Identifiser dimensjonene til en PA14-plate som inneholder L4-trinnormene, ved å kjøre Python-skriptet extract_frame.py. Åpne deretter JPEG-filen i ImageJ. Fra menyen velger du Analyser og deretter Angi målinger.
Kontroller at det er merket av for skjermetiketten, og lukk vinduet. Bruk det rettlinjede verktøyet til å måle diameteren på en plate ved å tegne en linje over den. Velg deretter Analyser og deretter Mål fra menyen.
Hvis videoen er i 1080 piksler, vil hver plate være omtrent 480 piksler bred. Skriv inn denne informasjonen i notisblokken som skal brukes senere, og lukk resultatvinduet. Ved hjelp av flerpunktsverktøyet merker du punkter øverst til venstre på hver plate som blir øvre venstre hjørne av de beskårne videoene.
Merk den i rekkefølge etter når platene ble startet. Når du har opprettet et punkt for alle platene, velger du Analyser og deretter Mål på menyen. Målinger inkludert X- og Y-koordinatene til punktene vises i resultatvinduet.
For å behandle flere videoer, gjenta prosessen i ImageJ med andre JPEG-filer. Alle X- og Y-koordinater vil bli oppført i samme resultatvindu. Lagre resultatvinduet i en CSV-fil.
Filen skal lagres i samme katalog som filmfilene. Hvis du vil finne starttidspunktet for hver plate, spiller du av filmen på datamaskinen eller telefonen og noterer starttidene for hvert platesett som er plassert under kameraet. Åpne resultatene.
CSV-fil med koordinatene og legg til en startkolonne. For hver rad som tilsvarer individuelle plater, skriv inn passende starttid i sekunder under startkolonnen. Lagre filen.
For å beskjære og trimme videoene, kjør crop_n_trim. PY-skript. Velg resultatene.
CSV-fil. Angi platedimensjonene og bildepunktverdien som ble angitt tidligere. Skriptet vil nå lese hver rad av resultatene.
CSV-fil for å finne riktig filmfil etter at skriptet er ferdig. En mappe vises med samme navn som filmen, etterfulgt av starttidspunktet der videoer som tilsvarer analysen vil bli lagret. For manuell telling, åpne hver AVI-fil i ImageJ.
Tell ormene som er synlige utenfor plenen, og beregn deretter beleggsprosenten for hvert tidspunkt. De ville type N2-ormene forlot gradvis bakterieplenen og holdt seg ute som nevnt i beleggsprosenten over tid. Tellingene som ble gjort direkte fra platene ble sammenlignet med tellinger fra avbildede ormer.
Tellingene fra avbildede ormer viste seg å være svært nøyaktige. Når tre forsøk for hver stamme ble gjennomsnittet sammen, ga N2- og NPR1-stammene henholdsvis 99,5% og 96,2% nøyaktighet.