Name: video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

<p class="jove_content"> 이 방법의 개발은 캘리포니아 담배 관련 질병 연구 프로그램, UCR에서 비디오 생물 정보학에서 재생 의학에 대해 캘리포니아 공과 대학, 그리고 NSF IGERT 부여 (# 0903667) (에서 기금에 의해 가능하게되었다 <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php</a> ). 사브리나 린이 연구 부문에서 논문의 원정대에 의해 지원됩니다, 숀 Forteno는 NIH MARC 원정대에 의해 지원되며, Shruthi Satish는 대학원 부문 원정대에 의해 지원됩니다. 우리는 수치를 준비 그녀의 도움 안나 Trtchounian에 감사하고 있습니다. 우리는 또한 CL - 퀀트 소프트웨어를 사용하는 방법 우리를 가르치는 샘 알워쓰와 네드 Jastromb 감사드립니다. </p>

<p class="jove_title"> 1 부 : 실험 절차 </p><p class="jove_content"> 비디오 데이터는 정보의 풍부가 포함되어 있습니다. 그러나,이 정보는 자주 추출하기 어려운 인간에 의해 수동으로 수행하고 완료하기 위해 개인 시간의 많은 시간이 필요할 수 있습니다 때. 인간의 수동 분석도 해석 및 오류의 변화에​​ 따라 달라질 수 있습니다. 동영상 생물 정보학 비디오 이미지에서 특정 데이터를 나와 컴퓨터 소프트웨어의 사용을 포?...

<p class="jove_content"> 비디오 생물 정보학 도구는 빠른 속도로 비디오 이미지로부터 데이터를 추출하기위한 강력한 있습니다. hESC 콜로니 성장을 quantifying위한 프로토콜은 생물 학적 문제에 대한 비디오 생물 정보학의 한 응용 프로그램을 보여줍니다. 이 방법은 양적이며 개별 hESC의 식민지에서 공개 데이터의 재미있는 기능이 있습니다. 비디오 생물 정보학의 조리법은 이러한 확산, 마이 그 레이션, apoptosis, 그리고 기...

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		<div>
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		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Stem Cell Technologies</td>
<td>05850</td>
<td>or any suitable medium for hESC culture.</td>
</tr>
<tr>
<td>BD Matrigel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Bioscience</td>
<td>356234</td>
<td>or other suitable substrate.</td>
</tr>
<tr>
<td>DMEM/F12 Basal Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11330-032</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline without Ca<sup>2+</sup> and Mg<sup>2+</sup></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Accutase Enzyme Cell Detachment Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>eBioscience</td>
<td>00-4555-56</td>
<td>or other suitable detachment enzyme.</td>
</tr>
<tr>
<td>3mm Glass beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>11-312A</td>
<td>optional.</td>
</tr>
<tr>
<td>12-well Tissue Culture Plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Falcon</td>
<td>353043</td>
<td>or any other plate format.</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon BioStation CT/IM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or other incubator/microscope suitable for collecting video data.</td>
</tr>
<tr>
<td>CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth

<p class="jove_content">비디오 데이터는 복잡하며 여러 이미지, 동영상 자료에서 광산 정보로 구성되어 있기 때문에 컴퓨터 소프트웨어의 도움없이 할 어렵습니다. 비디오 생물 정보학 데이트 마이닝 및 분석을 수행하기 위해 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 비디오 이미지 spatio - 시간적 데이터를 추출하기위한 강력한 양적 접근 방식이다. 이 문서에서는, 우리는 비디오 이미지를위한 카메라가 장착된 니콘 BioStation 중부 표준시 인큐베이터에서 수집한 시간 경과 비디오 분석을 통해 인간 배아 줄기 세포 (hESC)의 성장을 quantifying위한 비디오 생물 정보학 방법을 소개합니다. 우리의 실험에서, Matrigel에 첨부된되었습니다 hESC 식민지는 BioStation 중부 표준시에 48 시간 동안 촬영했다. 이러한 식민지의 성장 속도를 확인하려면, 조리법은 사용자가 비디오 이미지의 데이터의 다양한 유형을 추출할 수 있도록 CL - 퀀트 소프트웨어를 사용하여 개발되었습니다. 정확하게 식민지의 성장을 평가하는 세 요리법이 만들어졌습니다. 식민지와 배경, 정확하게 비디오 시퀀스에 걸쳐 식민지를 정의하는 두 번째 강화된 이미지, 세 번째로 첫 번째 세그먼트 이미지가 시간이 지남에 따라 식민지의 픽셀의 개수를 측정했습니다. 세 조리법은 48 시간 이상의 개별 hESC 식민지의 성장의 속도를 분석 BioStation 중부 표준시에서 수집한 영상 데이터를 차례로 실행되었습니다. CL - 퀀트 조리법의 신뢰를 확인하려면 동일한 데이터는 어도비 포토샵 소프트웨어를 사용하여 수동으로 분석했다. 데이터가 CL - 퀀트 조리법을 사용하고 포토샵을 비교했다 얻은 때, 결과는 CL - 퀀트 조리법은 진실했다 나타내는 거의 동일했다. 여기에서 설명한 방법은 hESC 또는 식민지에서 성장의 다른 세포의 성장 속도를 측정하는 모든 동영상 데이터에 적용 수 있습니다. 또한, 다른 비디오 생물 정보학의 조리법은 이러한 마이 그 레이션, apoptosis와 세포 유착과 같은 다른 세포 프로세스의 미래에 개발할 수 있습니다.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

<p class="jove_content">비디오 생물 정보학은 자동 처리, 분석, 이해하고, 미세한 동영상에서 추출한 생물 spatio - 시간적 데이터의 데이터 마이닝이다. 이 문서의 목적은 비디오 생물 정보학 방법을 사용하여 인간의 배아 줄기 세포 콜로니 성장을 측정하는 방법을 설명하는 것입니다.</p>

비디오 생물 정보학 인간의 배아 줄기 세포 콜로니 성장 분석

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Research

JoVE Journal

Biology

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin.

트립신과 Passaging 색채 인간의 배아 줄기 세포 - 라인

In this video we demonstrate how our lab routinely passages HuES human embryonic stem cell lines with trypsin.  Human embryonic stem cells are artifacts ...

연구

생물학

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

인간의 배아 줄기 (ES) 세포의 전파

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Murine 배아 줄기 세포로부터 조혈 줄기 세포의 유도

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

Immunosurgery에 의해 인간 배아 줄기 세포의 유도

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

인간 배아 줄기 세포에서 염색질의 Immunoprecipitation

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

인간 배아 줄기 세포의 문화 및 유지 관리

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

분리 및 성인 인간 내피 콜로니 형성 전구 세포의 대규모 확장

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (ECFCs)

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells MSCs and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells ECFCs

인간 탯줄의 분리 및 동물 혈청 무료 확장 Mesenchymal Stromal 세포 (MSCS)와 내피 콜로니 형성 전구 세포 (ECFCs)을 유래

The umbilical cord is a rich source for progenitor cells with high proliferative potential including mesenchymal stromal cells (also termed mesenchymal ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

인간 배아 줄기 세포를 동결 융해

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

Oligodendrocyte 엽 성의 전구 물질로 배아 줄기 세포의 분화

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...