När du har installerat Napari och Napari Animation skapar du en ny Jupyter Notebook-fil. För att visualisera bilder och skapa filmer av den renderade zebrafiskhjärnan, ladda 3D-bilden och öppna Napari-fönstret. Anslut sedan plugin-programmet för Napari-animering.
Ställ sedan in parametrar som voxelstorlek, färgkarta och kontrastgränser i lagerkontrollerna. Justera visningsinställningarna på arbetsytan. Om du sedan vill hämta den återgivna bilden trycker du på hämtningsknappen i animeringsguiden.
Om du vill generera filmer av den återgivna volymen ändrar du visningsinställningarna och lägger till nyckelrutor. När du har lagt till nyckelrutor anger du antalet bildrutor mellan nyckelrutorna i animeringsguiden. Spara slutligen den renderade animeringen.
Det volymetriska synfältet hos en larvzebrafiskhjärna som uttrycker panneuronal GCaMP 7A täckte hjärnregionerna i framhjärnan, mellanhjärnan och bakhjärnan. Neuronala cellkroppar i medulla oblongata, cerebellarplattan, optic tectum, hebenula och dorsal telencephalon var tydligt synliga i hela hjärnan hos en larval zebrafisk. I 2D-funktionell avbildning var neuronala cellkroppar tydligt synliga i både bakgrunden och den överlagrade neuronala aktiviteten.
