Name: video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth
Uploaded: 2010-05-20T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

<p class="jove_content"> Utvecklingen av denna metod har möjliggjorts genom finansiering från Kalifornien tobaksrelaterade sjukdomar forskningsprogram, California Institute för regenerativ medicin, och NSF IGERT bidrag på Video Bioinformatik (# 0.903.667) vid UCR ( <a href="http://www.cris.ucr.edu/IGERT/index.php">http://www.cris.ucr .edu / IGERT / index.php</a> ). Sabrina Lin stöds av en avhandling stipendium från Graduate Division, är Shawn Forteno stöds av en NIH MARC kamratskap och Shruthi Satish stöds av en Graduate division Fellowship. Vi är tacksamma för att Anna Trtchounian för hennes hjälp att förbereda siffrorna. Vi tackar också Sam Alworth och Ned Jastromb för undervisning oss hur man använder CL-Quant programvara. </p>

<p class="jove_title"> Del 1: Experimentell Förfarande </p><p class="jove_content"> Videodata innehåller ett överflöd av information. Detta är dock informationen ofta svårt att extrahera och när det görs manuellt av människor och kan kräva många timmar av personalen tid att slutföra. Manuell analys av människor är också föremål för variation i tolkning och fel. Video bioinformatik innebär användning av mjukvara till min specifika data från videobilder. Denna analysmetod är snabb och kan eliminera fel som uppstår när anal...

<p class="jove_content"> Video bioinformatiska verktyg är kraftfulla för att snabbt extrahera data från videobilder. Vårt protokoll för att kvantifiera tillväxt hESC kolonin visar en tillämpning av video bioinformatik ett biologiskt problem. Denna metod är kvantitativ och har intressanta inslag i att avslöja uppgifter från enskilda hESC kolonier. Video bioinformatik recept kan utvecklas för att övervaka andra cellulära processer såsom proliferation, migration, apoptos och cellbindning till underlaget, och cellbindning till angrän...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>mTeSR1 Human Embryonic Stem Cell Maintenance Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Stem Cell Technologies</td>
<td>05850</td>
<td>or any suitable medium for hESC culture.</td>
</tr>
<tr>
<td>BD Matrigel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Bioscience</td>
<td>356234</td>
<td>or other suitable substrate.</td>
</tr>
<tr>
<td>DMEM/F12 Basal Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11330-032</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline without Ca<sup>2+</sup> and Mg<sup>2+</sup></td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Accutase Enzyme Cell Detachment Medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>eBioscience</td>
<td>00-4555-56</td>
<td>or other suitable detachment enzyme.</td>
</tr>
<tr>
<td>3mm Glass beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>11-312A</td>
<td>optional.</td>
</tr>
<tr>
<td>12-well Tissue Culture Plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Falcon</td>
<td>353043</td>
<td>or any other plate format.</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon BioStation CT/IM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>or other incubator/microscope suitable for collecting video data.</td>
</tr>
<tr>
<td>CL-Quant software (Nikon) and/or Photoshop (Adobe).</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

video bioinformatics analysis of human embryonic stem cell colony growth

<p class="jove_content">Eftersom videodata är komplexa och består av många bilder, gruv information från videomaterial är svårt att göra utan hjälp av datorprogram. Video bioinformatik är en kraftfull kvantitativ metod för att utvinna tid och rum data från video-bilder med hjälp av datorprogram för att utföra dejting gruv-och analys. I denna artikel presenterar vi en video bioinformatik metod för kvantifiering tillväxten av stamceller från mänskliga embryon (hESC) genom att analysera tidsförlopp filmer samlas i en Nikon BioStation CT inkubator utrustad med en kamera för avbildning. I våra experiment har hESC kolonier som var knutna till Matrigel filmade i 48 timmar i BioStation CT. För att bestämma tillväxten av dessa kolonier var recept utvecklats med hjälp av CL-Quant programvara som gör att användarna kan extrahera olika typer av data från videobilder. Att noggrant utvärdera koloni tillväxt har tre recept som skapats. Den första segmenterade bilden i kolonin och bakgrund, den andra förbättrade bilden för att definiera kolonier i hela videosekvensen korrekt, och den tredje mätte antalet pixlar i kolonin över tiden. De tre recept kördes i sekvens på video samlas in i en BioStation CT för att analysera tillväxten i enskilda hESC kolonier över 48 timmar. För att verifiera sanningshalten i CL-Quant recept har samma data analyseras manuellt med hjälp av Adobe Photoshop. När de uppgifter som erhållits med hjälp av CL-Quant recept och Photoshop jämfördes, var resultaten i stort sett identiska, med angivande av CL-Quant recept var sanningsenlig. Den här beskrivna metoden kan tillämpas på någon video data för att mäta tillväxt på hESC eller andra celler som växer i kolonier. Dessutom kan andra video bioinformatik recept ska utvecklas i framtiden för andra celler processer som migration, apoptos, och celladhesion.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth at JoVE.com

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

<p class="jove_content">Video bioinformatik är automatiserad bearbetning, analys, förståelse och datautvinning av biologiska tid och rum uppgifter som hämtas från mikroskopiska videor. Syftet med denna artikel är att demonstrera en metod för att mäta mänskliga embryonala stamceller tillväxt cell koloni med hjälp av en video bioinformatik metod.</p>

Video Bioinformatik Analys av mänskliga embryonala stamceller Colony Tillväxt

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Research

JoVE Journal

Biology

Passaging HuES Human Embryonic Stem Cell-lines with Trypsin.

Passaging nyanser mänskliga embryonala stamceller-linjer med Trypsin

In this video we demonstrate how our lab routinely passages HuES human embryonic stem cell lines with trypsin.  Human embryonic stem cells are artifacts ...

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

Spridning av mänskliga embryonala stamceller (ES-celler)

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Härledning av hematopoetiska stamceller från Murine embryonala stamceller

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

Derivering av mänskliga embryonala stamceller genom Immunosurgery

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Kromatin Immunoprecipitation från mänskliga embryonala stamcellslinjer

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

Kultur och underhåll av mänskliga embryonala stamcellslinjer

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Isolering och storskalig expansion av vuxen människa Endothelial kolonibildande progenitorceller

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells (ECFCs)

Isolation and Animal Serum Free Expansion of Human Umbilical Cord Derived Mesenchymal Stromal Cells MSCs and Endothelial Colony Forming Progenitor Cells ECFCs

Isolering och Animal Serum Fri ökningen av mänsklig Navelsträngen Härledda mesenkymala stromaceller (MSC) och Endothelial kolonibildande progenitorceller (ECFCs)

The umbilical cord is a rich source for progenitor cells with high proliferative potential including mesenchymal stromal cells (also termed mesenchymal ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

Nedfrysning och upptining mänskliga embryonala stamcellslinjer

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

Differentiering av embryonala stamceller till Oligodendrocyte Prekursorer

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...