Til at begynde med skal du forberede eksperimentet og materialet, der kræves til montering og positionering af zebrafisk. Under et stereomikroskop skal du observere den lammede zebrafisklarve for at kontrollere, at dens bevægelse er stoppet. Evaluer larvens sundhed visuelt ved at kontrollere dens hjerteslag.
Derefter anbringes en enkelt larvezebrafisk i det 1,5 ml mikrocentrifugerør, der indeholder agarosegel, ved hjælp af en overførselspipette. Hæld agarosegelen i petriskålen for at lave en til to millimeter frakke. Overfør larven fra mikrocentrifugerøret til petriskålen ved hjælp af en overførselspipette.
Sørg for at placere larven i midten af fadet. Brug tang til at placere larven i den ønskede retning, så hoved og hale er flade. Brug derefter tang til at dreje larven for at udjævne begge øjne.
Når justeringen er afsluttet, skal du vente, indtil agarosegelen er størknet, før du fylder petriskålen med ægvand. Placer skålen med den indlejrede larve på mikroskoptrinnet til billedoptagelse. Tænd mikroskopet og find larven i midten af synsfeltet.
Brug billedoptagelsessoftwaren til at indstille billedparametrene. Hvis billedet er mættet, skal du reducere lasereffekten. Find derefter larvens hjerne ved at flytte scenen, og bestem dens tykkelse ved hjælp af Live View-tilstand i softwaren ved at ændre fokusplanerne manuelt op og ned.
Indstil lydstyrkens nedre og øvre grænser. Fortsæt derefter med billedoptagelsen for det indstillede synsfelt. For volumetrisk strukturel billeddannelse erhverver du et 3D-billede af hele hjernen ved at opnå 2D-billeder af hvert Z-plan sekventielt.
Til funktionel billeddannelse af et enkelt Z-plan erhverves tidsseriebilleder af hjernens neuronale aktivitet på en bestemt dybde.