Begynd med at blande og aliquotere 90 til 120 mikroliter af formaldehyd tværbundne C.Elegans prøver i et polystyren sonikeringsrør. Tilsæt en tilsvarende mængde resuspensionsbuffer indeholdende 2X rengøringsmidler. Sonikere i et vandbad sonikator i syv minutter.
Bland forsigtigt prøven ved pipettering og gentag sonikeringen i yderligere syv minutter. Når det er gjort, overfør det sonikerede lysat til et 1,5 ml rør. Tilsæt et halvt volumen resuspensionsbuffer uden rengøringsmidler.
Efter centrifugering ved 13.000 G i 15 minutter ved fire grader Celsius opdeles lysatsupernatanten i fire dele. Opbevar indgangslysatdelen ved minus 20 grader Celsius i et 1,5 ml rør. Der tilsættes 0,5 mikrogram anti-H3K9-trimethylering, antihiston H3 eller IgG til den passende immunudfældnings- eller IP-prøve.
Inkuber reaktionen ved fire grader Celsius natten over med rotation. Den følgende dag alikvote de ni mikroliter protein G-belagte magnetiske perler pr. IP-prøve i et 1,5 milliliter rør. Efter to vaske med en milliliter FA-150 resuspenderes de magnetiske perler i FA-150-bufferen.
Når det er gjort, tilsættes 7,5 mikroliter magnetisk perlesuspension til hver IP-antistofblanding, før rørene inkuberes ved fire grader Celsius i to timer med rotation. Derefter vaskes de magnetiske perler syv gange med mindst 200 mikroliter af hver bufferopløsning. Inkuber hver vask ved fire grader Celsius i fem minutter med rotation, før perlerne samles på et magnetisk stativ for at aspirere vasken.
Efter opsugning af den sidste vask af bufferen resuspenderes magnetperlerne i 50 mikroliter kromatin IP-elueringsbuffer og overføres til et 1,5 ml rør. Efter eluering af prøven i en ThermoMixer samles perlerne på et magnetisk stativ og overfør supernatanten til et nyt glas. Elueringen gentages med yderligere 50 mikroliter kromatinimmunudfældningselueringsbuffer.
Når du er færdig, trækkes i alt 100 mikroliter supernatant, inden du fortsætter med omvendt tværbinding og DNA-eluering.