शुरू करने के लिए, ज़ेबराफ़िश माउंटिंग और पोजिशनिंग के लिए आवश्यक प्रयोग और सामग्री तैयार करें। एक स्टीरियो माइक्रोस्कोप के तहत, लकवाग्रस्त ज़ेब्राफिश लार्वा का निरीक्षण करें ताकि यह सत्यापित किया जा सके कि इसकी गति बंद हो गई है। लार्वा के दिल की धड़कन की जांच करके नेत्रहीन स्वास्थ्य का मूल्यांकन करें।
फिर, एक ट्रांसफर पिपेट का उपयोग करके, एक एकल लार्वा ज़ेब्राफिश को 1.5-मिलीलीटर माइक्रो सेंट्रीफ्यूज ट्यूब में रखें जिसमें अगारोस जेल होता है। एक से दो मिलीमीटर का कोट बनाने के लिए पेट्री डिश में अगारोस जेल डालें। एक ट्रांसफर पिपेट का उपयोग करके लार्वा को माइक्रो सेंट्रीफ्यूज ट्यूब से पेट्री डिश में स्थानांतरित करें।
लार्वा को पकवान के केंद्र में रखना सुनिश्चित करें। बल का उपयोग करके, लार्वा को वांछित अभिविन्यास में रखें ताकि सिर और पूंछ सपाट हों। फिर, बल का उपयोग करके, दोनों आंखों को समतल करने के लिए लार्वा को घुमाएं।
संरेखण पूरा होने के बाद, अंडे के पानी के साथ पेट्री डिश को भरने से पहले एगारोज़ जेल के जमने तक प्रतीक्षा करें। छवि अधिग्रहण के लिए माइक्रोस्कोप मंच पर एम्बेडेड लार्वा के साथ पकवान रखें। माइक्रोस्कोप चालू करें और दृश्य क्षेत्र के केंद्र में लार्वा का पता लगाएं।
छवि अधिग्रहण सॉफ्टवेयर का उपयोग करके, इमेजिंग पैरामीटर सेट करें। यदि छवि संतृप्त है, तो लेजर शक्ति कम करें। इसके बाद, चरण को स्थानांतरित करके लार्वा के मस्तिष्क का पता लगाएं, और फोकल विमानों को मैन्युअल रूप से ऊपर और नीचे बदलकर सॉफ्टवेयर में लाइव व्यू मोड का उपयोग करके इसकी मोटाई निर्धारित करें।
वॉल्यूम की निचली और ऊपरी सीमाएँ सेट करें. फिर दृश्य के सेट फ़ील्ड के लिए छवि अधिग्रहण के साथ आगे बढ़ें। वॉल्यूमेट्रिक संरचनात्मक इमेजिंग के लिए, प्रत्येक जेड-प्लेन की 2 डी छवियों को क्रमिक रूप से प्राप्त करके पूरे मस्तिष्क की 3 डी छवि प्राप्त करें।
एकल जेड-प्लेन की कार्यात्मक इमेजिंग के लिए, एक निश्चित गहराई पर मस्तिष्क की न्यूरोनल गतिविधि की समय श्रृंखला छवियां प्राप्त करें।