För att börja, förbereda experimentet och materialet som krävs för zebrafiskmontering och positionering. Under ett stereomikroskop, observera den förlamade zebrafisklarven för att verifiera att dess rörelse har slutat. Utvärdera larvens hälsa visuellt genom att kontrollera dess hjärtslag.
Använd sedan en enda larval zebrafisk i 1,5 ml mikrocentrifugröret innehållande agarosgel med hjälp av en överföringspipett. Häll agarosgelen i petriskålen för att göra en till två millimeter päls. Överför larven från mikrocentrifugröret till petriskålen med en överföringspipett.
Se till att placera larven i mitten av skålen. Använd pincett och placera larven i önskad orientering så att huvudet och svansen är plana. Rotera sedan larven med pincett för att jämna ut båda ögonen.
När inriktningen är klar, vänta tills agarosgelen har stelnat innan du fyller petriskålen med äggvatten. Placera skålen med den inbäddade larven på mikroskopstadiet för bildförvärv. Slå på mikroskopet och lokalisera larven i mitten av synfältet.
Använd programvaran för bildinsamling och ställ in bildparametrarna. Om bilden är mättad, minska lasereffekten. Hitta sedan larvens hjärna genom att flytta scenen och bestäm dess tjocklek med Live View-läge i programvaran genom att ändra fokalplanen manuellt upp och ner.
Ställ in volymens nedre och övre gränser. Fortsätt sedan med bildförvärvet för det inställda synfältet. För volymetrisk strukturell avbildning, skaffa en 3D-bild av hela hjärnan genom att erhålla 2D-bilder av varje Z-plan sekventiellt.
För funktionell avbildning av ett enda Z-plan, skaffa tidsseriebilder av hjärnans neuronala aktivitet på ett visst djup.