Begin met het mengen en aliquoteren van 90 tot 120 microliter van de formaldehyde verknoopte C.Elegans-monsters in een polystyreen-sonicatiebuis. Voeg een gelijk volume resuspensiebuffer toe met 2X wasmiddelen. Sonicaat gedurende zeven minuten in een sonicator in een waterbad.
Meng het monster voorzichtig door te pipetteren en herhaal de sonicatie nog eens zeven minuten. Als u klaar bent, brengt u het gesoniseerde lysaat over in een buis van 1.5 milliliter. Voeg een half volume resuspensiebuffer toe zonder reinigingsmiddelen.
Na centrifugeren bij 13.000 G gedurende 15 minuten bij vier graden Celsius, verdeel het lysaatsupernatans in vier delen. Bewaar het ingangslysaatgedeelte bij min 20 graden Celsius in een tube van 1,5 milliliter. Voeg 0,5 microgram anti-H3K9-trimethylering, antihiston H3 of IgG toe aan het juiste immunoprecipitatie- of IP-monster.
Incubeer de reactie bij vier graden Celsius 's nachts met rotatie. De volgende dag aliquot de negen microliter proteïne G gecoate magnetische kralen per IP-monster in een buis van 1,5 milliliter. Na twee wasbeurten met één milliliter FA-150, resuspendeert u de magnetische kralen in de FA-150-buffer.
Als u klaar bent, voegt u 7,5 microliter van de magnetische parelsuspensie toe aan elke IP-antilichaammix voordat u de buisjes gedurende twee uur bij vier graden Celsius incubeert met rotatie. Was vervolgens de magneetkralen zeven keer met minimaal 200 microliter van elke bufferoplossing. Incubeer elke wasbeurt bij vier graden Celsius gedurende vijf minuten met rotatie voordat u de kralen verzamelt op een magnetische standaard om de was op te zuigen.
Na het opzuigen van de laatste wasbeurt van de buffer, resuspendeert u de magnetische kralen in 50 microliter chromatine IP-elutiebuffer en brengt u deze over naar een buis van 1.5 milliliter. Na het elueren van het monster in een ThermoMixer, verzamelt u de kralen op een magnetische standaard en brengt u het supernatans over in een nieuwe buis. Herhaal de elutie met nog eens 50 microliter chromatine-immunoprecipitatie-elutiebuffer.
Als u klaar bent, trekt u in totaal 100 microliter supernatans voordat u doorgaat met omgekeerde verknoping en DNA-elutie.