Name: video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

<p class="jove_content"> कैलिफोर्निया तंबाकू से संबंधित रोग अनुसंधान कार्यक्रम, पुनर्योजी चिकित्सा के लिए कैलिफोर्निया इंस्टीट्यूट, और NSF IGERT अनुदान वीडियो बायोइनफॉरमैटिक्स पर (0903667 #) पर UCR (धन से इस पद्धति का विकास संभव बनाया गया था <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr IGERT .edu / / index.php</a> ). सबरीना लिन स्नातक डिवीजन से एक निबंध फैलोशिप द्वारा समर्थित है, शॉन Forteno एक NIH मार्क फैलोशिप द्वारा समर्थित है, और Shruthi सतीश एक स्नातक डिवीजन फैलोशिप द्वारा समर्थित है. हम उसकी मदद के लिए आंकड़े तैयारी अन्ना Trtchounian के लिए आभारी हैं. हम भी कैसे सी.एल. - बल्ली से ढकेलना सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए हमें शिक्षण के लिए सैम Alworth और नेड Jastromb धन्यवाद. </p>

<p class="jove_title"> भाग 1: प्रायोगिक प्रक्रिया </p><p class="jove_content"> वीडियो डेटा जानकारी के एक बहुतायत होते हैं. हालांकि, इस जानकारी को अक्सर निकालने के लिए मुश्किल है और जब मनुष्य द्वारा मैन्युअल रूप से किया है और कर्मियों समय के कई ?...

<p class="jove_content"> वीडियो जैव सूचना विज्ञान उपकरण तेजी से वीडियो छवियों से डेटा निकालने के लिए शक्तिशाली हैं. HESC कॉलोनी विकास बढ़ाता के लिए हमारी प्रोटोकॉल एक जैविक समस्या वीडियो जैव सूचना विज्ञान के एक आवेदन को दर्शात?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Stem Cell Technologies</td>
<td>05850</td>
<td>or any suitable medium for hESC culture.</td>
</tr>
<tr>
<td>BD Matrigel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Bioscience</td>
<td>356234</td>
<td>or other suitable substrate.</td>
</tr>
<tr>
<td>DMEM/F12 Basal Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11330-032</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline without Ca<sup>2+</sup> and Mg<sup>2+</sup></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Accutase Enzyme Cell Detachment Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>eBioscience</td>
<td>00-4555-56</td>
<td>or other suitable detachment enzyme.</td>
</tr>
<tr>
<td>3mm Glass beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>11-312A</td>
<td>optional.</td>
</tr>
<tr>
<td>12-well Tissue Culture Plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Falcon</td>
<td>353043</td>
<td>or any other plate format.</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon BioStation CT/IM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or other incubator/microscope suitable for collecting video data.</td>
</tr>
<tr>
<td>CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth

<p class="jove_content">क्योंकि वीडियो डेटा जटिल कर रहे हैं और कई छवियों, वीडियो सामग्री से खनन जानकारी के शामिल मुश्किल है कंप्यूटर सॉफ्टवेयर की सहायता के बिना नहीं है. वीडियो जैव सूचना विज्ञान कंप्यूटर सॉफ्टवेयर का उपयोग करने के लिए डेटिंग खनन और विश्लेषण प्रदर्शन वीडियो छवियों से spatio-अस्थायी डेटा को निकालने के लिए एक शक्तिशाली मात्रात्मक दृष्टिकोण है. इस अनुच्छेद में, हम समय चूक वीडियो Nikon BioStation सीटी वीडियो इमेजिंग के लिए एक कैमरा के साथ सुसज्जित इनक्यूबेटर में एकत्र का विश्लेषण करके मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (hESC) के विकास को बढ़ाता करने के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान विधि का परिचय. हमारे प्रयोगों में, hESC कालोनियों कि Matrigel से जुड़े थे BioStation सीटी में 48 घंटे के लिए फिल्माया गया. इन कालोनियों के विकास की दर निर्धारित करने के लिए, व्यंजनों सीएल-क्वांट सॉफ्टवेयर है जो उपयोगकर्ताओं को वीडियो छवियों से डेटा के विभिन्न प्रकार को निकालने के लिए सक्षम बनाता का उपयोग कर विकसित किया गया. सही कॉलोनी विकास का मूल्यांकन करने के लिए, तीन व्यंजनों बनाया गया. पहले कॉलोनी और पृष्ठभूमि, दूसरा बढ़ाया छवि वीडियो अनुक्रम भर कालोनियों सही परिभाषित, और तीसरे में खंडों छवि पिक्सेल की संख्या समय के साथ कॉलोनी में मापा. तीन व्यंजनों वीडियो व्यक्तिगत hESC कालोनियों के 48 घंटे से अधिक विकास की दर का विश्लेषण करने के लिए एक BioStation सीटी में एकत्र आंकड़ों पर अनुक्रम में चलाए जा रहे थे. सी.एल. क्वांट व्यंजनों की सत्यवादिता की पुष्टि करने के लिए, एक ही डेटा मैन्युअल रूप से विश्लेषण किया गया Adobe Photoshop सॉफ्टवेयर का उपयोग कर. जब डेटा प्राप्त सीएल - बल्ली से ढकेलना व्यंजनों का उपयोग कर और Photoshop की तुलना में थे, परिणाम लगभग समान थे, यह दर्शाता है सीएल - बल्ली से ढकेलना व्यंजनों सच्चा थे. विधि यहाँ वर्णित किसी भी वीडियो डेटा hESC या अन्य कोशिकाओं है कि कालोनियों में बढ़ने की विकास दर को मापने के लिए लागू किया जा सकता है. इसके अलावा, अन्य वीडियो जैव सूचना विज्ञान व्यंजनों अन्य प्रक्रियाओं के लिए सेल प्रवास, apoptosis, और कोशिका आसंजन के रूप में भविष्य में विकसित किया जा सकता है.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

<p class="jove_content">वीडियो जैव सूचना विज्ञान स्वचालित प्रसंस्करण, विश्लेषण, समझ, और जैविक spatio-अस्थायी सूक्ष्म वीडियो से निकाले डेटा का डाटा खनन है. इस अनुच्छेद के प्रयोजन के लिए एक वीडियो जैव सूचना विज्ञान पद्धति का उपयोग करके मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास को मापने के लिए एक विधि का प्रदर्शन है.</p>

वीडियो मानव भ्रूण स्टेम सेल कॉलोनी विकास के विश्लेषण बायोइनफॉरमैटिक्स

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Research

JoVE Journal

Biology

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin.

Passaging hues मानव भ्रूणीय स्टेम trypsin के साथ सेल लाइनों

In this video we demonstrate how our lab routinely passages HuES human embryonic stem cell lines with trypsin.  Human embryonic stem cells are artifacts ...

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (ते) के प्रचार - प्रसार

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Murine भ्रूण स्टेम कोशिकाओं से hematopoietic स्टेम सेल की व्युत्पत्ति

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं के Immunosurgery द्वारा व्युत्पत्ति

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं से chromatin immunoprecipitation

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

संस्कृति और मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं के रखरखाव

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

अलगाव और वयस्क मानव Endothelial कालोनी बनाने पूर्वपुस्र्ष कोशिकाओं के बड़े पैमाने पर विस्तार

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (ECFCs)

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells MSCs and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells ECFCs

अलगाव पशु और मानव नाल की रस्सी के सीरम फ्री विस्तार Mesenchymal stromal कक्ष (MSCs) और Endothelial कालोनी बनाने के पूर्वपुस्र्ष कोशिकाओं (ECFCs) व्युत्पन्न

The umbilical cord is a rich source for progenitor cells with high proliferative potential including mesenchymal stromal cells (also termed mesenchymal ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं को ठंड और विगलन

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

भ्रूण स्टेम कोशिकाओं के Oligodendrocyte व्यापारियों में भेदभाव

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...