Name: video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

<p class="jove_content"> Развитие этого метода стало возможным благодаря финансированию, связанные с табаком болезни Калифорнии Программа исследований, Калифорнийский Институт регенеративной медицины, и NSF IGERT грант на видео биоинформатики (# 0903667) в UCR ( <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php</a> ). Сабрина Лин поддерживается диссертации стипендий из отдела аспирантуры, Шон Forteno поддерживается NIH MARC стипендий и Shruthi Сатиш поддерживается стипендий дивизии. Мы благодарны Анне Trtchounian за ее помощь в подготовке цифры. Мы также благодарим Сэм Alworth и Нед Jastromb для нас учит, как использовать CL-Quant программного обеспечения. </p>

<p class="jove_title"> Часть 1: Экспериментальная процедура </p><p class="jove_content"> Видео данные содержат обилие информации. Тем не менее, эта информация часто трудно извлечь и когда делать вручную человеком, и может потребоваться много часов времени персонала, чтобы закончить. Руководство анализа человеком также по...

<p class="jove_content"> Видео биоинформатики инструменты являются мощными для быстрого извлечения данных из видеоизображений. Наш протокол для количественного роста чЭСК колонии демонстрирует одно применение видео биоинформатики к одной биологической проблеме. Этот метод количественного и имеет интерес?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Stem Cell Technologies</td>
<td>05850</td>
<td>or any suitable medium for hESC culture.</td>
</tr>
<tr>
<td>BD Matrigel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Bioscience</td>
<td>356234</td>
<td>or other suitable substrate.</td>
</tr>
<tr>
<td>DMEM/F12 Basal Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11330-032</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline without Ca<sup>2+</sup> and Mg<sup>2+</sup></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Accutase Enzyme Cell Detachment Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>eBioscience</td>
<td>00-4555-56</td>
<td>or other suitable detachment enzyme.</td>
</tr>
<tr>
<td>3mm Glass beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>11-312A</td>
<td>optional.</td>
</tr>
<tr>
<td>12-well Tissue Culture Plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Falcon</td>
<td>353043</td>
<td>or any other plate format.</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon BioStation CT/IM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or other incubator/microscope suitable for collecting video data.</td>
</tr>
<tr>
<td>CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth

<p class="jove_content">Поскольку видеоданные сложны и состоят из многих изображений, добыча информации из видео материала, трудно обойтись без помощи компьютерных программ. Видео биоинформатики является мощным количественный подход для извлечения пространственно-временных данных из видео изображения с помощью компьютерного программного обеспечения для выполнения знакомства горно-анализа. В этой статье мы представляем метод видео биоинформатики для количественного роста человеческих эмбриональных стволовых клеток (чЭСК), анализируя покадровой видео, собранные в Nikon биостанции КТ инкубатор оснащен камерой для видео-изображений. В наших экспериментах чЭСК колоний, которые были прикреплены к Матригель были сняты в течение 48 часов в биостанции КТ. Для определения темпов роста этих колоний, рецепты были разработаны с использованием CL-Quant программное обеспечение, которое позволяет пользователям извлекать различные типы данных с видео изображениями. Чтобы точно оценить роста колоний, три рецепты были созданы. Первые сегментированные изображения в колонии и фона, второе расширение изображения для определения колоний по всему видеоряда точно, а третья измеряется количеством пикселей в колонии с течением времени. Три рецепта проводились последовательно на видео данных, собранных в биостанции КТ для анализа темпов роста отдельных колоний чЭСК более 48 часов. Чтобы убедиться в правдивости CL-Quant рецепты, те же данные были проанализированы вручную с помощью Adobe Photoshop программного обеспечения. Когда данные получены с помощью CL-Quant рецепты и Photoshop были сопоставлены результаты были практически идентичны, что указывает на CL-Quant рецепты были правдивыми. Описанный здесь метод может быть применен к любому видео данных для оценки темпов роста чЭСК или других клеток, которые растут в колониях. Кроме того, другие видео биоинформатики рецепты могут быть разработаны в будущем для других клеточных процессов, таких как миграция, апоптоза и клеточной адгезии.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

<p class="jove_content">Видео биоинформатики является автоматизированной обработки, анализа, понимания и анализа данных биологических пространственно-временных данных, извлеченных из микроскопических видео. Целью данной статьи является демонстрация метода измерения человеческих эмбриональных стволовых клеток, роста колоний методом видео биоинформатики.</p>

Видео биоинформатики Анализ человеческих эмбриональных роста клеток колонии стволовых

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Research

JoVE Journal

Biology

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin.

Пассирования оттенков эмбриональных стволовых клеток человека линий с Трипсин

In this video we demonstrate how our lab routinely passages HuES human embryonic stem cell lines with trypsin.  Human embryonic stem cells are artifacts ...

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

Распространение человеческих эмбриональных стволовых (ЭС) клеток

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Вывод гемопоэтических стволовых клеток мышей эмбриональных стволовых клеток

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

Вывод человеческих эмбриональных стволовых клеток на применение специфических иммунных сывороток в хирургии

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Хроматин Иммунопреципитация из человеческих эмбриональных стволовых клеток

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

Культура и поддержание человеческих эмбриональных стволовых клеток

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Выделение и расширение добычи взрослых человеческих эндотелиальных клеток, образующих колонии Прародитель

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (ECFCs)

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells MSCs and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells ECFCs

Выделение и животных Сыворотка свободного расширения прав пуповины производных мезенхимальных стромальных клеток (МСК) и эндотелиальных колонии Формирование клеток-предшественников (ECFCs)

The umbilical cord is a rich source for progenitor cells with high proliferative potential including mesenchymal stromal cells (also termed mesenchymal ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

Замораживание и размораживание человеческих эмбриональных стволовых клеток

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

Дифференциация эмбриональных стволовых клеток в олигодендроцитов прекурсоров

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...