Начните со смешивания и аликвотирования от 90 до 120 микролитров образцов сшитого формальдегида C.Elegans в полистирольную трубку для ультразвуковой обработки. Добавьте равный объем буфера для ресуспензии, содержащего моющие средства в 2 раза. Ультразвуковая обработка на водяной бане ультразвуковым аппаратом в течение семи минут.
Аккуратно перемешайте образец пипеткой и повторяйте ультразвуковую обработку еще в течение семи минут. После этого перелейте ультразвуковой лизат в пробирку объемом 1,5 миллилитра. Добавьте половину объема буфера для ресуспензии без моющих средств.
После центрифугирования при 13 000 G в течение 15 минут при температуре четыре градуса Цельсия следует разделить надосадочную жидкость лизата на четыре части. Храните входную часть лизата при температуре минус 20 градусов Цельсия в пробирке объемом 1,5 миллилитра. Добавьте 0,5 мкг анти-H3K9-триметилирования, анти-гистонов H3 или IgG к соответствующему образцу иммунопреципитации или IP.
Инкубируйте реакцию при четырех градусах Цельсия в течение ночи с вращением. На следующий день аликвотируйте девять микролитров магнитных шариков, покрытых белком G, на образец IP в пробирке объемом 1,5 миллилитра. После двух промывок одним миллилитром FA-150 повторно взвесьте магнитные шарики в буфере FA-150.
После этого добавьте 7,5 микролитров суспензии магнитных шариков в каждую смесь антител IP, прежде чем инкубировать пробирки при температуре четыре градуса Цельсия в течение двух часов с вращением. Затем промойте магнитные шарики семь раз, используя не менее 200 микролитров каждого буферного раствора. Инкубируйте каждую стирку при температуре четыре градуса Цельсия в течение пяти минут с вращением, прежде чем собирать шарики на магнитной подставке для аспирации стирки.
После аспирации последней промывки буфера повторно суспендируйте магнитные шарики в 50 микролитрах буфера для элюирования хроматина IP и перенесите его в пробирку объемом 1,5 миллилитра. После элюирования образца в термомиксере соберите шарики на магнитной подставке и перенесите надосадочную жидкость в новую пробирку. Повторите элюирование еще с 50 микролитрами буфера для иммунопреципитации хроматина.
После этого вытащите в общей сложности 100 микролитров надосадочной жидкости, прежде чем приступить к обратному сшиванию и элюированию ДНК.