Name: extracting dna from the gut microbes of the termite (zootermopsis angusticollis) and visualizing gut microbes
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes at JoVE.com

ملخص الإجرائية لاستخراج الحمض النووي النمل الأبيض كامل الأمعاء : <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> النمل الأبيض البرد على الجليد ، وإزالة الأمعاء باستخدام ملاقط معقمة والاستقرار في عينات الأمعاء العازلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التجان?...

<ol>
	<li>Berthelet, M., Whyte, L. G., Greer, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid,+Direct+Extraction+of+DNA+from+Soils+for+PCR+Analysis+using+Polyvinylpolypyrrolidone+Spin+Columns.">Rapid, Direct Extraction of DNA from Soils for PCR Analysis using Polyvinylpolypyrrolidone Spin Columns.</a> FEMS Microbiol. Lett. 138, 17-22 (1996).</li><li>Kudo, T., Ohkuma, M., Moriya, S., Noda, S., Ohtoko, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Phylogenetic+Identification+of+the+Intestinal+Anaerobic+Microbial+Community+in+the+Hindgut+of+the+Termite,+Reticulitermes+Speratus,+without+Cultivation.">Molecular Phylogenetic Identification of the Intestinal Anaerobic Microbial Community in the Hindgut of the Termite, Reticulitermes Speratus, without Cultivation.</a> Extremophiles. 2, 155-161 (1998).</li><li>Mor&#233;, M. I., Herrick, J. B., Silva, M. C., Ghiorse, W. C., Madsen, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Cell+Lysis+of+Indigenous+Microorganisms+and+Rapid+Extraction+of+Microbial+DNA+from+Sediment.">Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganisms and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 60, 1572-1580 (1994).</li><li>Odelson, D. A., Breznak, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volatile+Fatty+Acid+Production+by+the+Hindgut+Microbiota+of+Xylophagous+Termites.">Volatile Fatty Acid Production by the Hindgut Microbiota of Xylophagous Termites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 45, 1602-1613 (1983).</li><li>Ottesen, E. A., Hong, J. W., Quake, S. R., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+Digital+PCR+Enables+Multigene+Analysis+of+individual+Environmental+Bacteria.">Microfluidic Digital PCR Enables Multigene Analysis of individual Environmental Bacteria.</a> Science. 314, 1464-1467 (2006).</li><li>Purdy, K. J., Embley, T. M., Takii, S., Newdell, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Extraction+of+DNA+and+rRNA+from+Sediments+by+a+Novel+Hydroxyapatite+Spin-Column+Method.">Rapid Extraction of DNA and rRNA from Sediments by a Novel Hydroxyapatite Spin-Column Method.</a> Appl. Environ. Microbiol. 62, 3905-3907 (1996).</li><li>Salmassi, T. M., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Genes+of+Tetrahydrofolate-Dependent+Metabolism+from+Cultivated+Spirochaetes+and+the+Gut+Community+of+the+Termite+Zootermopsis+Angusticollis.">Analysis of Genes of Tetrahydrofolate-Dependent Metabolism from Cultivated Spirochaetes and the Gut Community of the Termite Zootermopsis Angusticollis.</a> Microbiology. 149, 2529-2537 (2003).</li><li>Schmitt-Wagner, D., Friedrich, M. W., Wagner, B., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+Diversity,+Abundance,+and+Axial+Distribution+of+Bacteria+in+the+Intestinal+Tract+of+Two+Soil-Feeding+Termites+(Cubitermes+spp).">Phylogenetic Diversity, Abundance, and Axial Distribution of Bacteria in the Intestinal Tract of Two Soil-Feeding Termites (Cubitermes spp).</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6007-6017 (2003).</li><li>Tsai, Y. L., Olson, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Method+for+Separation+of+Bacterial+DNA+from+Humic+Substances+in+Sediments+for+Polymerase+Chain+Reaction.">Rapid Method for Separation of Bacterial DNA from Humic Substances in Sediments for Polymerase Chain Reaction.</a> Appl. Environ. Microbiol. 58, 2292-2295 (1992).</li></ol>

في تجربتنا ، الحمض النووي المستخرج من المجتمعات الميكروبية أنواع النمل الأبيض الخشب الثديية مثل nevadensis Zootermopis نقية بما فيه الكفاية لقالب PCR بعد جولة واحدة من استخراج وتنقية. ومع ذلك ، قد يكون بعض النمل الأبيض مثل التغذية وأنواع التربة القمامة الثديية لها تركيز أعلى من الأحماض ال?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PVPP/SDS/phenol</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>homogeneization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>DNeasy Tissue Kit</td>
<td>Kit</td>
<td>Qiagen</td>
<td>77607</td>
<td>Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003)</td>
</tr>
<tr>
<td>TE</td>
<td>Buffer</td>
<td>Sigma</td>
<td>T9285</td>
<td>1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate</td>
</tr>
<tr>
<td>zirconia/silica beads </td>
<td>Supplies</td>
<td>BioSpec Products</td>
<td>11079101z</td>
<td>0.1 mm</td>
</tr>
<tr>
<td>PVPP</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>P6755</td>
<td>1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer </td>
</tr>
<tr>
<td>Zootermopsis nevadensis</td>
<td>Animal</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Termites</td>
</tr>
<tr>
<td>SDS</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>L4390</td>
<td>Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>77607</td>
<td>TE-saturated, ~73%</td>
</tr>
<tr>
<td>MiniBeadbeater-8</td>
<td>Tool</td>
<td>BioSpec Products</td>
<td>963</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BSS</td>
<td>Buffered Salt Solution, pH 7.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3</td>
</tr>
<tr>
<td>AxioPlan-2</td>
<td>Microscope</td>
<td>Carl Zeiss, Inc. USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
			<div>
					</div>

extracting dna from the gut microbes of the termite (zootermopsis angusticollis) and visualizing gut microbes

النمل الأبيض هي من بين عدد قليل من الحيوانات المعروفة لديهم القدرة على العيش فقط من الخشب طويلا. الجهاز يحتوي على أمعاء النمل الأبيض كثيفة السكان الميكروبية والأنواع الغنية التي تساعد في تدهور lignocellulose في الغالب إلى خلات والمغذيات الرئيسية تأجيج الأيض النمل الأبيض (Odelson وBreznak ، 1983). ضمن هؤلاء السكان هي البكتيريا الجرثومية ، وميثان العتيقة ، في بعض النمل الأبيض (&quot;خفض&quot;) ، البروتوزوا حقيقية النواة. وهكذا ، النمل الأبيض وتخضع البحوث الممتازة لدراسة التفاعلات بين الأنواع الجرثومية والكيميائية الحيوية وظائف عديدة أنها تؤدي إلى منفعة المضيفة لهم. وقد تم اكتشاف تركيبة السكان الأنواع الميكروبية في أمعاء النمل الأبيض وكذلك الجينات الرئيسية المشاركة في العمليات الحيوية المختلفة وذلك باستخدام التقنيات الجزيئية (كودو وآخرون ، 1998 ؛. شميت ، واجنر وآخرون ، 2003 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003). هذه التقنيات تعتمد على استخراج وتنقية عالية الجودة الأحماض النووية من البيئة أمعاء النمل الأبيض. تقنية استخراج وصفها في هذا الفيديو هو عبارة عن تجميع معدلة من البروتوكولات التي وضعت لاستخراج وتنقية الأحماض النووية من العينات البيئية (مور وآخرون ، 1994 ؛. Berthelet وآخرون ، 1996 ؛. بوردي وآخرون ، 1996 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003 ؛ Ottesen وآخرون 2006) ، وأنها تنتج من مادة الحمض النووي المعى المؤخر النمل الأبيض مناسبة للاستخدام كقالب لتفاعل البلمرة المتسلسل (PCR).

Watch this Scientific Journal Video about Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes at JoVE.com

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes

هذا الفيديو يوضح تقنية لاستخراج الحمض النووي من أنواع الميكروبات المقيمين في المعى المؤخر النمل الأبيض. ويتضح ايضا في اعداد شريحة جبل الرطب ، وهو أمر مفيد لتصور المجتمع الميكروبية الأمعاء ، ويعطى من خلال جولة الأنواع الغنية بيئة الأمعاء.

استخراج الحمض النووي من الميكروبات غوت من النمل الأبيض (Zootermopsis Angusticollis) وتصور الميكروبات غوت

Termites are among the few animals known to have the capacity to subsist solely by consuming wood.  The termite gut tract contains a dense and ...

Research

JoVE Journal

Biology

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Investigating the Microbial Community in the Termite Hindgut - Interview

التحقيق في الجماعة الميكروبية في المعى المؤخر النمل الأبيض -- مقابلة

Jared Leadbetter explains why the termite-gut microbial community is an excellent system for studying the complex interactions between microbes.     The ...

Layers of Symbiosis - Visualizing the Termite Hindgut Microbial Community

طبقات من التكافل -- الرؤية والميكروبية المعى المؤخر الجماعة النمل الأبيض

Jared Leadbetter takes us for a nature walk through the diversity of life resident in the termite hindgut - a microenvironment containing 250 different ...

Testing Protozoacidal Activity of Ligand-lytic Peptides Against Termite Gut Protozoa in vitro (Protozoa Culture) and in vivo (Microinjection into Termite Hindgut)

Testing Protozoacidal Activity of Ligand-lytic Peptides Against Termite Gut Protozoa in vitro Protozoa Culture and in vivo Microinjection into Termite Hindgut

اختبار نشاط Protozoacidal من يجند - lytic هضميدات ضد النمل الأبيض غوت البروتوزوا في المختبر (الثقافة البروتوزوا) و في الجسم الحي (Microinjection في المعى المؤخر النمل الأبيض)

We are developing a novel approach to subterranean termite control that would lead to reduced reliance on the use of chemical pesticides. Subterranean ...

A Simple Protocol for Extracting Hemocytes from Wild Caterpillars

A بروتوكول بسيط لاستخراج اليرقات من Hemocytes البرية

Insect hemocytes (equivalent to mammalian white blood cells) play an important role in several physiological processes throughout an insect's life cycle ...

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

تحديد البكتيريا عملية الأيض نشطة في الوتر من اختصاصي<em&gt; ورق القطن littoralis</em&gt; عن طريق الحمض النووي النظائر مستقرة جس طريق<sup&gt; 13</sup&gt; C-الجلوكوز

Guts of most insects are inhabited by complex communities of symbiotic nonpathogenic bacteria. Within such microbial communities it is possible to ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

التضخيم، الجيل التالي من التسلسل، والحمض النووي الجينوم رسم خرائط مواقع التكامل فيروسات الرجعية

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice

وهناك طريقة لتقييم بكتريوسين الآثار على الأمعاء الدقيقة من الفئران

Very intriguing questions arise with our advancing knowledge on gut microbiota composition and the relationship with health, particularly relating to the ...

High-throughput Measurement of Gut Transit Time Using Larval Zebrafish

قياس وقت عبور الأمعاء استخدام اليرقات الزرد الفائق

Zebrafish are used as alternative model organisms for drug safety testing. The gastrointestinal (GI) tract of zebrafish has genetic, neuronal, and ...

Analyzing Oxidative Stress in Murine Intestinal Organoids using Reactive Oxygen Species-Sensitive Fluorogenic Probe

تحليل الإجهاد التأكسدي في المواد العضوية المعوية الفئرانية باستخدام مسبار الفلوروجينيك الحساس لأنواع الأكسجين التفاعلية

Reactive oxygen species (ROS) play essential roles in intestinal homeostasis. ROS are natural by-products of cell metabolism. They are produced in ...

Monitoring Gut Acidification in the Adult Drosophila Intestine

Monitoring Gut Acidification in the Adult Drosophila Intestine

مراقبة تحمض الأمعاء في أمعاء ذبابة الفاكهة البالغة

The fruit fly midgut consists of multiple regions, each of which is composed of cells that carry out unique physiological functions required for the ...