For å begynne, forbered eksperimentet og materialet som kreves for montering og posisjonering av sebrafisk. Under et stereomikroskop, observer den lammede sebrafisklarven for å bekrefte at bevegelsen har stoppet. Vurder larvens helse visuelt ved å sjekke hjerteslag.
Deretter bruker du en overføringspipette til å plassere en enkelt larvesebrafisk i 1,5 milliliters mikrosentrifugerøret som inneholder agarosegel. Hell agarosegelen i petriskålen for å lage en til to millimeter frakk. Overfør larven fra mikrosentrifugerøret til petriskålen ved hjelp av en overføringspipette.
Sørg for å plassere larven i midten av parabolen. Bruk tang til å plassere larven i ønsket retning slik at hodet og halen er flate. Deretter roterer du larven ved hjelp av tang for å jevne begge øynene.
Etter at justeringen er fullført, vent til agarosegelen har størknet før du fyller petriskålen med eggvann. Plasser fatet med den innebygde larven på mikroskopstadiet for bildeopptak. Slå på mikroskopet og finn larven i midten av synsfeltet.
Bruk programvaren for bildeinnsamling til å angi bildeparametrene. Hvis bildet er mettet, reduserer du lasereffekten. Deretter finner du hjernen til larven ved å flytte scenen, og bestemmer tykkelsen ved hjelp av Live View-modus i programvaren ved å endre fokalplanene manuelt opp og ned.
Angi volumets nedre og øvre grenser. Fortsett deretter med bildeoppkjøpet for det angitte synsfeltet. For volumetrisk strukturell avbildning, skaff deg et 3D-bilde av hele hjernen ved å skaffe 2D-bilder av hvert Z-plan sekvensielt.
For funksjonell avbildning av et enkelt Z-plan, skaff tidsseriebilder av hjernens nevronaktivitet ved en viss dybde.