כדי להתחיל, הכינו את הניסוי ואת החומר הדרוש להרכבה ומיקום של דגי זברה. תחת מיקרוסקופ סטריאו, צפו בזחל דג הזברה המשותק כדי לוודא שתנועתו נעצרה. להעריך את בריאות הזחל חזותית על ידי בדיקת פעימות הלב שלה.
לאחר מכן, באמצעות פיפטה העברה, מניחים דג זברה זחל יחיד לתוך צינור מיקרו צנטריפוגה 1.5 מיליליטר המכיל ג'ל אגרוז. יוצקים את ג'ל האגרוז לצלחת הפטרי ליצירת מעיל של מילימטר עד שניים. מעבירים את הזחל מצינור המיקרו-צנטריפוגה לצלוחית הפטרי באמצעות פיפטת העברה.
הקפידו למקם את הזחל במרכז המנה. באמצעות מלקחיים, מקם את הזחל בכיוון הרצוי כך שהראש והזנב שטוחים. לאחר מכן, באמצעות מלקחיים, סובב את הזחל כדי ליישר את שתי העיניים.
לאחר השלמת היישור, המתינו עד שג'ל האגרוז התמצק לפני שתמלאו את צלחת הפטרי במי ביצה. מניחים את המנה עם הזחל המשובץ על במת המיקרוסקופ לרכישת תמונה. הפעל את המיקרוסקופ ואתר את הזחל במרכז שדה הראייה.
באמצעות תוכנת רכישת התמונה, הגדר את פרמטרי ההדמיה. אם התמונה רוויה, הפחיתו את עוצמת הלייזר. לאחר מכן, מצא את המוח של הזחל על ידי הזזת הבמה, וקבע את עוביו באמצעות מצב Live View בתוכנה על ידי שינוי מישורי המוקד באופן ידני למעלה ולמטה.
הגדר את הגבול התחתון והעליון של אמצעי האחסון. לאחר מכן המשך עם רכישת התמונה עבור שדה הראייה שנקבע. עבור הדמיה מבנית נפחית, לרכוש תמונה תלת-ממדית של המוח כולו על ידי קבלת תמונות דו-ממדיות של כל מישור Z ברצף.
עבור הדמיה תפקודית של מישור Z יחיד, לרכוש תמונות סדרת זמן של הפעילות העצבית של המוח בעומק מסוים.