهد كاليفورنيا للطب التجديدي ، وجبهة الخلاص الوطني منحة IGERT المعلوماتية الحيوية على الفيديو (# 0903667) في UCR ( <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr .edu / IGERT / أنشئ حسابا</a> ). معتمد من قبل سابرينا لين زمالة أطروحة من شعبة الدراسات العليا ، ويدعم من قبل شون Forteno زمالة مارك المعاهد الوطنية للصحة ، وذلك بدعم من قبل ساتيش Shruthi زمالة قسم الدراسات العليا. ونحن ممتنون لTrtchounian آنا لمساعدتها على إعداد الأرقام. ونحن نشكر أيضا وسام Alworth Jastromb نيد ليعلمنا كيفية استخدام البرنامج CL - كوانت. </p>

<p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> الجزء 1 : الإجراءات التجريبية </p><p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> بيانات الفيديو تحتوي على وفرة من المعلومات. بيد أن هذه المعلومات غالبا ما يكون من الصعب استخراج وعندما يتم يدويا من قبل البشر ، وربما تتطلب ساعات طويلة من وقت الموظفين لإكمال. تحليل مختصر عن البشر يخضع ...

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> الفيديو أدوات المعلوماتية الحيوية هي قوية لاستخراج البيانات بسرعة من صور الفيديو. بروتوكول لدينا لقياس النمو hESC مستعمرة يوضح تطبيق واحد من الفيديو المعلوماتية الحيوية لمشكلة بيولوجية. هذا الأسلوب الكمي ويحتوي على ميزة مثيرة للاهتمام لكشف البيانات من المستعمرات hESC...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Stem Cell Technologies</td>
<td>05850</td>
<td>or any suitable medium for hESC culture.</td>
</tr>
<tr>
<td>BD Matrigel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Bioscience</td>
<td>356234</td>
<td>or other suitable substrate.</td>
</tr>
<tr>
<td>DMEM/F12 Basal Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11330-032</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline without Ca<sup>2+</sup> and Mg<sup>2+</sup></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Accutase Enzyme Cell Detachment Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>eBioscience</td>
<td>00-4555-56</td>
<td>or other suitable detachment enzyme.</td>
</tr>
<tr>
<td>3mm Glass beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>11-312A</td>
<td>optional.</td>
</tr>
<tr>
<td>12-well Tissue Culture Plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Falcon</td>
<td>353043</td>
<td>or any other plate format.</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon BioStation CT/IM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or other incubator/microscope suitable for collecting video data.</td>
</tr>
<tr>
<td>CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth

<p class="jove_content">لأن بيانات الفيديو معقدة وتتكون من العديد من الصور والمعلومات من مواد التعدين الفيديو هو من الصعب القيام به دون مساعدة من برامج الكمبيوتر. الفيديو المعلوماتية الحيوية هي طريقة فعالة لاستخراج الكمية المكانية والزمانية البيانات من صور الفيديو باستخدام برامج الحاسوب لتنفيذ التعدين وتاريخها والتحليل. في هذه المقالة ، ونحن نقدم طريقة الفيديو المعلوماتية الحيوية لقياس نمو الخلايا الجذعية الجنينية البشرية (hESC) عن طريق تحليل الوقت الفاصل بين أشرطة الفيديو التي تم جمعها في حاضنة نيكون CT BioStation مزودة كاميرا لتصوير الفيديو. في تجاربنا ، تم تصويره hESC المستعمرات التي كانت تعلق على Matrigel لمدة 48 ساعة في BioStation CT. لتحديد معدل نمو هذه المستعمرات ، وضعت وصفات باستخدام CL - كوانت البرمجيات التي تمكن المستخدمين من استخراج أنواع مختلفة من البيانات من صور الفيديو. لتقييم دقيق نمو مستعمرة ، أنشئت ثلاث وصفات. قياس أول صورة مجزأة الى مستعمرة والخلفية ، والثاني تعزيز صورة لتعريف المستعمرات في جميع أنحاء تسلسل الفيديو بدقة ، وثالثة لعدد البكسل في المستعمرة مع مرور الوقت. تم تشغيل وصفات ثلاثة في تسلسل على بيانات الفيديو التي تم جمعها في CT BioStation لتحليل معدل نمو المستعمرات hESC الفردية أكثر من 48 ساعة. للتحقق من صحة الوصفات CL - كوانت ، تم تحليل البيانات يدويا باستخدام نفس برنامج أدوبي فوتوشوب. وكانت النتائج التي تم الحصول عليها عندما تكون البيانات وصفات باستخدام CL - كوانت وقورنت فوتوشوب ، متطابقة تقريبا ، مما يدل على وصفات CL - كوانت كانوا صادقين. ويمكن تطبيق هذا الأسلوب هو موضح هنا إلى أية بيانات الفيديو لقياس معدلات نمو hESC أو الخلايا الأخرى التي تنمو في المستعمرات. بالإضافة ، يمكن وضع وصفات أخرى الفيديو المعلوماتية الحيوية في المستقبل لعمليات خلية أخرى مثل الهجرة ، وموت الخلايا المبرمج ، والتصاق الخلية.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth (Video) | JoVE

<p class="jove_content">الفيديو المعلوماتية الحيوية هو التجهيز الآلي ، والتحليل ، والفهم ، واستخراج البيانات من البيانات المكانية والزمانية لالبيولوجي المستخرج من أشرطة الفيديو المجهرية. الغرض من هذه المقالة هو لشرح طريقة لقياس الخلايا الجذعية الجنينية البشرية نمو مستعمرة المعلوماتية الحيوية باستخدام طريقة الفيديو.</p>

الفيديو المعلوماتية الحيوية تحليل النمو البشري الخلية الجذعية الجنينية كولوني

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Research

JoVE Journal

Biology

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin.

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin. (Video) | JoVE

الأشكال الركض الجذعية الجنينية البشرية خلية خطوط مع التربسين

In this video we demonstrate how our lab routinely passages HuES human embryonic stem cell lines with trypsin.  Human embryonic stem cells are artifacts ...

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells (Video) | JoVE

انتشار الخلايا الجنينية البشرية (ES) الجذعية

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells (Video) | JoVE

اشتقاق خلايا الجذعية المكونة للدم من الفئران خلايا الجذعية الجنينية

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery (Video) | JoVE

اشتقاق الخلايا الجذعية الجنينية البشرية التي Immunosurgery

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells (Video) | JoVE

مناعي لونين من الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells (Video) | JoVE

الثقافة والمحافظة على الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (Video) | JoVE

العزلة وتوقعات بنمو كبير من الكبار الإنسان خلايا غشائي السلف تشكيل مستعمرة

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (ECFCs)

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells MSCs and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells ECFCs (Video) | JoVE

العزلة والحيوان التوسع الحرة المصل الحبل السري الإنسان المستمدة الخلايا اللحمية الوسيطة (MSCS) وغشائي خلايا مستعمرة السلف التشكيل (ECFCs)

The umbilical cord is a rich source for progenitor cells with high proliferative potential including mesenchymal stromal cells (also termed mesenchymal ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells (Video) | JoVE

تجميد والذوبان الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors (Video) | JoVE

تمايز الخلايا الجذعية الجنينية في السلائف Oligodendrocyte

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...