Begynn med å blande og aliquoting 90 til 120 mikroliter av formaldehyd tverrbundne C.Elegans-prøver i et polystyren sonikeringsrør. Legg til et likt volum opphengsbuffer inneholdende 2X vaskemidler. Sonikere i et vannbad sonicator i syv minutter.
Bland prøven forsiktig ved pipettering og gjenta sonikeringen i ytterligere syv minutter. Når du er ferdig, overfør sonikert lysat til et 1,5 milliliter rør. Tilsett et halvt volum opphengsbuffer uten vaskemidler.
Etter sentrifugering ved 13.000 G i 15 minutter ved fire grader Celsius, del lysatsupernatanten i fire deler. Oppbevar inngangslysatdelen ved minus 20 grader Celsius i et 1,5 milliliter rør. Tilsett 0,5 mikrogram anti-H3K9-trimetylering, antihiston H3 eller IgG til passende immunutfelling eller IP-prøve.
Inkuber reaksjonen ved fire grader Celsius over natten med rotasjon. Dagen etter, aliquot de ni mikroliter protein G-belagte magnetiske perler per IP-prøve i et 1,5 milliliter rør. Etter to vasker med en milliliter FA-150, resuspender magnetkulene i FA-150-bufferen.
Når du er ferdig, tilsett 7,5 mikroliter av den magnetiske perlefjæringen til hver IP-antistoffblanding før du inkuberer rørene ved fire grader Celsius i to timer med rotasjon. Deretter vasker du magnetkulene syv ganger med minst 200 mikroliter av hver bufferløsning. Inkuber hver vask ved fire grader Celsius i fem minutter med rotasjon før du samler perlene på et magnetisk stativ for å aspirere vasken.
Etter å ha aspirert den siste vasken av bufferen, resuspender magnetkulene i 50 mikroliter kromatin IP-elueringsbuffer, og overfør den til et 1,5 milliliter rør. Etter å ha eluert prøven i en ThermoMixer, samle perlene på et magnetisk stativ og overfør supernatanten til et nytt rør. Gjenta elusjonen med ytterligere 50 mikroliter kromatinimmunoprecipitation elueringsbuffer.
Når du er ferdig, trekk totalt 100 mikroliter supernatant før du fortsetter med omvendt kryssbinding og DNA-eluering.
