fibrinolytic activity of the fibrinolytic enzyme purified from sipunculus nudus

טיהור אנזים פיברינוליטי מ-Sipunculus nudus באמצעות כרומטוגרפיית זיקה

Thrombosis is a major threat to public health, especially following the Covid-19 global pandemic1,2. Clinically, many plasminogen activators (PAs), such as tissue-type plasminogen activator (tPA) and urokinase (UK), have been widely used as thrombolytic drugs. PAs can activate patients&#39; plasminogen into active plasmin to degrade fibrin. Thus, their thrombolytic efficiency is heavily restricted by the patients&#39; plasminogen status3,4. Fibrinolytic agents, such as metalloproteinase plasmin and serine plasmin, are another type of clinical thrombolytic drug that also include fibrinolytic enzymes (FE) such as plasmin, which can dissolve clots directly but are quickly inactivated by various plasmin inhibitors5. Subsequently, a novel type of fibrinolytic agent has been reported that can dissolve the thrombus by not only activating the plasminogen into plasmin but also degrading the fibrin directly6-the fibrinolytic enzyme from the ancient peanut worm Sipunculus nudus (sFE)6. This bifunction endows sFE other advantages over traditional thrombolytic drugs, especially in terms of abnormal plasminogen status. Compared with other bifunctional fibrinolytic agents7,8,9, sFE displays several advantages, including safety, over non-food derived agents for drug development, especially for oral drugs. This is because the biosafety and biocompatibility of Sipunculus nudus have been well-established10.
Similar to the other natural fibrinolytic agents isolated from microorganisms, earthworms, and mushrooms, the purification of sFE from S. nudus is very complicated and includes multiple stages, such as tissue homogenization, ammonium sulphate precipitation, desalination, anion-exchange chromatography, hydrophobic interaction chromatography, and molecular sieving10,11,12. Such a purification system not only depends on proficient skills and expensive materials, but also requires several days to complete the whole procedure. Therefore, a simple purification program of sFE is of great significance for the further development of sFE. Fortunately, two crystals of sFE (PDB: 8HZP; PDB: 8HZO) have been successfully obtained (see Supplemental File 1 and Supplemental File 2). Through structural analysis and molecular docking experiments, we found that the catalytic core of sFE could specifically bind to targets containing arginine or lysine residues.
Herein, an affinity purification system was proposed for the first time, based on the crystal structure of sFE. By following this protocol, highly pure and highly active sFE could be purified from the crude extracts in a single affinity purification stage. The protocol developed here is not only important for the large scale preparation of sFE, but also may be applied for the purification of other fibrinolytic agents.

מחבר זרקור: זיקה טיהור של אנזים פיברינוליטי מ Sipunculus nudus  

זיקה טיהור אנזים פיברינוליטי מ-Sipunculus nudus

Our research is mainly about the purification of fibrinolytic enzyme. This work tries to establish a simple purification method for fibrinolytic enzyme. In this work, we report an arginine or lysine best-affinity purification system of fibrinolytic enzyme for the first time.Compared with the conventional purification methods, this is a simple, inexpensive, and efficient approach for the purification of fibrinolytic enzymes from Sipunculus nudus. The development of this protocol is of greater significance for the further utilization of fibrinolytic enzymes from Sipunculus nudus and other similar agents.

Watch this Scientific Journal Video about Fibrinolytic Activity of the Fibrinolytic Enzyme Purified from  Sipunculus nudus at JoVE.com

Fibrinolytic Activity of the Fibrinolytic Enzyme Purified from  Sipunculus nudus  

פעילות פיברינוליטית של האנזים הפיברינוליטי מטוהר מ-Sipunculus nudus

התחל את הכנת צלחת פיברין על ידי ערבוב 25 מיליגרם של פיברינוגן עם 1.25 מיליליטר של מלוחים פיזיולוגיים. לאחר מכן, להכין את הפתרון thrombin על ידי ערבוב יסודי 100 יחידות של תרומבין עם 1.05 מיליליטר של מלוחים פיזיולוגיים. לאחר מכן, להכין את הפתרון agarose על ידי הוספת 0.5 גרם של agarose ל 22.5 מיליליטר של 0.02 טוחן Tris-hydrochloride חומצה חוצץ.מחממים את תמיסת האגרוז ב-100 מעלות צלזיוס עד שהיא מתמוססת לחלוטין. מצננים את תמיסת האגרוז לסביבות 50 מעלות צלזיוס לפני הוספת תמיסת הפיברינוגן אליה. מוסיפים מיד את תמיסת הטרומבין, מערבבים במהירות ויוצקים את התערובת לצלחת תרבית של 60 מ"מ.כדי להעמיס את הדגימה, ניקבו בארות של שלושה מילימטר לתוך לוחות הפיברין באמצעות בור סטרילי, ומלאו אותם ב -10 מיקרוליטר דגימות. לדגור על הצלחות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס במשך 18 שעות לפני מדידת גודל אזורי השפלה שלהן וחישוב הפעילות הפיברינוליטית. הערכת פעילות פיברינוליטית הראתה אזור שכיבה של 1.3 ס"מ בבקרת האורוקינאז, ללא אזור שכיבה במאגר המלח הפיזיולוגי, 2.1 סנטימטרים מאזור הליסינג בבאר החלבון הגולמי, וקוטר 1.8 ס"מ של אזור הליסינג בבאר האנזים הפיברינוליטי המטוהר.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Fibrinolytic Activity of the Fibrinolytic Enzyme Purified from Sipunculus nudus

Affinity Purification of a Fibrinolytic Enzyme from Sipunculus nudus

The fibrinolytic enzyme from Sipunculus nudus (sFE) is a novel fibrinolytic agent that can both activate plasminogen into plasmin and degrade fibrin ...

Protein Isolation from Sipunculus nudus

Protein Isolation from Sipunculus nudus  

בידוד חלבונים מ-Sipunculus nudus

Affinity Chromatography Mediated Fibrinolytic Enzymes Purification from Crude Protein Extracts 

כרומטוגרפיית זיקה טיהור אנזימים פיברינוליטיים מתווכים מתמציות חלבון גולמי 