Name: extracting dna from the gut microbes of the termite (zootermopsis angusticollis) and visualizing gut microbes
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes at JoVE.com

Sammanfattas förfarandet för termit hel-gut DNA-extraktion: <ol><li> Chill termiter på is, ta bort tarmen med hjälp av steril pincett och stabilisera tarmen prover i buffert. </li><li> Homogenisera proverna i PVPP / SDS / fenol buffert. </li><li> Utdrag och rena DNA från råolja lysat använda Qiagen DNeasy kolumner. </li></ol> Protokoll: <ol><li> På is, ta bort inälvor från termiter arbetstagaren kast med steril pincett. </li><l...

<ol>
	<li>Berthelet, M., Whyte, L. G., Greer, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid,+Direct+Extraction+of+DNA+from+Soils+for+PCR+Analysis+using+Polyvinylpolypyrrolidone+Spin+Columns.">Rapid, Direct Extraction of DNA from Soils for PCR Analysis using Polyvinylpolypyrrolidone Spin Columns.</a> FEMS Microbiol. Lett. 138, 17-22 (1996).</li><li>Kudo, T., Ohkuma, M., Moriya, S., Noda, S., Ohtoko, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Phylogenetic+Identification+of+the+Intestinal+Anaerobic+Microbial+Community+in+the+Hindgut+of+the+Termite,+Reticulitermes+Speratus,+without+Cultivation.">Molecular Phylogenetic Identification of the Intestinal Anaerobic Microbial Community in the Hindgut of the Termite, Reticulitermes Speratus, without Cultivation.</a> Extremophiles. 2, 155-161 (1998).</li><li>Mor&#233;, M. I., Herrick, J. B., Silva, M. C., Ghiorse, W. C., Madsen, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Cell+Lysis+of+Indigenous+Microorganisms+and+Rapid+Extraction+of+Microbial+DNA+from+Sediment.">Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganisms and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 60, 1572-1580 (1994).</li><li>Odelson, D. A., Breznak, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volatile+Fatty+Acid+Production+by+the+Hindgut+Microbiota+of+Xylophagous+Termites.">Volatile Fatty Acid Production by the Hindgut Microbiota of Xylophagous Termites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 45, 1602-1613 (1983).</li><li>Ottesen, E. A., Hong, J. W., Quake, S. R., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfluidic+Digital+PCR+Enables+Multigene+Analysis+of+individual+Environmental+Bacteria.">Microfluidic Digital PCR Enables Multigene Analysis of individual Environmental Bacteria.</a> Science. 314, 1464-1467 (2006).</li><li>Purdy, K. J., Embley, T. M., Takii, S., Newdell, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Extraction+of+DNA+and+rRNA+from+Sediments+by+a+Novel+Hydroxyapatite+Spin-Column+Method.">Rapid Extraction of DNA and rRNA from Sediments by a Novel Hydroxyapatite Spin-Column Method.</a> Appl. Environ. Microbiol. 62, 3905-3907 (1996).</li><li>Salmassi, T. M., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Genes+of+Tetrahydrofolate-Dependent+Metabolism+from+Cultivated+Spirochaetes+and+the+Gut+Community+of+the+Termite+Zootermopsis+Angusticollis.">Analysis of Genes of Tetrahydrofolate-Dependent Metabolism from Cultivated Spirochaetes and the Gut Community of the Termite Zootermopsis Angusticollis.</a> Microbiology. 149, 2529-2537 (2003).</li><li>Schmitt-Wagner, D., Friedrich, M. W., Wagner, B., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+Diversity,+Abundance,+and+Axial+Distribution+of+Bacteria+in+the+Intestinal+Tract+of+Two+Soil-Feeding+Termites+(Cubitermes+spp).">Phylogenetic Diversity, Abundance, and Axial Distribution of Bacteria in the Intestinal Tract of Two Soil-Feeding Termites (Cubitermes spp).</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6007-6017 (2003).</li><li>Tsai, Y. L., Olson, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Method+for+Separation+of+Bacterial+DNA+from+Humic+Substances+in+Sediments+for+Polymerase+Chain+Reaction.">Rapid Method for Separation of Bacterial DNA from Humic Substances in Sediments for Polymerase Chain Reaction.</a> Appl. Environ. Microbiol. 58, 2292-2295 (1992).</li></ol>

Enligt vår erfarenhet är DNA ur mikrobiella samhällen i trä-utfodring termit arter som Zootermopis nevadensis tillräckligt rent för PCR-mall efter en runda av extraktion och rening. Dock kan vissa termiter som skräp-matning och jord-matning arter har en högre koncentration av humus i tarmen innehåll och kan kräva ytterligare rening av tarmen mikrobiella DNA. Den totala DNA avkastningen från inälvor av 5 Z. nevadensis arbetstagare är i intervallet 10-30 mikrogram. För termit arter betydligt mindre eller större än denna art, k...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PVPP/SDS/phenol</td>
<td>Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>homogeneization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>DNeasy Tissue Kit</td>
<td>Kit</td>
<td>Qiagen</td>
<td>77607</td>
<td>Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003)</td>
</tr>
<tr>
<td>TE</td>
<td>Buffer</td>
<td>Sigma</td>
<td>T9285</td>
<td>1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate</td>
</tr>
<tr>
<td>zirconia/silica beads </td>
<td>Supplies</td>
<td>BioSpec Products</td>
<td>11079101z</td>
<td>0.1 mm</td>
</tr>
<tr>
<td>PVPP</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>P6755</td>
<td>1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer </td>
</tr>
<tr>
<td>Zootermopsis nevadensis</td>
<td>Animal</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Termites</td>
</tr>
<tr>
<td>SDS</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>L4390</td>
<td>Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol</td>
<td>Reagent</td>
<td>Sigma</td>
<td>77607</td>
<td>TE-saturated, ~73%</td>
</tr>
<tr>
<td>MiniBeadbeater-8</td>
<td>Tool</td>
<td>BioSpec Products</td>
<td>963</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BSS</td>
<td>Buffered Salt Solution, pH 7.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3</td>
</tr>
<tr>
<td>AxioPlan-2</td>
<td>Microscope</td>
<td>Carl Zeiss, Inc. USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
			<div>
					</div>

extracting dna from the gut microbes of the termite (zootermopsis angusticollis) and visualizing gut microbes

Termiter är bland de få djur som är kända för att ha kapacitet att överleva enbart genom att konsumera trä. Den termit tarmen tarmkanalen innehåller en tät och artrik mikrobiell population som hjälper nedbrytningen av lignocellulosa främst i acetat, den viktigaste näringsämne bränslepåfyllning termit metabolism (Odelson &amp; Breznak, 1983). Inom dessa mikrobiella populationer är bakterier, metanbildande arkéer och i vissa (&quot;lägre&quot;) termiter, eukaryota protozoer. Således termiter är utmärkta försökspersoner för att studera samspelet mellan mikroorganismer och de många biokemiska funktioner de utför till förmån för sin värd. Artsammansättningen av mikrobiella populationer i termit tarmar samt viktiga gener som är involverade i olika biokemiska processer har undersökts med hjälp av molekylära tekniker (Kudo et al, 1998;. Schmit-Wagner et al, 2003;. Salmassi &amp; Leadbetter, 2003). Dessa tekniker är beroende av utvinning och rening av hög kvalitet nukleinsyror från termiter tarmen miljö. Utvinning teknik som beskrivs i den här videon är en modifierad sammanställning av protokoll som utvecklats för extraktion och rening av nukleinsyror från miljöprover (Mor et al, 1994;. Berthelet et al, 1996;. Purdy et al, 1996;. Salmassi &amp; Leadbetter, 2003;. Ottesen et al 2006) och det ger DNA från termiter hindgut material som lämpar sig för användning som mall för polymeraskedjereaktion (PCR).

Watch this Scientific Journal Video about Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes at JoVE.com

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite Zootermopsis Angusticollis and Visualizing Gut Microbes

Denna video visar en teknik för att extrahera DNA från de arter av mikrober bosatt i termit hindgut. Beredningen av en våt montera bild, vilket är användbart för att visualisera samhället tarmen mikrobiella illustreras också, och en tur genom artrika gut miljö ges.

Extrahera DNA från tarmen Mikroberna i Termite (Zootermopsis Angusticollis) och visualisering Gut Mikroberna

Termites are among the few animals known to have the capacity to subsist solely by consuming wood.  The termite gut tract contains a dense and ...

Research

JoVE Journal

Biology

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Investigating the Microbial Community in the Termite Hindgut - Interview

Undersöka den mikrobiella i Termite hindgut - Intervju

Jared Leadbetter explains why the termite-gut microbial community is an excellent system for studying the complex interactions between microbes.     The ...

Layers of Symbiosis - Visualizing the Termite Hindgut Microbial Community

Lager av Symbios - Visualisera Termite gemenskapen hindgut Microbial

Jared Leadbetter takes us for a nature walk through the diversity of life resident in the termite hindgut - a microenvironment containing 250 different ...

Testing Protozoacidal Activity of Ligand-lytic Peptides Against Termite Gut Protozoa in vitro (Protozoa Culture) and in vivo (Microinjection into Termite Hindgut)

Testing Protozoacidal Activity of Ligand-lytic Peptides Against Termite Gut Protozoa in vitro Protozoa Culture and in vivo Microinjection into Termite Hindgut

Provning Protozoacidal aktivitet Ligand-lytisk Peptider Mot Termite Protozoa Gut In vitro (Protozoa Kultur) och In vivo (Mikroinjektion i Termite hindgut)

We are developing a novel approach to subterranean termite control that would lead to reduced reliance on the use of chemical pesticides. Subterranean ...

A Simple Protocol for Extracting Hemocytes from Wild Caterpillars

Ett enkelt protokoll för att extrahera hemocyter från Wild Larver

Insect hemocytes (equivalent to mammalian white blood cells) play an important role in several physiological processes throughout an insect's life cycle ...

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

Identifiering av metaboliskt aktiva bakterier i tarmen hos Generalist<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; Via DNA stabil isotop Probing Använda<sup&gt; 13</sup&gt; C-Glukos

Guts of most insects are inhabited by complex communities of symbiotic nonpathogenic bacteria. Within such microbial communities it is possible to ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Förstärkning, Nästa generations sekvensering, och Genomic DNA Kartläggning av retroviral integration webbplatser

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice

En metod för att bedöma bakterie-cin-effekter på musens tarmmikrobiota

Very intriguing questions arise with our advancing knowledge on gut microbiota composition and the relationship with health, particularly relating to the ...

High-throughput Measurement of Gut Transit Time Using Larval Zebrafish

Hög genomströmning mätning av Gut transittid använder Larval zebrafiskar

Zebrafish are used as alternative model organisms for drug safety testing. The gastrointestinal (GI) tract of zebrafish has genetic, neuronal, and ...

Analyzing Oxidative Stress in Murine Intestinal Organoids using Reactive Oxygen Species-Sensitive Fluorogenic Probe

Analysera oxidativ stress i Murine Intestinala organoider med hjälp av reaktiva syre arter-känslig fluorogen sond

Reactive oxygen species (ROS) play essential roles in intestinal homeostasis. ROS are natural by-products of cell metabolism. They are produced in ...

Monitoring Gut Acidification in the Adult Drosophila Intestine

Monitoring Gut Acidification in the Adult Drosophila Intestine

Övervakning av tarmförsurning i den vuxna Drosophila Intestine

The fruit fly midgut consists of multiple regions, each of which is composed of cells that carry out unique physiological functions required for the ...